对于现在辽东的兵防，熊廷弼也提出了自己的意见，熊廷弼对于辽东镇的兵马是极为不信任的，他直接了当的提出了自己观点，就是辽兵不足恃，辽将不可用。
对于辽东镇的驻军和这些将领，熊廷弼都是极为不信任的，原因也是非常之简单，在李成梁的纵容之下，辽东各级将校都是豢养家丁，同时大肆的侵占军屯和军饷，导致辽东镇士卒羸弱，不堪战守。
尤其是在李成梁第二次镇守辽东的时候，就更加放肆，放纵麾下的各级军官压榨士卒，使得大量的士卒逃亡，好方便他们侵吞朝廷的军饷。
熊廷弼认为现在最重要的事情就是增加辽东驻军和战马的数量，辽东地区防御的对象主要为蒙古和女真，二者均善骑射。因此，辽东官军战马充足与否，往往会关系到战争的胜败。随着马政的逐渐败坏，加之战争的损耗，辽东的战马严重不足。数十年来，官军的战马多依赖于夷马，而贩卖夷马者趁机隐匿精壮马匹，所售之马皆为老弱之马，毫无作战能力，使得辽东官军无战马可用。
必须要增兵增马，才能够提升辽东镇作战实力，熊廷弼认为现在辽东堪战士兵极少，开原不及二百人，铁岭不过四百人，东协不过五百人，沈阳则抽选锋者十数人，辽军堪战者不过八千，难以抵御强敌。
所以朝廷必须在辽东部署重兵，招募和训练军队，以加强朝廷对于辽东的控制，熊廷弼建议在开原增兵一千五百人，庆云堡增兵一千五百人，靖安、柴河堡增兵千人，添一备御，以此与开原相呼应。
其次，泛河、懿路各量增数百人以守要害，清河堡增兵千人，各属堡俱恢复旧额，改守备为游击来统领。宽甸营量增五百人。辽阳协守营增兵二千人，沈阳量增一千人，宁前增量一二千人。扼守各处要害，以防备东虏。
熊廷弼的奏疏到了朱翊钧的案头之后，朱翊钧仔细看过了熊廷弼的奏疏，对于熊廷弼，朱翊钧还是有些印象的，当年科道弹劾李成梁放弃宽甸六堡，朝廷就是派遣的熊廷弼去查察此事的，不过熊廷弼不仅察了有关弃地的事情，还将辽东的虚实查探的很清楚。
熊廷弼据此弹劾李成梁等人，搞得当时的朱翊钧很难下台，只能够将熊廷弼的奏疏加以留中，因为当时李成梁镇守辽东，很多事情朱翊钧也要稳住他。
当时的首辅沈一贯也认为必须要稳住李成梁，他在给朱翊钧的奏疏中说道：“虏马正弱而敢于入寇，其蔑视中国甚矣。全辽乡官士民，投揭朝房，谓李成梁镇守辽东二十年，虏人畏服，成梁离镇十年八易将，戎务尽弛，战守无资，辽事大坏，还将成梁前去方可整理，况彼家在铁岭，为国为家必宜尽力。”
其实对于这些事情，朱翊钧并非全然不知，李成梁虚报战功，在辽东威福自专，这些事情朱翊钧是很清楚的，但是当时的辽东确实是离不开李成梁的。
朱翊钧将这些事情都按下去的良苦用心即在此，他深知辽东地区的重要性和李成梁的军事才能，惟李成梁守辽东他才放心，所以对于众言官向李成梁抛来的流弹飞矢，他往往加以庇护，而庇护的手段除下发奏疏惩治上疏之人外，最好的办法便是留中，既不与言官发生正面的语言交锋，又保全了李成梁镇守辽东的事业，利益最大化，从而为大明朝获得最大限度的安宁。
但是现在这种行为的恶果也已经显现出来了，在李成梁在世的时候，这些辽东将门还是比较收敛的，李成梁还能够震慑住这些人，同时李成梁毕竟素有威名，对于蒙古、女真还是有一些威慑力的。
但是从李成梁去后，辽东将门不听话的情况就越来越严重了，之前因为马林、麻贵等人在辽东总兵任上皆不得久任，并且和辽东本地的将门发生激烈的冲突。
时任首辅沈一贯在再次举荐李成梁出任辽东总兵的时候就上奏道：“辽东近罹倭虏之患，总兵马林革任，佥谓非李成梁不可。皇上往年特用李如松，固嘉成梁威名尚在，其子必能制虏也。今即使成梁老手展布，必当不负任。使麻贵亦一老将，但系西人，必用西兵为家丁。马林因用西丁搅扰辽人，若麻贵不带家丁，则无手足，若带家丁，又蹈前辙，不若成梁即用辽丁为简便也。”
之前马林等人从宣大带来的家丁就和辽东将门的家丁发生了激烈的冲突，直接导致了马林的罢官，朝廷不得已再次启用李成梁，现在李成梁已死，朝廷对于这些辽东将门，更加难以控制了。
朱翊钧详细查阅了相关的奏疏之后，不得不承认，朱常洛之前的判断是很有道理了，女真确实已经对大明构成了极大的威胁。
朱翊钧对李恩说道：“将熊廷弼此本给哥儿拿去，问问哥儿有什么看法。”
在慈庆宫的朱常洛看了熊廷弼的奏疏之后是极为头大的，原本在朱常洛的想法中，提前起复熊廷弼，稳住辽东局势，为自己争取时间，但是现在熊廷弼要丁忧守制，这使得朱常洛有些无奈。
朱常洛问道：“李公公，可否夺情起复？”
李恩摇了摇头，夺情确实是一个办法，但是夺情也是要有条件的，尤其是在本朝，上一个夺情的人名叫张居正，他的下场如何，大家都是很清楚的。
所以在这种情况下，现在大明的官员们对于夺情这事是极为抵触的，而且夺情一般是在情况紧急的条件下，而现在辽东没有战事，在这种情况下，夺情的前提就不存在，而且熊廷弼不会接受夺情的，如果他有夺情的想法，就不会再奏疏中说这么多。
他之所以在奏疏中说这么多，就是希望朝廷和皇帝明白现在辽东的危局，从而能够选拔合适的官员前往辽东。