汉光武帝建武六年（庚寅，公元30年）
春季，正月丙辰（十六日），东汉把舂陵乡改为章陵县，按照刘邦祖籍丰县和沛县的作法，世世代代免除赋税徭役。
吴汉等攻下朐县，斩杀董宪、庞萌，长江、淮河、崤山以东全部平定。将领们返回洛阳，刘秀设酒宴赏赐。刘秀被多年的戎马生活所苦，因为隗嚣又派遣长子做人质，公孙述又在遥远的边陲，就对将领们说：“暂且应当把这两个人置之度外。”于是命将领们在洛阳休养，把军队调防到河内，多次向隗嚣、公孙述传送书信，告诉他们祸福利害。
公孙述屡次向中原地区发送文书，说自己有将当皇帝的天赐符命，想以此迷惑众人。刘秀给公孙述写信说：“符命上说的‘公孙’，是指汉宣帝取代汉朝的人姓当涂，名高。您难道是高本人吗？您又把掌纹‘公孙帝’作为祥瑞，王莽怎么值得效法呢？
如今您不是我的乱臣贼子，只不过在仓猝之时，人人都想做君主罢了。您已经年老，妻子儿女还小，应当早作决定。天下帝王之位，不可以凭人力争得。您应当三思！”信封上写的是“公孙皇帝”。公孙述不予答复。
公孙述的骑都尉平陵人荆邯向公孙述建议：“汉高祖刘邦从军队中崛起，好几次兵败被困。然而溃败之后又重新聚合，养好了创伤再投入战斗。为什么呢？冒死前进反而获得成功，胜过后退归于灭亡。隗嚣遭逢时世的机运，占据雍州，军队强盛，士人归附他，威望传到崤山之东。
遇到更始朝政治混乱，刘玄又失去天下，天下老百姓伸长脖子盼望太平，全国陷于土崩瓦解，隗嚣不趁此时除去危险赢得胜利，争得皇帝的宝座，而退却打算做周文王式的西方霸主。他尊崇并学习儒家经典，招揽宾客隐士，停止扩充和训练军队，低声下气地事奉汉朝，还感叹地以为自己是周文王再世。使刘秀将对隗嚣的忧虑置之一边，专心倾注力量在东边征讨群雄，四分天下，刘秀占有三分。
又派出秘密使节，招纳叛离的人，使西州一带英雄豪杰都心向崤山以东，于是五分天下，刘秀占有四分。如果向天水进攻，必定击溃隗嚣。天水平定以后，则九分天下，刘秀占有八分。陛下依靠梁州这块地方，对内要供奉皇帝，对外要供给军队。百姓愁苦困顿，不能忍受上面的驱使，将会发生王莽那种内部自己瓦解的变化。
以我的愚见，应该趁着天下百姓要求太平的愿望没有断绝，英雄豪杰还可以招纳罗致，赶紧在此时，征调国内的精锐部队，命田戎占据江陵，面对长江的会合处，依靠巫山的险阻，修筑壁垒坚守；向吴、楚各地发布文书，长沙以南一定会望风归降；命延岑出兵汉中，平定三辅，天水、陇西会拱手自己臣服。这样一来，天下震撼，希望有最大的利益可图。”
公孙述以荆邯的话询问群臣，博士吴柱说：“周武王讨伐商王朝，八百个诸侯不约而同地表示赞成，然而仍退兵等待上天的旨意。没有听说过没有周围邻国的协助，而打算出兵千里之外的事！”荆邯说：“刘秀并没有一尺土地的凭藉，驱驰一群乌合之众，但跨上战马冲锋陷阵，所向无敌。
不赶快抓住时机和刘秀分享功业，却坐在那里大谈周武王的主张，这是再次效法隗嚣想当周文王的做法。”公孙述同意荆邯的话，准备征发所有北军屯垦的士兵以及由崤山以东地区的人组成的客籍军队。命令延岑、田戎分两路出发，和汉中各将领的部队合并，共同进击。可是蜀地人士和公孙述的弟弟公孙光认为，不应倾全国之力征战千里之外，以此一举决定成败。
他们极力反对，公孙述才作罢。延岑、田戎也多次请求带兵建立功绩，公孙述始终疑虑不接受，只有公孙氏家族的人能够掌权。公孙述下诏令废除铜钱，铸铁钱，结果货币不通行，老百姓苦不堪言。公孙述为政苛细，对于很小的事也要过问，就像当初做清水县令时那样。
并喜欢改换郡县官名。他年轻时曾经出任过郎的官职，熟悉汉朝的旧典，称帝后出宫入宫都用法驾，以绣着鸾鸟的大旗、枪杆上挂着牦牛尾的骑士作前导。又封他的两个儿子为王，各以犍为、广汉两郡的几个县做食邑。有人向公孙述进谏：“成败还未可知，战士们暴露在沙场上，而先封自己的爱子为王，这表示没有远大的志向！”公孙述不听规劝。从此大臣们全都怨恨。
