不过朱翊钧也并没有在这个时候发怒，只是让内侍给刘光复传话让他不要再说了，但是刘光复不仅喋喋不休，而且词语既多过激，声气不觉太高，连方从哲等重臣也不禁皱了眉头。
这下朱翊钧大怒，高声呵斥道：“内廷慈孝，外廷妄肄猜疑，迹涉离间，此人臣之礼乎？”
随即命令锦衣亲军抓捕刘光复，但是仓促之间锦衣亲军并没有在驾前，所以先动手的是内廷的太监们，几个太监蜂拥而上，顿时就将刘光复的袍服撕烂，朱翊钧命令将其押到朝房暂且候旨处分。
原本君臣之臣比较和睦的气氛也在此时被彻底打破，这下不管是朱翊钧父子还是在场的朝臣们都是很尴尬了，在将刘光复押走之后，朱翊钧显然是极为愤怒的。
在朱翊钧看来，刘光复这厮是明白的当着他的面前给朱翊钧上眼药了，朱翊钧对于此事是绝对不能容忍的。
朱翊钧对朝臣们说道：“朕怒此畜辄在圣母几筵前，高声狂吠，震惊神位，为子者五内何等惊慌忿怒，又且于朕前甚无人臣礼，其狂悖于平昔可胜罪责。这厮不知何心术，每每逞臆沽名，狂妄希位，恣肆无忌，专以抗旨讪上，搏击忠良，邀虚名、图美职为事，好生可恶！”
方从哲赶紧说道：“陛下所言极是，然当此慈圣皇太后灵前，罪诚莫逭，心则堪原，祈皇上矜念狂愚，转圜解网。”
朱翊钧自然是不干的，刘光复之前的这些话，使得朱翊钧极为难堪，朱翊钧认为刘光复是在故意嘲讽自己，所以对于他是极为怨恨。
朱翊钧这次没有给方从哲面子，他直接说道：“狂畜刘光复大胆高声，震惊圣母神位，使朕恐惧不安，又无君臣礼，如不严惩，何以严君臣之分，朝廷纲纪！”
这下方从哲是彻底没有了办法，他只能够寄希望于朱常洛来寰转此事，所以方从哲看向朱常洛，朱常洛当然也明白方从哲的意思，朱常洛走过来扶住朱翊钧。
随后朱常洛说道：“父皇何必和这等无知小臣过不去，他们不过是为了出名搏位，若是父皇重惩于他们，反而成全了他们。且为皇祖母计，不宜重惩，将其暂押诏狱，另行处置。”
朱常洛的这个办法确实是现在最好的办法了，刘光复在慈圣皇太后灵位外放肆妄言，朱翊钧是绝对不可能放过他，更何况刘光复的话对于朱翊钧来说确实是极为冒犯的，从朱翊钧的角度来说，是必然要严惩刘光复的。
但是对于方从哲等辅臣们来说，内阁辅臣是肯定要申救科道言官的，否则的话，内阁就会遭到科道的猛烈攻击，这点对于内阁来说是不能接受的，因为现在内阁要想坐稳位置的话，科道的支持是极为重要的，所以为了维护自己的地位，方从哲等人也要保刘光复。
这事是无解的，所以朱常洛提议就是先将刘光复押在诏狱，等候过段时间再处分他就行了，这样君臣不必因为此事而争执不断，先将此事放下，也未尝不是一个解决问题的办法。
除了这些事情之外，还有就是梃击一案的善后事宜，朱翊钧对张问达说道：“刑部之内，有无事生非者，要指名题参，还有马三道等无辜，不宜滥及，致伤天和，仅拟一流。”
张问达当然知道朱翊钧指的是王之寀等人，本来按照朱翊钧的意思，刑部就按照刘廷元的疯癫之论，走个过场，将张差处决，此案了结也就罢了，但是没想到半路上杀出来了一个王之寀，撬开了张差的嘴，使得此案公之于众，这下使得朱翊钧下不来台了，这对于他来说确实是不能接受的。
所以朱翊钧的意思是很明白的，就是要让张问达收拾王之寀，张问达好歹是署刑部事的左侍郎，要想收拾一个六品主事并不是什么难事，张问达当然明白朱翊钧的意思，但是张问达也有自己的打算，王之寀确实是不算什么，一个六品主事罢了，张问达要想处置，确实是可以随意处置的。
但是王之寀背后可是站着东林党，处分一个王之寀不算什么事情，但是为此开罪东林党就是很愚蠢的事情了，张问达也是官场老油条了，当然知道这事不好处理，现在东林党在朝廷之中势力不小，吃罪了他们，张问达可没有什么好果子吃，所以张问达虽然答应下来此事，但是并不准备真的收拾王之寀。
而方从哲见事情说的差不多了，自然是要将最重要的事情给落实了，就是朱常洛和皇孙们讲读大事，方从哲上前仔细端详皇长孙和朱常洛之后，方从哲对朱翊钧说道：“陛下，太子与皇孙讲读进益，诚乃关系国本之事，臣伏祈陛下慎择讲官，以成君德。”
方从哲说完之后，带领群臣跪伏于地，恳求朱翊钧准允重开讲读一事，朱翊钧自然是明白方从哲的意思，他担心朱翊钧翻脸不认账，对于方从哲来说，现在最重要的就是要解决太子和皇孙的讲读问题，只要能够解决此事，方从哲挟此之功，就能够在内阁站稳脚跟，即便是东林党也将其奈何不得。
朱翊钧沉吟半晌之后才说道：“既然如此，元辅可于翰苑之中拣选英才，条陈推荐，朕于中选取，以开讲读。”
朱翊钧算是将此事答应了下来，这样方从哲对于朝廷也算是有了一个交代，虽然不能将梃击案彻底查明，但是借由此事，方从哲办成了太子和皇孙的出阁读书大事，而作为首辅，方从哲在选拔哪些人担任讲官上是有很大的权力的，正因为如此，方从哲对于讲读一事是极为重视的，因为这是巩固他首辅地位的重要筹码。
而朱翊钧自然也是很清楚方从哲的想法的，方从哲尽管依靠齐楚浙党，但是他自己并非党魁，再加上东林党的步步紧逼，使得方从哲这个首辅是很困难的，他需要足够的威望，这点朱翊钧还是很清楚的，如果没有足够的威望，方从哲就不能替朱翊钧弹压朝廷。