冬季，十月丙午（二十二日），刘秀前往怀城。十一月乙丑（十二日），刘秀返回洛阳。
杨广去世，隗嚣处于穷途末路。他的大将王捷另外在戎丘城驻扎，王捷登上城楼向汉军高喊：“替大王隗器守城的人，全都必死，但没有二心。请你们赶快停止进攻，我用自杀来表明我们的决心。”于是自刎而死。
当初，刘秀对吴汉下令说：“各郡来的士兵只坐着消耗粮食，如果有人逃亡，就会动摇军心，应当全部遗散。”吴汉等贪图用众多的军队围攻隗嚣，因而未能遣散。
粮食日渐减少，官兵疲惫，逃跑的人很多。岑彭堵住谷水，把水灌进西城，水位离城头还有一丈多。这时，王元、行巡、周宗率领公孙述派的救兵五千余人，从高处突然到来，擂起战鼓大声呼喊：“百万大军来了！”东汉军队大惊失色，没有来得及布阵。
王元等突破包围，殊死战斗，于是得以进入西城，接隗嚣回到冀县。吴汉的军队粮食吃尽，就烧掉辎重装备，领兵下陇山。盖延、耿弇也相继撤退。隗嚣出兵尾随攻打各部队。岑彭率军断后，将领们才得以全军东归。只有祭遵驻屯汧县没有撒退。吴汉等又驻屯长安，岑彭回到津乡。
于是安定、北地、天水、陇西又反被隗嚣占领。校尉太原人温序被隗嚣的将领苟宇俘获，苟宇再三再四地劝说温序投降。温序大怒，呵斥苟宇等说：“你们这些匪徒怎么敢胁迫汉将！”然后用手中符节击杀数人。
苟宇的左右争着要杀温序。苟宇制止说：“这是一位义士，以死来保全名节。可以赐他宝剑。”温序接受宝剑，把胡须衔到嘴里，对左右说：“既然被贼寇所杀，不要让胡须被土玷污。”于是用剑自杀。从事王忠把他的尸首送回洛阳，刘秀下诏赐给他墓地，任命他的三个儿子为郎。
十二月，高句丽王派使者朝贡，刘秀恢复了他的王号。
这一年，发生水灾。
九年（癸巳，公元33年）
春季，正月，颍阳成侯祭遵在军中去世。刘秀下诏，命冯异接管他的军队。祭遵为人廉洁、节俭，小心谨慎，克己奉公，所得赏赐全都分给士卒。他的军队纪律严明，所到之处，地方官民不知有大军屯驻取用人才，全以儒家的思想方法为准则，在酒席宴上设乐，定用儒家喜爱的雅歌，并有古老的投壶游戏。临终时，祭遵嘱咐薄葬。
当人问起家里的事情，他始终不说话。刘秀对祭遵去世异常哀痛。祭遵的棺木运到河南，刘秀穿着丧服亲临吊丧，望着棺木痛哭。回宫时，经过城门，看灵车经过，泪流满面不能克制。举行丧礼之后，又亲自用牛、羊猪各一祭奠。下诏令大长秋、谒者、河南尹共同主持丧事，由大司农负担费用。
到下葬时，刘秀又亲到现场。下葬以后，又到墓前致哀，慰问祭遵夫人和全家。以后在朝会时，刘秀往往叹息说：“我怎能得到像祭遵这样爱国奉公的人啊！”卫尉铫期说：“陛下极其仁爱，哀悼祭遵不已，使群臣各自感到惭愧惶恐。”刘秀才停止念叨。
隗器患病，又赶上饥荒，只能吃到黄豆干饭，愤恨而死。王元、周宗拥立隗嚣的幼子隗纯为王，统兵据守冀县。公孙述派遗将领赵匡、田弇协助隗纯。刘秀派遣冯异攻击。
公孙述派遣翼江王田戎、大司徒任满南郡太守程泛率领数万人下江关，击败东汉将领冯骏等的军队，于是攻陷巫县和夷道夷陵，随后占据荆门山、虎牙山。在长江上架起浮桥，建筑关楼。把木柱集中在一起，竖立在江中阻断水道，跨山连接营垒堵塞陆路以抗拒汉军。
夏季，六月丙戌（初六），刘秀到缑氏县，登上报辕山。
吴汉率领王常等四位将军统领五万余人，在高柳县攻打卢芳部将贾览、闵堪。匈奴派兵救援，东汉军队不能取胜。于是匈奴气势变得强盛，烧杀掳掠日益严重。刘秀命朱祜驻屯常山郡、王常驻屯涿郡、破奸将军侯进驻屯渔阳郡，任命讨虏将军王霸当上谷郡太守，以防备匈奴。
刘秀命来歙统帅驻屯长安的所有将领，太中大夫马援的副手。来歙上书说：“公孙述把陇西、天水作为屏障，所以能够苟延残喘。现在这两郡如能平定，公孙述就无计可施了。我们应当增派兵马，储备粮草。
现在西州刚刚破败，军民疲劳饥饿，如果用金钱粮食招引他们，那么当地军民就能够集结起来。我知道国家所要供给的不止一支军队，经费不足，然而这样做也是不得已！”刘秀表示赞同。于是下诏，在汧县储备六万斛粮食。秋季，八月，来歙率领冯异等五位将军在天水讨伐隗纯。
骠骑将军杜茂同贾览在繁畤县交战，杜茂的军队失败。
