起初，王莽任命广汉人文齐当益州郡太守。文齐劝导农民耕田，训练军队，招降各部夷人，郡内十分和平。公孙述时代，文齐据守险要。
公孙述拘捕他的妻子儿女，向他许愿封做侯爵，文齐不肯投降。后来他听说刘秀即位，派人从小路到洛阳，为自己呈上奏章。蜀郡平定后，刘秀征召文齐当镇远将军，封成义侯。
十二月辛卯（初一），杨武将军马成代理大司空职务。
这一年，参狼羌部落和其他羌人部落侵犯武都。陇西太守马援，击败羌军，一万余人投降，于是陇右一带平安无事。马援的宗旨是要对人有恩德，讲求信誉，对下宽厚，任用官吏职责分明，自己只总揽大局。因此，宾客故旧每天都挤满大门。
各部门主管有时向他报告外面的公事，马援就说：“这是丞、掾分内的事，哪值得麻烦我！可怜可怜我这老头子，让我能够游乐玩耍。如果豪强大姓侵犯小民，或者狡猾的官吏枉法，这才是太守的事。”邻县曾有人报私仇，官民震惊，传言羌人反叛，百姓跑到城内。
狄道县长上门，请求关闭城门征调军队。当时马援正和宾客喝酒，大笑说：“羌人怎么敢再来侵犯我？告诉狄道县长，回去守在官舍，害怕得太厉害的话，可以伏在床底下。”后来，情况逐渐安定，全郡人都佩服马援。
刘秀下诏：“边疆官吏如果没有力量交战就采取守势；追击敌人时要估量敌人的情况，或远或近，不要拘泥于军法中的‘逗留法’。”
山桑节侯王常、牟平烈侯耿况、东光成侯耿纯都已去世。耿况患病时，刘秀好几次亲自探望，又任命耿的弟弟耿广、耿举同时担任中郎将。耿兄弟六人，全都身佩青紫色印信绶带，在病榻前控视、侍奉汤药，当世认为是荣耀。
卢芳和匈奴、乌桓的军队联合，多次侵犯边境。刘秀派遣骠骑大将军杜茂等率军镇守北方边境，整修飞狐道，修筑碉堡，建造烽火台。和匈奴、乌桓大大小小共打了数十上百次战斗，始终不能取胜。
刘秀诏令窦融和五郡太守到京都洛阳朝见。窦融等接到诏令后动身前往，官属和兵客跟随，车队有一千多辆，马牛羊遍野。到达以后，窦融前往城门，奉上印信绶带。刘秀下诏派使者发还侯爵印信绶带。
接见窦融，对他的赏赐恩宠轰动了洛阳。不久，刘秀任命窦融当冀州牧。又任命梁统当太中大夫，姑臧县长孔奋当武都郡丞。姑臧县在河西是最富饶的地方，当时全国还未平定，士人多不检点，没有节操，在县长的位置上不满几个月就积累起大量财富。
孔奋在职四年，行为清正廉洁，被众人所讥笑，认为他身在油脂之中却不能滋润自己。等到跟随窦融到京都洛阳，各郡守、县令的钱财货物装了一车又一车，布满平川洼泽，唯独孔奋没有财产，只乘一辆车上路。刘秀因此奖赏他。刘秀任命睢阳县令任廷当武威太守。刘秀亲自召见，告诫他说：“好好侍奉长官，不要丢掉名誉。”
任延回答说：“我听说忠诚的臣子与人不和睦，与人和睦的臣子不忠诚。履行正道，奉公守法，是臣子的节操。如果下级对上级随声附和，那不是陛下的福分。陛下说要好好侍奉长官，我不敢接受。”刘秀叹息说：“你说得对呀！”
十三年（丁酉，公元37年）
春季，正月庚申（初一），大司徒侯霸去世。
戊子（二十九日），刘秀下诏：“各郡、封国进贡山珍海味，太官不能再接受。远方进献祭祀宗庙食物，则依照旧例。”当时外国有进献良马的，可日行千里；又有人进献宝剑，价值一百两黄金。
刘秀下诏，把宝剑赏赐给骑士，让良马去驾皇家的鼓车。刘秀平素不喜欢听音乐，手不持珍珠宝玉。有一次外出打猎，车驾夜里返回，上东门候汝南人郅恽拒绝开门。刘秀命随从在门缝间和郅恽见面，郅恽说：“灯火太远，看不清是谁。”于是不接受诏命。刘秀只好返回，从东中门进城。
第二天，郅恽上书规劝说：“从前，周文王不敢沉溺于狩猎，全身心地为万民服务。可是陛下远到山林中打猎，夜以继日，这对社稷和宗庙有什么好处呢？”奏章呈上后，刘秀赏赐郅恽一百匹布，贬逐东中门候当参封县尉。
二月，刘秀派遣捕虏将军马武屯军滹沱河，以防备匈奴。
