方从哲和吴道南都上疏予以申救，方从哲在密揭之中详细的向朱翊钧说明了自己的理由，首先处分姜性一个小小的刑科给事中，确实不是什么难事，但是科道一向抱团，处分了一个姜性，反而将事情闹大，并不利于处理此事。
所以方从哲建议，不予理会，免得此事做大，同时方从哲再次奏请朱翊钧和太子一道出来召见群臣，这样才能够使得群臣相信只决张差是太子的意思，将此事大事化小小事化了。
方从哲的奏疏到了朱翊钧的案头之后，朱翊钧反复思量，将这份奏疏看了几遍之后，终于对李恩说道：“罢了，二十八日与太子一道召见他们的，免得他们搅扰。”
李恩当即去慈庆宫传旨，要朱常洛做好相应的准备，同时将皇孙也带上来，朱翊钧也正式批答了方从哲的密疏，决定在五月二十八日与太子、皇孙一道召见群臣。
在得知消息之后，方从哲自然是喜出望外，当即通知了相应的臣子们，而到了五月二十八日，辅臣以及六部、五府、大小九卿、堂上官、科道官等大小官员全部都到文华门等待朱翊钧的召见。
而随后朱翊钧再次传旨诸臣到宝宁门等候，内阁辅臣方从哲、吴道南两人最先到达，之后文武各官陆续达到，而朱常洛也带着皇孙们提前赶到了慈宁宫，朱常洛带领自己的儿子们向老爹行礼，见了自己的孙子们，朱翊钧倒是开心起来了。
很快，内侍将将文武百官引至慈宁宫前给朱翊钧行礼。由于现在距离慈圣李太后去世刚一年多的时间，慈宁宫的几案上还设置有慈圣李太后的灵位，故此朱翊钧身着白袍，头带白冠，站立在大殿左檐前的石栏杆后面，皇朱常洛头戴翼善冠，身着青袍站立在朱翊钧右侧，还有皇孙三人、皇孙女一人站在左边台阶之下。
方从哲赶紧带领群臣行礼，先是向慈圣皇太后灵位行礼，而后是皇帝朱翊钧，最后才是太子，朱翊钧在行礼的时候还特意让方从哲和吴道南二人跪在自己站立的台阶前，群臣礼毕之后，自然是进入了正题。
朱翊钧说道：“自圣母升遐，朕心哀痛无己，每遇岁时及祖宗忌日，必躬祀几筵，虽有足疾不废，而今岁春夏无雨，朕心时切焦劳。昨忽有风癫奸徒张差闯入慈庆宫，持挺伤人，震惊皇太子，朕心恐惧不安，朕思皇太子乃国家根本，素称仁孝，今年己三十四岁，如此长大，朕岂有不爱之理？外廷种种传言，朕不能解也！”
朱翊钧首先就是对于自己这么长时间没有处理梃击一案进行了辩解，主要就是由于慈圣皇太后升遐和大明今年的旱灾而担忧。
首辅方从哲赶紧说道：“陛下圣明，臣等不职，只是太子乃是国本，梃击一案，惊骇天下，圣谕未明，臣子日夜忧心，伏祈圣明明示。”
朱翊钧当然知道方从哲说的是什么事情，朱翊钧立即说道：“元辅要朕明示，朕就明示！”
朱翊钧拉着朱常洛的手，然后指着身旁的皇孙、皇孙女对诸位臣子们说道：“且诸皇孙振振众多，尤朕所深喜，奈何外廷纷纷疑我有他意，且福王既己之国，去此数千里，自非宣召，彼岂能插翅飞至？你们都看见否？如此儿子，谓我不加爱护，譬如尔等有子如此长成，能不爱惜乎？”
朱翊钧表明自己从父子亲情上来说也不会废黜太子，再次向群臣做出保证。然后命内侍引导皇孙们站立在石阶上，让众臣注目细看，斥责臣子离间他与皇太子的骨肉亲情，朱翊钧说道：“朕与皇太子天性至亲，从无疏离，外间种种，皆系谣言，卿等岂可遽信？太子怎么说？”
朱翊钧和朱常洛自然是在这里表演父子情深，朱常洛也赶紧说道：“父皇慈恩，儿臣仰承，我父子从无嫌隙。怎奈外间风闻妄言，众口悠悠，则尔等离间为无君之臣，将使我为无父之子乎？且张差疯癫狂徒，竟至于朝廷不宁，天下惊骇，而疑父皇之慈爱，此儿臣之罪也！”
朱常洛作势欲跪，准备请罪，朱翊钧将朱常洛拉起来，然后问道：“刑部官何在？今当朕父子及百官，何不将此案说来！”
署刑部事左侍郎张问达赶紧上前将案情说了一遍，朱翊钧听完之后说道：“张差身无寸铁，的系疯癫，所供之事，皆系无端攀咬，不必再问。今只将疯癫张差、庞保、刘成三人决了，其余不许波及，恐伤天和，震惊圣母灵位，太子意下如何？”
朱翊钧已经明确作出了自己的决断，就是只杀张差和庞保、刘成三人，了结此事，朱常洛也赶紧说道：“父皇仁爱，只决了张差三人便罢，不必过度株连，使得百姓惊诧！”
见皇帝、太子就金口玉言将此案予以决定了，方从哲赶紧率领群臣叩谢天恩，朱翊钧也赶紧说道：“元辅速速作谕拟来无误，批发刑侍张问达、理丞王士昌以先决三人之旨。”
事情到了这里，也算是妥善解决了，父子和睦，君臣无猜，至于梃击一案，也已经被朱翊钧、朱常洛父子两人联手所解决了，看起来此事也算是告一段落了。
但是在群臣中突然传出一个很大声的呼喊：“陛下极慈爱，太子极仁孝。”
这话本来是没什么问题的，但是在朱翊钧看来，这个声音似乎是在故意嘲弄朱翊钧和朱常洛的这场表演，朱翊钧的脸当即沉了下来，问内侍道：“是何人？”
内侍查看了之后回奏道：“是御史刘光复。”
朱翊钧又问刘光复陈奏何事，有太监听到刘光复所说的话，但朱翊钧仓促之间发问，太监没能原话复述，只是按意思叙述，说刘光复说的是“渠言愿皇上慈爱皇太子”，这下让朱翊钧更加不快了，他认为刘光复是故意在恶心朱翊钧，不过现在朱翊钧也没有和他多计较，只是命人叫他不要再说了。