而对于方从哲来说，和李腾芳合作也是一件很合算的事情。
方从哲是万历十一年进士，和李腾芳这个万历二十年进士还是有有些交情的，而且方从哲也不愿意孙承宗等人和太子过于接近，尽管孙承宗是东林党中的温和派，但是毕竟是东林党。
对于方从哲来说，无论是从和李腾芳的个人关系还是自己的政治利益来说，支持李腾芳都是很划算的事情。
所以方从哲说道：“太子、皇孙讲读，自然是应当有所区分的，皇孙正当学习经史之际，孙编修负责皇孙豫教，李学士讲读太子，分班教学，不可懈怠。”
对于方从哲的这个安排，讲官们自然是领命的，现在最重要的就是要尽快恢复讲读，所以方从哲以内阁的名义提请，先令六位讲官赴慈庆宫拜见太子、皇孙，然后于六月二十一日开始讲读，朱翊钧予以批准。
对于朱常洛来说，最近还是非常之顺利的，在王安等人的协助之下，朱常洛清理了慈庆宫，同时陆遇也加强了对于慈庆宫的警卫，对于朱常洛来说，还是初步达到了自己的目的，重开讲读，加强和外廷的联系，在宫内，韩本用上任内官监之后，慈庆宫的待遇也得到了很大的改善。
不过朱常洛想要起复熊廷弼的想法却落空了，原本朱翊钧确实已经下达了诏书，起复熊廷弼为右佥都御史巡抚辽东，但是诏书抵达江夏的时候，熊廷弼的老母病逝，正在守制当中，所以无法起复。
虽然熊廷弼没有办法立即到任，但是还是通过奏疏的形式向朱翊钧奏报了辽东的情况和自己对于辽东的看法，熊廷弼认为对于东虏，不能和北虏一样，等闲视之。
在奏疏中，熊廷弼说道：“西虏虽强盛，然所欲不过抢掠财物而止，无远志；而东虏城郭、田庐、饮食、性情与辽同，所志在我土地也。西虏与我界线颇严，尚不知内地虚实，而东虏旧规，讲事止在关上，关吏为之转达，自旧抚、镇玩寇以来，给银牌数面与干骨里等，任其出入，且戒驿递毋阻，阻者辄听夷禀，而加之罪。”
熊廷弼认为在辽东，蒙古已经不再是大明的主要对手，建州女真才是对于大明构成了严重的威胁，蒙古诸部虽然屡次骚扰大明辽东边境，但是主要是为了抢掠金钱和财物，而女真是为了土地和人民，蒙古不知内地虚实，女真则熟知内地实情，因此女真对大明的威胁远远大于蒙古各部对大明的威胁。
所以熊廷弼的建议是要分化瓦解，对于蒙古和女真诸部，都要采取分化瓦解的办法，有针对性的对于建州女真加以限制，加强大明在辽东的力量。
对于现在辽东的情况，熊廷弼也进行了分析，他在奏疏中说道：“且奴酋向来不敢并北关者，犹虑我援，而北关犹力与奴酋抗者，亦恃我能为彼援耳。今若乘此取北关，则北关无援，必为所并，北关并而东西二虏合，则辽必危。为今之计，西虏之衅断不可深，北关之援断不可孤，东虏之计断不可堕；而深西虏之衅，孤北关之援，正所以堕东虏之计，断不可误。”
对于蒙古土蛮部，海西女真、建州女真三股势力，熊廷弼也提出了相应的办法，应拉拢海西女真来确保海西女真倾向于大明，或者保持中立，以此防止漠南蒙古与建州女真势力的汇合。
同时要严格边防，防止建州女真部窥视大明内陆，这是最为重要的问题，熊廷弼认为虏酋善于用间，对于大明辽东的虚实极为了解，朝廷要制虏，首先就是打击东虏在辽东的奸细，加强保密。
对于这个问题，熊廷弼在奏疏中也说的很明确：“以此往来月无虚日，每住广宁辄数月，如家庭然。凡兵马之虚弱，钱粮之匮乏，城堡之坍塌，地形之险易，与夫民穷思乱而欲投虏之状，无不周知而习熟也。此诚可忧虑也。”
除了这些，就是辽东的地形问题了，除了面临周围的强敌的威胁，其自身的地理位置的劣势也是其形势危急的因素之一。辽东三面被敌环绕，如处重围，辽东“而又介在平壤，无重关峻岭为之限隔，朝入则朝获，夕入则夕获，盖无时无虏焉”。
在这种情况下，熊廷弼认为辽东现在已经是危在旦夕了，朝廷必须要采取断然措施，加强辽东的边防，以准备对抗东虏，熊廷弼认为，东虏现在已成气候，而辽东镇现在已经残破，在这种情况之下，朝廷不能轻举妄动，要先修缮边墙，恢复军屯，安定人心，再图进剿。
原来辽东镇的边墙已经朽坏，不堪使用，熊廷弼在之前巡按辽东的时候，就发现了这个问题，在奏疏中熊廷弼也说道：“迩来台堡坍塌，间有存者，低矮易跻，且系泥砌，一掘即倒。又无壕堑阻当，虏骑鞭稍一举，顷刻数十里，以致时时攻劫屯寨，抄掠道途，民废耕种，人阻往来，千里膏腴，鞠为蓁莽，东北一望，良可寒心。”
辽东的边墙朽坏，这是现在最为重要的事情，墙堡墩台残破不堪，形同虚设，根本无法起到防御女真的作用，所以必须要大修边墙以制虏。
针对辽东的边墙，熊廷弼也提出了相应的方案，熊廷弼在奏疏中指出：“宁前、锦、义一带，土多沙碛，只合照依旧址挑挖大壕一道。壕深阔各二丈，一直切下，本质自可耐久。累土为堑，但取土势自起，不宜加陡，以速其圮。”
“自大黑山东至三岔河，又踰河起海、辽、开、铁至镇北关，地平土坚，壕沟水口俱如前式。惟累土为堑，当用土筏包砌于外，如土城然，以取其峻。且草长土固，可以坚久。东昌以北，至庆云关以南，数河横出，皆可引水平灌入壕。壕深可丈，浅可五六尺。春夏秋间，虏骑难越，冬间冰结，墙土凝固，又不得掘挖而入。”
对于辽东各处，要根据他们各自的地理形势，决定相应的修造边墙的办法，以保证边墙的坚固。