西羌各部落从王莽末年迁徙到边塞以内，金城郡所属各县多被占据。隗嚣无力征讨，便就势慰问笼络，征调他们的部众和汉朝相对抗。
司徒掾班彪上书说：“现在凉州各地都有归降的羌人。羌族人披散着头发，衣服在左边开襟。他们和汉族人混杂生活在起，风俗习惯既不同，语言也不通，经常被小官小吏、奸滑之人侵害掠夺，穷困愤懑，无所依赖，所以导致反抗。夷人和蛮人的叛乱，都是因为这个缘故。旧的制度规定，益州地区设置蛮夷骑都尉，幽州地区设置领乌桓校尉，凉州地区设置护羌校尉。
都持符节，统辖守护当地，处理纷争，每年定时巡行各地，询问疾苦。并不断派出翻译，疏通关系，了解动静，让边塞之外的羌人夷人充当官吏耳目，州郡因此可以有所戒备。现在应恢复昔日制度，以示威严，加强防备。”刘秀接受班彪的建议。任命牛邯当护羌校尉。
强盗杀害阴贵人的母亲邓氏和弟弟阴诉。刘秀非常悲伤，封阴贵人的弟弟阴就为宣恩侯。又召见阴就的哥哥侍中阴兴，也要封侯把印信绶带放到他面前。阴兴坚持推辞，说：“我没有冲锋陷阵的功劳，而一家人中，已有好几个人承蒙封爵赐土，使天下人不满这确实是我不愿意的！”刘秀赞美他的举动，不强迫他改变想法。
阴贵人问阴兴为什么要这样做，阴兴说：“皇帝的外戚家往往被不知谦让退避所害。嫁女儿要配侯王，娶媳妇要打公主的主意，我心里实在不安。富贵有极限，人应当知足，夸耀奢侈会增加世人的指责。”阴贵人为他的话所感动，深深地自我贬抑，始终不替亲属要求官爵。
刘秀征召寇恂回洛阳，任命渔阳太守郭汲当颍川太守。郭汲招降山贼赵宏、召吴等数百人，全都遗送回乡务农，他因此弹劾自己擅自放回降贼，刘秀没有怪罪他。后来，赵宏、召吴等人的同党听到郭汲的威望和信誉，从遥远的江南，或从幽州、冀州，不约而同都来投隆降，路途上络绎不绝。
莎车王康去世，弟弟贤继位，攻打诛杀拘弥国王、西夜国王，而让康的两个儿子分别担任两国国王。
十年（甲午，公元34年）
春季，正月，吴汉又率领捕虏将军王霸等四位将军六万人出高柳县攻打贾览，匈奴数千名骑兵援救贾览接连在平城附近交战。吴汉打败赶走匈奴骑兵。
夏阳节侯冯异等同隗纯的将领赵匡、田弇交战将近一年，斩杀赵匡、田弇。隗纯尚未被打败，东汉将领们想暂且返回休整部队，冯异坚决主张留下不动。于是共同攻打隗纯据守的落门，未能攻陷。夏季，冯异在军中去世。
秋季，八月己亥（二十五日），刘秀到达长安。
最初隗嚣的将领安定人高峻带领军队据守高平县第一城。建威大将军耿弇等包围该城，一年未能攻陷。刘秀准备亲自征伐，寇恂劝告说：“长安的位置在洛阳和高平的中间，接应近便。陛下坐镇长安，安定、陇西之人必定心中震恐。
这样，从容地呆在一处，就可以控制四方。现在人困马乏，要到险阻的地方，对陛下是不安全的。去年颖川郡盗贼蜂起的往事，应当引以为大戒。”刘秀不听。进军到汧县。高峻依然不降，刘秀派遗寇恂前往劝降。寇恂带着刘秀的诏书到达第一城，高峻派遣军师皇甫文出城拜见。
皇甫文的言辞礼节毫不卑屈。寇恂大怒，准备诛杀。将领们劝阻说：“高峻有精兵万人，多半都是强弩射手，在西面堵塞陇道，连年不能攻下。现在准备招降高峻，却反而屠戮他的来使，恐怕不行吧？”寇恂不答应于是诛杀皇甫文。放他的副使回去。
转告高峻说：“军师无礼，已经杀死了！要投降，赶快投降；不想投降，继续坚守！”高峻惊慌恐惧当天打开城门投降。将领们全都向寇恂祝贺，顺便问他：“请教您，杀了他的使节而又能使他献城投降，为什么呢？”
寇恂说：“皇甫文是高峻的心腹，是为高峻谋划的智囊。这次前来，言辞态度强硬，肯定没有归降的意思。如果保全他则皇甫文的计策得逞，杀掉他则使高峻丧胆，所以高峻投降。”将领们全都叹服说：“您的智慧不是我们所能赶得上的！”
冬季，十月，来歙和将领们攻陷落门周宗、行巡、苟宇、赵恢等献出隗纯投降。王元投奔公孙述。刘秀把隗氏家族迁徙到洛阳以东。后来隗纯和宾客们逃跑，企图投奔匈奴。逃到武威县，被捕获，处死。
先零羌部落和其他羌人部落侵犯金城、陇西。来歙率领盖延等出击，大败羌人，斩首及俘虏数千人。然后打开粮仓，赈救饥民，陇右于是安定，凉州的道路就打通了。
庚寅（十七日），刘秀回到洛阳。