当然，朱翊钧也不会这么就屈服了，朱翊钧也是老运动员的，不管是国本还是福王之国，朱翊钧都积累了和朝臣们拉锯的丰富经验，对于朝臣们的反应，也在朱翊钧的意料之中。
很快，朱翊钧就给刑部下旨，令张问达将搬弄是非，造谣挑事的实名参奏。虽没有指名道姓，但朱翊钧所指应是王之寀与陆梦龙无疑。
因为在这次的朝廷风波之中，闹得最厉害的就是王之寀和陆梦龙两人，所以朱翊钧对于他们两人是极为厌恶的，但是张问达也难得的硬气了一回，回奏朱翊钧，刑部内部没有搬弄是非的，现在梃击一案已经审明查实，只待朱翊钧将案犯全部送法司处决。
而除此之外，这些朝臣们也在不断的给郑国泰施加压力，朝臣很清楚，能够左右朱翊钧想法，就是郑贵妃了，既然如此，那就用郑国泰拿捏郑贵妃。
所以在朱翊钧命令整顿御马监禁兵的时候，皇宫内点卯禁军，大理寺署寺事、右寺丞王士昌派人告诉郑国泰说：“点军齐便当索尔家不法器械。”
在张差被抓后，整日如惊弓之鸟的郑国泰不疑有他，立即遣人进宫将此事告诉郑贵妃，希望郑贵妃为他说情。
郑贵妃自然是不疑有他，最近朝廷上下确实是对郑氏喊打喊杀的，再加上朱翊钧和太子的关系似乎是有所好转，这些也自然是使得郑国泰惶惶不可终日。
郑贵妃自然是发动了大明最厉害的风，也就是枕头风，郑贵妃解冠服恳求朱翊钧放过郑国泰，朱翊钧像看傻子一样看郑贵妃，这明显就是朝臣们给郑国泰设下的一个圈套，也就只有郑国泰这种蠢货才会相信了。
朱翊钧真要办郑氏，不管是锦衣亲军还是东厂，只需要一道口谕，就可以将郑国泰抄家，为什么要用御马监禁兵？
王士昌这是故意吓唬郑国泰的，一旦郑国泰派人去找郑贵妃，必然被朝臣所察觉，到时候又是弹章纷纷，本来朝廷上下因为此事就不断在和朱翊钧较劲。
之前二十八日朱翊钧令将张差明日处决，刑科给事中姜性借口斋戒，想为张差缓刑，没有得到朱翊钧的允许，可以看出，朱翊钧是很着急将张差杀人灭口的。
为了防止疯癫派在处决张差时动手脚，傅元鼎疏请亲自监刑，过庭训担任监斩御史。
而在王士昌吓唬郑国泰之后，工科给事中何士晋再次上疏攻击郑国泰，使郑国泰颇为狼狈，连带朱翊钧也很被动。
现在朝廷上下再次因为此事鼓噪起来，即便是朱翊钧也不好处理此事，之前朱翊钧本想在宫内秘密将庞刘二人处决，免得这些宫闱秘密被泄露出去。
但是事与愿违，这些官员们显然不是这么想的，他们认为朱翊钧不将庞刘二人交刑部，就是出尔反尔。
其实这里面主要的原因就是君臣之间的不信任，从争国本一事之后，朱翊钧和大明的臣子们之间就已经没有任何信任了，朱翊钧认为这些官员们都是别有用心，而朝臣们也不再相信朱翊钧这个皇帝的话，这对于大明来说是极为不利的一件事情。
所以现在朝臣对于朱翊钧是极度的不信任，方从哲等人也接连上疏，要求朱翊钧履行自己的诺言，这点朱翊钧也是很清楚的，朱翊钧不得不派人给方从哲和张问达传旨，说明自己的意图，朱翊钧不是想要食言，而是想在宫内将庞、刘二人处决。
但是方从哲他们显然无法赞同朱翊钧的观点，在他们看来，朱翊钧想要在内廷将庞、刘二人处决，就是在帮郑贵妃遮掩。
方从哲、吴道南联名上疏，说明了此中的厉害，两位辅臣还是相对比较客气的，他们先是恭维了朱翊钧果断处置此事，自然是圣君之举，同时对于朱翊钧不愿宫闱秘事泄露，两位辅臣也表示理解。
但是方从哲和吴道南随即指出，要是仅仅在宫内将庞保、刘成加以处决的话，未免会让人对于对于陛下的决定产生怀疑，毕竟他们所涉及的是动摇国本的事情，现在刑部已经将张差处决，而庞保、刘成在宫内处决的话，宫闱深邃，外间不能得知，必然导致官员们对于此事加以怀疑。
尤其是在现在的情况，本来朝廷上下就对于朱翊钧处理梃击一案的方式感到极为不满，认为朱翊钧是在明显袒护郑贵妃，庞保、刘成是谁的心腹，其实大家都是很清楚的，之前朝臣们已经作出了让步，只追究到他们两人。
这已经是非常之大的让步了，要知道刺杀太子这样的谋逆大案，最终只追究到两个太监身上，这已经是非常令人吃惊的事情，结果现在朱翊钧连这两个太监都不交付给刑部，要在宫内杀，这肯定是不能服众的。
在宫内处决，天知道是不是李代桃僵了？这点才是朝臣们所担心的，这种人是绝对不能留下的，必须要将其处决，才能够使得朝廷上下安心，更是使得太子安心。
除此之外，方从哲等人还提出了相应的解决办法，方从哲他们认为，可以不将庞保、刘成移送刑部审问处决，但是必须有法司大员与科道、内臣等一道在大内审断，然后验明正身之后，就在大内处决，由科道监刑，这样才能够保证此事得以了结。
对于方从哲和吴道南的奏疏，朱翊钧还是很重视的，毕竟内阁一致的意见，还是非常之重要的，朱翊钧当即御批道：“九卿三法司会同司礼监讯保、成于文华门。”
同时还命令内官少监韩本用也一道参与，同时厂卫和司礼监也一道参与，主要就是验明正身，防止被外廷质疑朱翊钧李代桃僵。
张问达、刘廷元、王士昌等人代表朝廷前往文华门审讯他们二人，但是由于张差已死，二犯当然不会承认罪行，最后在司礼监李恩的决定下，将庞、刘二人杖毙，刑部也具奏孔道、马三道、李守才三人按蛊惑人心罪流放，李自强、李万仓鞭答，红封教勒令解散，梃击案至此结案。