七年（辛卯，公元31年）
春季，三月，免去郡县、封国的轻车、骑士、材官，命他们回归为民。
公孙述封隗嚣为朔宁王，让他派出军队往来造声势，作为援助。
癸亥晦（三十日），出现日食。刘秀诏命百官各自呈递密封奏章，奏章中不得有“圣”字。太中大夫郑兴上书说：“国家没有善政，上天的谴责就在太阳月亮上显现。
关键在于顺应人心，用人得当。现在公卿大夫多数推举渔阳太守郭汲，认为可以做大司空，而陛下不及时决定。道路上谣言四起，都说‘朝廷打算任用功臣’，但任用功臣就会人和职位不相配。请求陛下委曲自己，听从大家的意见，以鼓励群臣谦让的美德。
近来，日食多发生在每月三十日，太阳和月亮提前重合，都是由于月亮运行快的缘故。太阳象征君主，月亮臣子。君主急促而臣子迫切，所以月亮运行得快。当今陛下高明而群臣遑急不安，应当考虑用柔和而行之有效的政治手段，请陛下留心《尚书·洪范》的做法。”刘秀亲自处理政事，往往过于严苛急迫，所以郑兴上书提及。
夏季，四月壬午（十九日），刘秀实行大赦。
五月戊戌（初五），刘秀任命前将军李通做大司空。
大司农江冯上书说：“应当命司隶校尉督察三公。”司空掾陈元上书说：“我听说把臣子当做老师的，是帝王；把臣子当做宾客的，是霸主。所以周武王以姜太公为老师，齐桓公以管仲为仲父。乃至近代，汉高祖对相国萧何的礼遇特别优待，汉文帝授予宰相申屠嘉生杀予夺的权力。
到王莽时，逢汉朝中衰，王莽专断，把持最高权力，窃国篡位。他以自己做比方，不信任群臣，剥夺三公的职权，降低宰相的威严，把揭发隐私当作高明，把攻击过失作为正直。以至于奴仆告发主人，儿子、弟弟告发父亲、哥哥。法网严密，刑法苛刻，使大臣无所措手足。然而仍不能禁止董忠的叛变，王莽自己也遭世人杀戮。
现在四方仍然纷扰不安，天下没有统一，百姓全都睁大眼睛观看，竖起耳朵倾听。陛下应当研究、学习周文王、周武王时代的圣典，承袭祖先留下的美德，用心结交下面的有识之士，屈身对待贤能的人，实在不应派有关部门监视三公的名声。”刘秀接受了他的意见。
酒泉太守竺曾，因自己的弟弟报仇杀人，自行辞职离郡。窦融代表皇帝，任命竺曾做武锋将军，改以辛肜为酒泉太守。
秋季，隗嚣率领步、骑兵三万人侵犯安定，到达阴县，冯异率领诸将抵挡。隗嚣又命其他将领下陇山，在县攻打祭遵。都不能取胜，返回。
刘秀准备亲自征讨隗嚣，先和窦融约定出兵日期。正赶上大雨，道路断绝，而且隗嚣的军队已经撤退，才停止进攻。刘秀命来歙写信招降王遵，王遵前来投降。刘秀任命他当太中大夫，封向义侯。
冬季，卢芳因事诛杀五原太守李兴兄弟。朔方太守田飒、云中太守乔扈各自献郡投降。刘秀命他们照旧留任原官职。
刘秀喜好运用隐语或预言占验吉凶的图谶，和郑兴讨论到郊外祭祀的事，说：“我想用图谶来推断，怎么样？”郑兴回答：“我不从事预言。”刘秀发怒说：“你不从事预言，是认为它不对吗？”郑兴惶惧，说：“我未学过图谶之书，并没有认为它不对。”刘秀的怒气才消。
南阳太守杜诗，为政清廉公正，兴利除害，百姓安逸无忧。杜诗又兴修水利，大量开垦荒地，南阳郡内家家户户殷实富足。当时的人们把他比作汉元帝时的召信臣，南阳流传着称颂他的歌谣：“从前有召父，现在有杜母。”
八年（壬辰，公元32年）
春季，来歙率领两千余人伐山开路，从番须、回中径直袭击略阳县，斩隗嚣的守将金梁。隗嚣大为震惊，说：“怎么这么神速！”刘秀听说攻取略阳，非常高兴，说：“略阳是隗嚣所依据的屏障，心脏腹部已坏，那么制服他的肢体就容易了。”
吴汉等将领听说来歙占据略阳，争着率军驱驰前往。刘秀认为，隗嚣失去所依据的险阻，丢掉了重要的城市，势必出动所有的精锐部队前来进攻，等到旷日持久，敌军包围城市而不能攻占城市，士兵困顿疲惫的时候，东汉军队才可以乘敌人之危挺进。于是，把吴汉等全都追回。隗嚣果然派王元在陇坻抵御，派行巡把守番须口，派王孟堵住鸡头道，派牛邯在瓦亭驻屯。
