十二月壬辰（二十七日），免去大司空宋弘的职务。
癸巳（二十八日），刘秀下诏：“前些时战事不息，国家经费不足，所以按十分之一收税。如今粮食储备增多，从现在起，各郡、各封国收取现有田地的田租，按三十分之一征税，恢复原来的制度。”
东汉将领们兵败退下陇山之后，刘秀命耿在漆县驻屯，命冯异在邑驻屯，命祭遵在县驻屯，命吴汉等率军返回长安驻屯。冯异率军还没到达邑，隗嚣乘胜派王元、行巡率领二万余人下陇山，分派行巡夺取邑。冯异马上急行军挺进，要抢先占据邑。将领们说：“敌人强盛，又乘着胜利的锐气，不能和他们争锋。
应停止行军，在有利的地点安营，慢慢图谋策划。”冯异说：“敌军压境，是习惯于获取小利，因而打算深入。敌人如果取得邑，三辅就会动摇。采取攻势不足时，采取守势则有余。我们抢先占据邑，是以逸待劳，不是和敌人决高下。”于是秘密进城，关闭城门，偃旗息鼓。行巡完全蒙在鼓里，急忙赶赴邑。冯异乘其不备，突然间战鼓齐鸣、旌旗招展，率军而出。
行巡的军队惊慌散乱，四下奔逃。冯异追击，大破敌军。祭遵也在县打败王元的军队。于是北地郡诸豪强首领耿定等全都背叛隗嚣，投降东汉。刘秀命令冯异进军义渠。冯异击败卢芳的将领贾览以及匈奴奥日逐王。北地郡、上郡、安定郡全部归降。
窦融又派弟弟窦友前往洛阳，向刘秀上书说：“我很幸运，能够成为先皇后亲属的后代，好几代都是二千石俸禄。我又暂任将帅，镇守一方。所以派遣刘钧，向您口头表达我的赤胆忠心，从内心深处对您没有丝毫隐瞒。而您的诏书却称赞公孙述、隗嚣两位君主三分天下、形成鼎足之势的权力，提到任嚣、尉佗的谋划，我深感忧伤悲痛。我窦融虽然无知无识，但在利与害之际、顺与逆之间，岂能背叛真主旧主，去事奉奸恶、假冒的人！岂能废弃忠贞的节操，去做颠覆国家的坏事！
岂能抛弃已经成就的基础，去追求并无希望的利益！就此三项，即使去问一个疯子，还知道如何决定，而我为什么偏偏会别有用心！谨派我的弟弟窦友前往，亲口陈述我的至诚。”窦友走到高平县，正赶上隗嚣叛变，道路不通，于是派遣司马席封从小路把信带到洛阳。刘秀又派席封给窦融、窦友带信，安慰他们，感情深厚。
窦融于是给隗嚣写信说：“当年，将军亲身遭遇艰难时世，国家蒙受不幸之际，能够坚守节操，义无返顾，效忠汉朝。我等所以钦佩您的高义，愿意听从您的役使，原因的确在此。然而您在愤怒急躁之间，改变自己的节操和意图，舍弃已成之功，去开创难成之业。百年积累的成果，毁于一旦，难道不可惜吗？恐怕是在下面管事的人贪功，设计阴谋，以至成了现在这个样子。当前西州地区地势狭窄局促，人民和军队分散，辅助别人是容易的，自己单独开创局面是艰难的。
假若迷途而不返，听到道理仍然迷惑，那么，不是向南投向公孙述，就是向北加入卢芳罢了。依靠虚假的交情而轻视敌人的强悍，仗恃远方的援救而轻视眼前的敌人，看不到有什么好处。自从战争发生以来，城市全变成废墟，百姓辗转于沟壑之间。幸运的是，天运稍有回转，可是将军又要重复当初的灾难。
这是使旧病不能痊愈，幼童孤儿将再度流离失所，提起这些就可以使人悲痛酸鼻。庸人还都不忍心，何况仁慈的人呢？我听说做忠诚的事很容易，但做得得当确实很难。替人担忧过分，就是以恩德换取怨恨。我知道我将因为上述这些话而获罪。”隗嚣不采纳。
窦融于是和五郡太守共同厉兵秣马，并向刘秀上书，请求指示出兵日期。刘秀深切嘉勉赞美窦融。窦融随即和各郡太守率军进入金城，攻击隗嚣同党先零羌首领封何等，大破羌军。于是沿着黄河，显扬军威，恭侯圣驾。
当时大军还未进发，窦融于是率军返回。刘秀因为窦融很讲信义，清楚地表明了立场，更加嘉奖他。下令整修窦融父亲的坟墓，用牛羊猪各一祭祀，屡次派出轻装使者，送给窦融四方进贡的珍奇食物。梁统仍然担心大家犹豫疑惑，便派人刺杀隗嚣的使者张玄，于是同隗嚣绝交。把隗嚣授予的将军印信绶带全都解下。
