民国二十三年，苏州城的天就像被捅了个大窟窿，暴雨“哗哗”地往下倒。有个古董商叫林成云，这一天他在运河的淤泥里，费了好大劲捞出个青铜匣子。打开一看，里面有个用橄榄核雕成的小破船，这核舟浑身黑漆漆的，雕工看着那叫一个糙。凑近一瞅，船舱里模模糊糊能看见三具缩小了一百倍的尸体，都缩成一团。
林成云好奇心上来了，拿显微镜这么一瞧，嘿哟，可把他吓得一哆嗦！那尸体突然就睁开眼了，划桨的动作都看得真真儿的。当天晚上，这青铜匣子里“咕嘟咕嘟”渗出一股子腥臭的黑水，把他宝贝得不行的《核舟记》残卷都给浸透了。
到了修复核舟的第七天，林成云有个学徒叫阿九，在工坊里莫名其妙就死了。尸检的时候，发现他瞳孔里倒映着核舟里划桨的尸体，脖子上还有跟核舟里尸体一样的勒痕。林成云又拿显微镜一看，好家伙，更吓人的事儿来了！那尸体正拿着船桨蘸着黑水，在舱壁上刻“还我命来”。大半夜的，工坊里全是血雾，核舟飘在半空中，尸体一块儿扯着嗓子喊：“替我轮回！”
林成云哪能坐得住啊，赶紧去查这核舟的来历。一打听才知道，这核舟原来是明末核雕大师陆九渊的。这陆九渊因为私藏了宫里的密档，让锦衣卫给灭了门。就他儿子陆小舟偷着把这核舟带出来跑了。陆小舟把全族的魂魄都封印在这核舟里，还发誓说“每代执舟者必死”。林成云在匣子底儿还发现了陆小舟的血书，上面写着：“舟中三魂，一为父，一为母，一为我。凡见此舟者，皆为祭品。”
再往后，林成云右手指尖开始变得透明，拿显微镜一看，跟核舟里的尸体一样在缩小。他这下反应过来了，敢情这核舟在吸他的精气呢！为了躲开这诅咒，他把核舟扔到虎丘剑池里去了。可才过了三天，他跑到池底一看，核舟好好地在那儿待着，那尸体还拿着船桨搅和着水呢。更邪乎的是，池水里还倒映出他全身缩小的影子。
有一回，林成云照铜镜，发现核舟里的尸体变成三道黑影，趴在他后背上。显微镜下，他血液里全是跟核舟尸体一样的黑色丝线。他想着斩断这因果，就去打听陆家后人，结果到陆氏祖坟一看，所有墓碑上都刻着“陆九渊”，棺材里啥都没有，就剩个跟核舟大小差不多的檀木盒子。
没办法，林成云把核舟扔到雷击木堆里烧，这一烧可好，火焰里冒出来三具焦黑的尸体，一块儿喊：“你亦是陆氏血脉！”原来他祖母以前是陆家的丫鬟，这核舟早藏在林家祠堂的梁柱里了。火灭了，核舟一点儿事儿没有，尸体划桨的速度快了十倍，林成云的影子也从身体里跑出来，变成核舟里第四具尸体。
这林成云一咬牙，想了个损招，骗仇家的儿子去摸核舟，想把这诅咒转移过去。那少年刚一碰到核舟，里面的尸体“嗖”地就扑出来，船桨“扑哧”一下就刺穿了少年的咽喉。林成云一看，核舟里多了个穿着现代衣服的尸体，这不就是他缩小的魂魄嘛。显微镜下，那三具前朝尸体正用船桨把他的魂魄钉在核舟里。
走投无路的林成云跑到虎丘塔顶自焚，核舟掉进了万丈深渊。可才过了三天，苏州古玩市场就出现了一个新核舟，雕工跟陆九渊的一模一样，船舱里蜷着四具尸体，其中就有林成云缩小的模样。显微镜下，尸体正用船桨在舱壁上刻：“第廿一代执舟人，林成云。”
林成云的魂魄被困在核舟里，看着历代执舟人的魂魄在舱里不停地轮回受刑。他后来才知道，这核舟是陆小舟用自己骨血雕的，每代执掌者都是陆氏后裔。显微镜下，核舟外壁还浮现出陆小舟的怨念：“怨毒入髓者，方成新弦！”
时间一晃到了现代，苏州博物馆有个研究员，在展柜里发现了一个没名的核舟。他拿显微镜一瞧，舱里的四具尸体突然都抬起头，一块儿嘶吼起来。这研究员一瞅，自己右手都透明了，展柜玻璃上还映出身后三道黑影。唉，这核舟执掌者啊，就这么永远在轮回里折腾。