二年（己未，公元59年）
春季，正月辛未（十九日），在明堂为光武帝举行祭祀大典。明帝及公卿、诸侯，初次戴上特制的专用冠帽和玉佩参加仪式。典礼结束后，登上灵台，察看天象。大数天下。
三月，明帝临幸辟雍。第一次举行大射礼。
冬季，十月壬子（初五），明帝临幸辟雍第一次举行养老礼。命李躬为三老，桓荣为五更。三老身穿麻布大袍，头戴前高七寸、后高三寸、长八寸的黑布进贤冠，手扶玉杖。五更的装束也同三老一样，但不用玉杖。明帝来到辟雍的礼殿，坐在东厢，派使者用单马牵拉的安车将三老和五更接到太学讲堂。明帝在门屏处亲迎，互相行礼。
然后明帝自东阶引路，三老从西阶而上。到达阶顶，明帝依礼作揖。三老登堂，面向东方，三公摆设几案，九卿将鞋放正。明帝亲自卷起衣袖切割祭肉，捧上酱汁请三老食用，手执盛酒之爵向三老敬酒。先祝进餐不梗，后祝咽食不噎。五更面向南方，由三公进奉肉、酒，礼仪和进奉三老相同。
仪式结束后，召桓荣和他的学生登堂。明帝亲自讲论经书，儒生们则手执经书在明帝面前询问疑难。环绕在辟雍大门外桥头观看和聆听的官吏和士人，不计其数。于是明帝下诏，赐封桓荣为关内侯，三老、五更都终身享受二千石俸禄并赏赐全国的三老，每人一石酒，四十斤肉。
明帝当太子时，曾向桓荣学习《尚书》。及至登上帝位，仍以师生之礼尊奉桓荣。他曾临幸太常府，命桓荣朝东而坐，为桓荣设置几案和手杖，集合文武百官和桓荣的学生数百人，而他本人则亲手拿着经书听讲儒生们有离开座位向明帝提出疑难的，明帝便谦虚地说：“有老师在这里，我怎能讲解呢？”事后，明帝将太官供应的食具全套赏赐给桓荣家。
每当桓荣患病，明帝便派使者慰问，送食物的太官和治病的太医在路上前后相望，来往不断。桓荣病重时，上书叩谢皇恩，请求奉还爵位和封地。明帝亲临桓家问候病情，一到街口，便下了车，手抱经书来到病榻之前。他手抚桓荣，泣涕流泪，赐给桓荣床垫、帷帐、刀剑、衣服、被褥，停留许久才走。
从此，前来探病的诸侯将军、大夫们不敢再乘车直抵桓家大门，全都步行到桓荣床前拜见。桓荣去世后，明帝亲自改换丧服吊唁送葬，在首山南麓赐给桓荣一块墓地。桓荣之子桓郁本应继承爵位，但他要让给哥哥的儿子桓泛。因明帝不许，桓郁才接受了封爵，但将封地上的田赋收入全部送给桓泛。明帝任命框郁为侍中。
明帝因中山王刘焉是郭太后的小儿子，又深得阴太后的宠爱，所以唯独让他留在京城，直到本年才同其他亲王一起前往封国。赏给他虎贲卫士和骑士，恩宠特厚，只准他一人来往京城。明帝对阴太后和郭太后所生的儿子，都以礼相待，事事必定一律平等。这些亲王经常得到赏赐，都蒙受深厚的皇恩和眷顾。
十月甲子（十七日），明帝出行，临幸长安。十一月甲申（初七）派使者用中牢—以一猪一羊为祭牲祭祀萧何和霍光。明帝经过他们的墓地时，在车上手按横木，俯身致敬。明帝又从长安前往河东郡。十一月癸卯（二十六日），返回京城皇宫。
十二月，护羌校尉窦林因欺骗主上及贪赃枉法之罪，下狱处死。窦林是窦融堂兄之子。当时的窦氏家族，有一个公、两个侯个公主和四个二千石官。