冯异从长安到洛阳入朝晋见。刘秀对公卿说：“冯异是我当初起兵时的主簿，为我披荆斩棘，平定关中。”晋见已毕，赏赐珍宝、钱、帛，颁下诏书说：“当初在仓猝之时，你在芜蒌亭进献豆粥，在滹沱河进献麦饭，深情厚意，长时间未能回报。”
冯异叩头拜谢说：“我听说管仲对齐桓公说：‘愿君王不忘我射您带钩的事，我不忘被装入囚车的事。’齐国依靠这两个人强盛起来，我今天也愿陛下勿忘河北的苦难，我不会忘记在巾车乡您对我的恩德。”冯异在洛阳逗留十余天，刘秀命他和妻子儿女西行返回任所。
申屠刚、杜林从隗嚣那里来到洛阳，刘秀任命二人当侍御史。任命郑兴当太中大夫。
三月，公孙述命田戎出江关，招集其旧部，准备夺取荆州。不能取胜。
刘秀于是给隗嚣下诏，打算让他从天水出兵攻打公孙述。隗嚣上书说：“白水关险恶，难以通过，栈道残破断绝，无法利用。公孙述性情严厉残暴，上下相互不信任，等到他的罪恶显露出来再攻打他，就能造成一呼而内外响应的形势。”刘秀知道隗嚣终不能被己所用，于是策划出兵讨伐他。
夏季，四月丙子（初八），刘秀前往长安，拜谒汉朝历代皇帝的陵墓。派遣耿、盖延等七位将军取道陇西征讨公孙述。刘秀先派中郎将来歙赐给隗嚣诏书，告诉他自己的意图。隗嚣又反复考虑，疑虑重重，很长时间不能决断。来歙生气地责备隗嚣说：“皇上认为您懂得善恶是非，通晓胜衰兴亡，所以亲自写信，充分表达自己的意愿。
您推诚效忠，已经派您的儿子隗恂到洛阳做人质，却反而要听从小人的蛊惑之言，要做灭族的打算吗？”于是准备向前刺杀隗嚣。隗嚣起身入内，召集部众要杀来歙。来歙从容地拿着符节登车离去。隗嚣让牛邯率兵把来歙的车团团围住。隗嚣的部将王遵劝谏说：“来歙虽然是单独充任远方的使节，但他是刘秀的表哥。杀了他无损于汉朝，却会随之召来灭族之灾。
从前，宋国捕杀楚国的使节，招来用人骨作木柴、易子而食的大祸。对小国尚且不可以侮辱，何况对于万乘之尊的帝王。您要以隗恂的性命为重啊！”来歙为人讲信义，言行一致，往来游说，诚实可信，都可一一对证。西州的士大夫都信任、尊重他，很多人替他求情。所以能够免于死难，回到洛阳。
五月己未（二十三日），刘秀从长安回到洛阳。
隗嚣于是起兵叛变。命王元防守陇坻，砍伐树木，堵塞道路。东汉将领们因此和隗嚣交战，被打得大败，各自率兵逃下陇山。隗嚣急速追赶，东汉将军马武挑选精锐骑兵断后，杀敌数千人，各路军队才得以返回。
六月辛卯（二十四日），刘秀下诏说：“设置官吏，是替老百姓服务。而今百姓遭难，户口减少，而国家官吏的设置还很繁多。现令司隶、州牧各自在所辖范围核实实际需要，裁减官员。无论是县还是封国，不足以设置长吏的，予以合并。”于是合并减少四百余个县，官吏的职位也减少了，十个官员，留任一个。
九月丙寅晦（三十日），出现日食。执金吾朱浮给上书说：“从前，在尧、舜时的太平盛世，还每隔三年对官员进行考核。大汉王朝兴起，也是被功绩所带累，官吏在职的时间都很长，甚至传给长子长孙。当时的官吏办事，怎么能够治理得好，评论抨击的人，怎不喧哗？
我认为，创建天地那样大的功业，不可能仓促完成；艰难的事业应当逐日积累，才能成功。近来郡县长官频繁地被替换，迎新送旧，在路途上疲于奔波。探究起来，他们在任的时间很短，不足以明确显示他们的政绩就已遭到严厉的责备，官吏不能自保，为检举、弹劾所迫，又害怕讽刺讥笑，所以争着装扮自己，用欺诈伪装的手段求得虚浮的美名。
这正是导致日月不能正常运行、出现日食的原因。生物突然暴长必定会夭折，功业一下子成功必定会很快衰败。如果摧毁长久的大业，而求速成的功效，不是陛下的福分。希望陛下高瞻远瞩，从长远考虑，直看到三十年之后，天下有幸！”刘秀采纳朱浮的建议，从此以后，地方州牧太守更换的次数大为减少。