先前，马援听说隗嚣对汉朝怀有二心，准备独立，几次写信责备劝说他。隗嚣收到信后更加愤怒。等到隗嚣发兵反叛，马援于是给刘秀上书说：“我和隗嚣本是朋友，开始派我东来时，他对我说：‘我本打算拥戴汉朝，请你前往洛阳观察，你认为可以，我就专心一意拥戴汉王朝。’
等我返回，真心诚意地以实汇报，确实想引导他从善，不敢用不义欺诈他。可是隗嚣自怀奸恶之心，就像强盗憎恨主人，怨恨的感情，于是集中在我的身上。我如果不说明，陛下就无法知道。我请求前往陛下所在之地，向您详尽地陈述消灭隗嚣的策略。”刘秀于是召见马援。马援一五一十地提出作战方案。
刘秀遂命马援率领骑兵突击队五千人，往来劝说隗嚣的将领高峻、任禹等，以及羌族的首领，为他们分析利害，以离间瓦解隗嚣部属。马援又写信给隗嚣的将领杨广，让他劝说隗嚣，信中说：“我看到四海之内已经平定，万民都有同感。可是隗嚣封闭边界，起兵反叛，成了天下众矢之的。
我常害怕大家对隗嚣咬牙切齿，要争相扑杀，因此以眷恋之情给他写信，表达我的伤痛和忧虑。然而竟听说隗嚣把罪过都推到我身上，并采纳王元谄媚邪恶的意见，宣称函谷关以西，一抬脚就可以平定。从现在的局势来看，究竟怎样呢？
我不久前曾到过河内，拜访慰问隗嚣的儿子隗恂。看见他的奴仆吉从西州回来，说隗恂的小弟弟隗仲舒看见吉，想问隗恂是否已遭意外，竟然说不出口，早晚哀号哭泣。又说到全家悲苦忧愁的情况，无法用言语表达。
有怨仇可以指责，不可以用毁灭的手段报复，我听说这些事后，不知不觉流下眼泪。我一向了解隗嚣孝顺慈爱，曾参、闵子骞也比不过。孝敬的父母，哪能不爱孩子！可有儿子身戴刑具，而父亲飞扬跋扈、胡作非为，并想分一杯用儿子的肉做成肉羹这类事吗？
隗嚣平时自己说，他所以拥有军队，是用来保全乡土和父母的坟墓，又说不过是为了厚待士大夫罢了。可是现在，所要保全的乡土将要分裂丧失，所要保全的父母坟墓将被毁掉，所要等待的将反而要受到轻视。
隗嚣曾折辱公孙述而不接受他的爵位，今天却乖乖地去依附他，将有惭愧之色吧！如果公孙述也要求用长子做人质，隗嚣又从何再得一个长子给他呢？从前，公孙述要单独封你为王，而你拒绝。现在你年纪老了，还要低着头和小孩子们挤一个食槽吃食，并着肩侧着身在怨恨的朝中作官吗？
现在朝廷对你的期望很大，你应该请牛邯和各位前辈尊长共同劝说隗嚣。如果说服不了他，确实应该离开他。前些天我观看地图，见天下有一百零六个郡和封国，怎么要用区区两个郡对抗中国的其余的一百零四个郡呢？你事奉隗嚣，从外部讲是君臣关系，从内部讲是朋友关系。说君臣呢，本应该直言进谏；说朋友呢，应该切磋协商。哪有知道他不能成功，却只是懦弱畏缩，咬着舌头，拱手跟他一起陷入灭族之灾的呢？
趁现在定下大计还是很好的，过了这一步，就不同了。况且，来歙是天下忠信之士，朝廷尊重他，他对隗嚣依依不舍，常独自为西州说话。我认为朝廷尤其要在这件事情上建立信誉，必不负约。我不能久留，愿你急速给我回信。”杨广竟然不作答复。将领们每有疑惑争议，都向马援请教，对他十分敬重。
隗嚣上书向刘秀请罪说：“官吏百姓听说大军突然到来，惊慌惧怕，只求自救，我不能禁止。我的部队虽然获得胜利，但我不敢废弃做臣子的节操，亲自把他们追回来。过去虞舜侍奉父亲，如父亲用大棍子打就跑掉，如用小棍子打则承受。我虽然不聪明，怎敢忘此君臣大义！如今我在朝廷掌握之中，赐我死我就死，给我加刑我就受刑。
如能再使我有机会洗面革心，我就是变成一堆死骨，也不会忘记。”主管部门认为隗嚣言语傲慢，请求杀他的儿子隗恂。刘秀不忍心，又派来歙到县送亲笔信给隗嚣，说：“从前，高祖的大将柴武说：‘陛下宽厚仁爱，诸侯中虽有逃亡反叛的，以后归顺，就恢复爵位封号，不予诛杀。’
现在你如果能约束自己，再派隗恂的弟弟到朝廷来做人质，那你的爵位和俸禄都可保全，洪福齐天。我年近四十，在军旅中度过十年，厌恶花言巧语。如果你不愿意，不必答复。”隗嚣知道刘秀已看穿他的欺骗术，于是派使者向公孙述称臣。
匈奴和卢芳不断侵扰，刘秀命归德侯刘飒出使匈奴，谋求恢复以前的良好关系。匈奴单于骄横傲慢，虽然也派使节到洛阳回报，但侵扰如故。