从祖父到孙儿，他们的官府和私邸遍布京城地区，可以彼此相望。窦氏的富贵与显赫，皇亲国戚和功臣中无人能够与之相比。及至窦林被诛，明帝接连下诏严厉责备窦融。窦融惶恐不安，请求退休，明帝便下诏命令他回家养病。
本年，第一次举行“五郊迎气”典礼。
新阳侯阴就之子阴丰娶郦邑公主为妻，公主骄横嫉妒，阴丰将她杀死，因此获罪被诛。他的父母阴就夫妇自杀。
南匈奴单于汗去世，前单于比的儿子适继位，此即醌僮尸逐侯提单于。
三年（庚申，公元60年）
1春季，二月甲寅（初九），将太尉赵熹、司徒李免职。
二月丙辰（十一日），任命左冯翊郭丹为司徒。
二月己未（十四日），任命南阳太守虞延为太尉。
二月甲子（十九日），将贵人马氏立为皇后，皇子刘炬立为太马皇后是马援的女儿，光武帝时被选入太子宫。她能够侍奉顺承阴皇后，和同辈友好相处，礼数周全，上下和睦，于是特别受到宠幸。及至明帝即位，便将她立为贵人。
当初，她的异母姐姐的女儿贾氏也被选入太子宫，生下儿子刘炟。明帝因马氏没有儿子，便命她抱养刘炟，对她说：“人不一定非得亲自生儿子，只担心爱心不够、养护不周罢了。”
于是马氏全心全意地抚育刘炟操劳辛苦胜过亲母对待亲子。刘炬也天性孝顺，于是母慈子爱，两人始终亲密无间。马氏常因明帝子嗣不多，向明帝推荐左右的美女，唯恐做的不周全。每当后官有人陪伴了明帝，她总是加以慰存和接见；若是有人被多次召幸，便给予崇厚的待遇。
及至有关官员上书建议选立皇后，明帝还没有开口，阴太后便说：“马贵人在后宫中品德最佳，就选这个人吧。”马氏登上皇后之位以后，越发自谦庄重，爱好读书。她常穿粗丝之服，裙脚不加边缘。每月初一、十五，嫔妃和公主们入宫请安，远远看见皇后衣着简单粗糙，还以为是特制的丝绸，走近一看，才笑了起来。
皇后道：“这种绸料特别适于染色，所以用它。”百官上书中有难以决定的事项，明帝曾多次用来试验皇后的才识。后便分析推理，一一得到了真实情况。然而她从不为家人私情干预政事。明帝因此对她既宠爱又敬重，始终不衰。
明帝怀念创立东汉中兴大业的功臣，于是在南宫云台画上二十八位将领的肖像。邓禹居第一位，以下是马成、吴汉、王梁、贾复、陈俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、坚镡、冯异、王霸、朱祜、任光、祭遵、李忠、景丹、万修、盖延、邳肜、铫期、刘植、耿纯、臧宫、马武、刘隆。又增补王常、李通、窦融、卓茂，共计三十二人。因为马援是皇后之父，所以唯独他不在其内。
夏季，四月辛酉（十七日），将皇子刘建封为千乘王，刘羡封为广平王。
六月丁卯（二十四日），天船星座北方出现异星。
明帝大兴土木，兴建北宫。当时正逢天旱，尚书仆射会稽人钟离意来到皇宫门前，摘去官帽，上书道：“从前商汤遇到旱灾，曾用六件事责问自己：“是执政用权不节制吗？是使用民力过度吗？是修建宫殿建筑太多吗？是女人、宦官掌权吗？