卢芳进攻云中，久攻不下。卢芳的将领随昱在九原留守，想胁迫卢芳投降东汉。卢芳得知后，与十余名骑兵卫士逃入匈奴地区。卢芳的部众全都属随昱所有，随昱于是到洛阳投降。刘秀下诏，任命随昱当五原太守，封为镌胡侯。
朱祜上奏章说：“古时候，臣子受封，不是直系皇族，不封王爵。”丙辰（二十七日），刘秀下诏，长沙王刘兴、真定王刘得、河间王刘邵、中山王刘茂，都降爵为侯。丁巳（二十八日），改封赵王刘良为赵公，太原王刘章为齐公，鲁王刘兴为鲁公。这时，刘氏皇族以及原封国撤销而由后世继承爵位的，共一百三十七人。
富平侯张纯，是张安世的四世孙，曾经历王莽时代，因敦厚谨慎守法而能保全爵位。建武初年，张纯先来归附，照旧为侯。现在主管部门上奏：“侯爵中除非刘姓宗室，不应恢复封国。”刘秀说：“张纯在宫禁中值宿警卫已十余年，不要废除。”改封为武始侯，封地为富平县的一半。
庚午（疑误），封绍嘉公孔安为宋公，承休公姬常为卫公。
三月辛未（十二日），刘秀任命沛郡太守韩歆当大司徒。
丙子（十七日），代理大司空职务的马成又担任杨武将军。
吴汉从蜀地整军返回，到达宛城。刘秀下诏，准许他到家乡祭祀祖坟，赐谷二万斛。夏季，四月，吴汉回到洛阳。于是刘秀举行盛大宴会犒赏将士。有功之臣封土调整增加的，共计三百六十五人。外戚及加恩分封的，有四十五人。封邓禹为高密侯，辖地四个县。封李通为固始侯、贾复为胶东侯，辖地都是六个县。
其他侯爵的封地各有等差。对已经死去的，加封他的子孙，或改封其宗族旁支。刘秀在军旅中时间很长，厌倦战争，而且知道天下百姓疲惫贫困，渴望休息。自从陇、蜀平定之后，除非有危险紧急的情况，未曾再谈论军事。
皇太子曾向他请教打仗的事，刘秀说：“从前卫灵公请教战争的事，孔子不肯答复。这不是你应该问的。”邓禹、贾复知道刘秀决定放下武器，用礼乐教化进行统治，不愿功臣们身在洛阳而拥有重兵，于是二人交出军权，潜心研究儒家经典。刘秀也考虑到功臣们今后的去向，想保全他们的爵位和封地，不让他们因为职务而有过失，于是撤销左将军、右将军的官职。
耿等也交出大将军、将军的印信绶带，全都以侯爵的身份离开朝廷，回到自己的宅第。他们被加以特进之衔，定期参加朝会。邓禹性格敦厚，有十三个儿子，让他们各自研习一种技能。他治家的严谨，对子孙的教育，都可以作为后世效法的榜样。家里的开支取自封地的收入，不从其他产业营利。
贾复刚毅正直，有大节。回到宅第以后，关起门来修身养性。朱祜等举荐贾复，认为他适宜做宰相，而刘秀正责成三公整顿官吏制度，所以一律不任用功臣。这时，侯爵中只有高密侯邓禹、固始侯李通、胶东侯贾复三人和三公九卿一起议论国家大事，恩宠特别深厚。刘秀虽然控制功臣，但往往能维护包容他们，原谅他们的小过失。
远方进贡珍味美食，一定先赏赐所有诸侯，而太官都没有多余的，因此功臣全都保持他们的爵位财产，没有被诛杀或谴退的。益州把公孙述的盲人乐师、祭祀用的乐器、用五采羽毛编成篷盖的车，以及帝王后妃专用的各种车辆等，送到洛阳，于是帝王仪伏所用的器物才开始完备。当时战事已经平息，天下少事，各种公文的往来和差役的调遣，力求从简从少，只有从前的十分之一。
甲寅（疑误），刘秀任命冀州牧窦融当大司空。窦融因自己不是刘秀的旧臣，一旦入朝，官位在那些功臣之上，所以朝会晋见，神情和言辞都十分卑谦，刘秀因此更加亲近厚待他。窦融小心翼翼，内心却总是不安，几次请求辞去官职和爵位。他上书说：“我有儿子，每天早晚用儒家经典教导他。
不让他学习天文，不准他研究预知祸福的谶记，只想让他恭敬怕事，恪守正道，不愿他有才能，何况竟要把连接几个城市的广大土地传给他，让他享受继承诸侯王国呢！”因此又请求单独晋见刘秀。刘秀不准。后来，有一次朝会完毕，窦融在席位后面徘徊，刘秀知道他要谈辞职的事，就让左右传旨催他离开。
几天以后，有一天刘秀见到窦融，对他说：“那天，我知道你要辞职，归还封土，所以让左右告诉你，天气太热，暂且去自己凉快一下。今天见面，应当谈论别的事，不能再说辞职。”于是窦融不敢再提这件事。