隗嚣亲自率领大军数万人包围略阳。公孙述派遣将领李育、田协助作战。他们挖山筑堤，企图放水灌城。来歙和将士们誓死坚守，箭射完了，就拆掉房屋把木头断开作为兵器。隗嚣用全部精锐部队攻城，几个月都不能攻下。
夏季，闰四月，刘秀亲自率军征伐隗嚣。光禄勋汝南人郭宪劝阻说：“东方刚刚平定，陛下不能远征。”于是挡住车，拔出佩刀，砍断引车前行的皮带。
刘秀不听，西行至漆县。将领们多数都认为，皇上率领的军队重要，不宜远行深入到险恶、阻塞的地方。刘秀拿不定主意，召见马援询问意见。马援于是说，隗嚣的将领们已有土崩瓦解之势，如果进军，就会有必破之状。他又在刘秀面前，用米聚成山谷，指出敌我双方的形势，展示大军进攻的路线，来回分析，十分清晰明白。刘秀说：“敌人的情况都在我的眼里了！”
第二天一早，大军出发，抵达高平县第一城。窦融率领五郡太守以及羌族、小月氏等步骑兵数万人、辎重车五千余辆，和刘秀的大军会合。当时军队还处于草创时期，将领们朝拜皇帝的礼仪多不整肃。窦融先派从事请示朝见的恰当礼仪。刘秀听后认为很好，宣告百官让他们效法。于是设置盛大的酒宴，用特别的尊贵礼仪招待窦融等。于是，联军共同进军，分成几路上陇山。
刘秀命王遵写信招降牛邯。牛邯投降，刘秀任命他当太中大夫。于是隗嚣的十三位大将、所属的十六个县、部众十余万人全部归降。隗嚣带着妻子儿女逃往西城，投奔杨广。公孙述的将领田、李育退保上县。略阳县解围。刘秀慰劳、赏赐来歙，把席位单独设在将领们的上首，赐给来歙的妻子一千匹绢帛。
刘秀到达上，下诏给隗嚣说：“你如果放弃武力，自己前来投降，父子能够相见，保证没有其他事故。你如果要做黥布，也随你便。”隗嚣到底不肯投降。于是刘秀诛杀他的儿子隗恂。派吴汉、岑彭包围西城，派耿、盖延包围上。刘秀用四个县的土地封窦融为安丰侯，封窦融的弟弟窦友为显亲侯。五郡太守全封为列侯，命他们回到西方的任所。
窦融因长期在一个地方独揽大权，心里畏惧不自安，几次上书请以别人接替。刘秀下诏回答说：“我和将军的关系，就像左右手，你几次谦虚退让，怎么不明了我的心意？你要尽力安抚士人百姓，不要擅自离开自己的部曲。”颍川郡盗贼蜂起，攻陷本郡所属县城，河东郡的守军也叛变了，京都洛阳震动。刘秀听到消息说：“我后悔没有听郭宪的话！”
秋季，八月，刘秀从上县日夜向东奔驰。他写信给岑彭等，说：“如果攻陷两城，就可率领军队向南攻打公孙述。人被不知足所苦，已经平定了陇，又想得到蜀。每一次出兵，头发胡须都因此变白。”
九月乙卯（初一），刘秀回到洛阳皇宫。刘秀对执金吾寇恂说：“颍川靠近洛阳，应当及时平定。我想到只有你能扫平盗贼。请你以九卿的身分，再次出征为国解忧！”寇恂回答说：“颍川盗贼听说陛下远征陇、蜀，所以那些狂徒、狡诈之辈想乘机作乱。
如果他们听说陛下南行，一定吓得要死，我愿手持兵器充当前锋。”刘秀同意。庚申（初六），刘秀南征，颍川盗贼全部投降。寇恂最终没有被任命为郡守。百姓在道路上挡住车驾的去路说：“愿陛下把寇君再借给我们一年。”刘秀于是把寇恂留在长社县，命他镇慑安抚官民，收容投降的残余贼寇。东郡、济阴也有盗贼兴起，刘秀派遣李通、王常予以打击。
因东光侯耿纯曾经当过东郡太守，在卫地很有威信，刘秀派使者任命耿纯当太中大夫，让他和李通、王常率领的大军在东郡会合。东郡人听说耿纯进入郡界，九千多名盗贼全都向耿纯投降，大军没有经过战斗就返回了。刘秀再度任命耿纯当东郡太守。戊寅（二十四日），刘秀从颍川返回洛阳。
安丘侯张步带领妻子儿女逃往临淮，和弟弟张弘、张蓝打算招集旧部，乘船入海。琅邪太守陈俊追击，将张步斩首。