是贿赂贪污盛行吗？是进谗言的小人得势吗？如今，我看到正在大修北宫，农民不能适时耕作。自古以来，忧患之事不是宫室狭小，只是担心人民不安。应当暂且停止修建北宫，以顺应天心。明帝下诏答复道：“商汤提到的六件事，错误只在一人身上。钟离意可以戴上官帽，穿上鞋，不要请罪！”并命令大匠停止营建一切宫室，减少不急的开支。
他还因此下诏向公卿和百官谢罪，承认过失。于是上天应时降雨。钟离意向朝廷举荐全椒县长刘平，明帝下诏将刘平征召入京，任命为议郎。刘平在全椒主持政务时施惠于民，当地百姓中，有人增报资产以多纳赋税，有人自减年龄来主动服役。刺史、太守等州郡官员到县视察，发现监狱中没有羁押的囚犯，百姓认为各得其所。
因找不出有何问题应当查问，只得宣布诏书，然后离去明帝性情狭隘而苛察，好用耳目窥探群臣的隐私，认为这就是英明。公卿等高级官员屡屡被辱骂，陪伴近侧的尚书以下官员甚至遭到殴打。明帝曾因事对郎官药崧发火，用手杖责打药菘。
药崧逃跑，躲到床下。明帝十分愤怒，厉声喊道：“郎官出来！”药崧便说：天子穆穆，诸侯皇皇’，哪有皇上，动手打郎！”明帝这才将他放过。当时朝中群臣无不胆战心惊，争着表现出严厉苛刻的态度，以逃避诛杀或斥责。唯独钟离意敢于同明帝争辩，直言劝谏屡次将他认为不妥的诏书封起来奉还。
官员有了过错，他便设法解救。适逢天象接连出现怪异，钟离意上书道：“陛下尊敬畏惧鬼神怜悯体恤百姓，然而却出现气候失调寒暑不合时令的现象，其过错在于百官不能推广皇恩和尽到职守，而以苛刻作为时尚。群臣之间没有相亲的心愿，官民之间没有谐调的感情，以至影响违逆了祥和之气，招致天灾。百姓可以用恩德来感化，却难以用强力来压服。
《诗经·鹿鸣》之诗一定要提到欢宴的缘故，是由于人神之心相通，然后气候才能调和。希望陛下赐恩德，宽刑罚，使天时之气和顺，以谐调阴阳。”明帝虽未采纳钟离意的建议，但知道他是出于至诚之心，因而始终爱护和厚待他。
秋季，八月戊辰（二十五日），明帝下诏：依照谶文，将太乐官改称为太予。
壬申晦（疑误），出现日食。明帝下诏：“从前楚庄王因本国无灾而生怕上天遗忘了自己，以至生出警戒恐惧之心；鲁哀公昏庸乱政，但因无可挽救，上天也没有降下灾异进行谴责。如今出现了日食，表示我们或许还可以救药。各部门主管官员要努力尽心于职责，以助我完成天子的重任！”
冬季，十月甲子（二十二日），明帝随同皇太后临幸章陵县。荆州刺史郭贺政绩优异，明帝赐给他三公穿用的礼服，上面绣有黑白相间的斧形花纹和黑青相间的双“己”形花纹，并赐给他悬有七条玉串的礼冠。命郭贺在巡行所部时除去车前的帘帐，让百姓观瞻仪容服饰，以表彰他的德行。十月戊辰，明帝一行从章陵返回京城。
本年，京城洛阳及七个郡和封国发生水灾。
莎车国王贤用武力强占了于阗、大宛、妫塞等三王国，派莎车将领镇守。于阗人杀死了莎车守将君德，拥立本族首领休莫霸为王。于是贤率领西域各国数万兵众攻打于阗，却被休莫霸大败，贤脱身逃回到本国。休莫霸进军包围莎车，身中流箭而死。
于是于阗人又推立休莫霸哥哥的儿子广德为王。广德便派弟弟仁去攻打贤广德的父亲先前被扣在莎车，至此，贤便送还广德之父，并将自己的女儿嫁给他做妻子，同于阒建立了和亲关系