民国三十七年秋，长江防线岌岌可危。南京城内，保密局大楼三层东侧的行动处处长办公室内，郑耀先刚刚结束与毛人凤那场惊心动魄的对峙。
局座明鉴！郑耀先面对毛人凤的雷霆震怒，不慌不忙地取出早已准备好的行动日志，卑职当时正在追查一条重要线索。据可靠情报，共党特工近日在永丰百货一带活动频繁。卑职得知城北警报后，第一反应就是这可能是的调虎离山之计，故而亲自带人前往永丰附近布控。他呈上日志，上面清晰地记录着侦查共党特工行踪的行动备案时间，恰好在永丰百货事发之前。
毛人凤将信将疑地翻阅日志，脸色稍霁。就在这微妙时刻，桌上的红色专线电话骤然响起——是溪口官邸的直达线路。毛人凤接听后面色立变，挂断后深深看了郑耀先一眼：总裁亲自下令，要立即将顾知微先生从上海安全接回南京。此事关乎党国最后布局，不容有失。耀先，这个任务交给你。
郑耀先心中巨震，表面却沉稳领命：卑职定不辱命！不知顾老先生现在上海何处？毛人凤递过一个信封：具体地址和接头方式在里面。记住，此行绝对保密，除你之外，只能带你最信任的人。这分明是一次考验，也是一次机会。
郑耀先意识到，护送顾知微不仅是获取涅盘计划核心机密的绝佳机会，更是取得毛人凤信任的关键一步。但此行凶险万分，林寒、沈醉绝不会坐视他顺利完成任务。
出发前，郑耀先借调配车辆之机，在总务处车辆调度室的登记簿上，用特定颜色的墨水笔在几个无关紧要的数字上做了标记——这是他与刘铭章约定的紧急联络信号。刘铭章在例行检查通讯设备时看到这些标记，立即明白郑耀先有重大行动，需要远程支援。
刘铭章不动声色地调整了电讯处的值班安排，确保自己在未来72小时内能随时监控特定频段的通讯情况，为郑耀先此行提供技术保障。
郑耀先只带了赵铁鹰等三名绝对可靠的心腹，驾驶两辆黑色别克轿车连夜奔赴上海。车行至苏州附近，前方突然出现路障——一伙持枪拦截。郑耀先一眼认出其中一人手上的刺青是行动处某个被清洗的小组成员特有的标记。
这根本不是土匪，而是有人要借机除掉他！郑耀先当机立断，命令车队强行冲卡，同时让赵铁鹰用车上暗藏的机枪还击。一场激战在夜色中展开。
就在交火最激烈时，郑耀先车上的无线电突然传来一阵急促的摩尔斯电码——这是刘铭章通过加密频道发来的预警：东南三公里，有不明车辆靠近，预计十分钟后到达。郑耀先立即改变原定路线，绕道小路甩开了追兵。
刘铭章的远程支援首次显效，但这也意味着他们的行动已在敌人监控之下。
在上海法租界一栋不起眼的小洋楼里，郑耀先终于见到了传闻中的密码学泰斗顾知微。这位白发苍苍的老者看似虚弱，眼神却依然锐利：是毛人凤派你来的？可有信物？郑耀先出示了毛人凤亲笔签署的密令。顾知微仔细查验后，缓缓道：既然如此，请稍等，我收拾一下要紧物事。
郑耀先敏锐地察觉到顾知微在查验信物时眼神中一闪而过的异样，似乎对这次转移并不意外，甚至早有准备。
在等待顾知微收拾行李时，郑耀先借故巡视房间，在书房暗格里发现了一本笔记。匆匆一瞥间，他看到了天书终极密钥推导公式的字样！他强压心中激动，用微型相机迅速拍摄了关键几页。
这才是密码的终极密钥！有了它，就能完全破译敌人的终极潜伏网络。但时间紧迫，郑耀先只能拍摄部分内容。
就在郑耀先准备护送顾知微离开时，苏晓晚通过刘铭章转来的密电到了：沪站内鬼已动，归途危。这条情报让郑耀先立即改变了原定返回路线和计划。
上海站内部果然有人要对他不利，而且已经布下天罗地网。
郑耀先故意让一辆车按原定路线先行，自己则带着顾知微乘另一辆车，伪装成救护车，通过一条鲜为人知的小路离开上海。果然，先行车辆在青浦遭遇伏击，而他们则安然抵达苏州。
虽然暂时安全，但敌人很快就会识破计谋，更大的危险还在后面。
回程路上，郑耀先一行遭遇了不下五次伏击。最危险的一次在常州附近，三辆车将他们包围，对方甚至动用了美制冲锋枪。激战中，赵铁鹰身负重伤，两辆车被打成筛子。千钧一发之际，郑耀先发现对方某个头目用手势传达指令的方式很眼熟——这是行动处内部使用的暗号！
要置他于死地的，果然是保密局内部的人！郑耀先记下了那个头目的体貌特征，决心回去后一定要查出此人身份。
经过两天两夜的生死搏杀，郑耀先终于将顾知微安全送达南京毛人凤官邸。顾知微在下车前，意味深长地看了郑耀先一眼，悄悄塞给他一个纸团。
是夜，郑耀先在办公室内展开纸团，上面只有一行小字：《诗经》王风，君子于役。而几乎同时，刘铭章也收到了一个惊人消息：他在教会医院安装的反向追踪器记录显示，就在郑耀先遭遇伏击的同时，那个隐秘发射源与上海某个频率进行了长时间通讯！
千里奔袭，虽完成任务，却危机四伏。顾知微的暗语是何用意？内部究竟是谁要置郑耀先于死地？上海之行的重重迷雾背后，又隐藏着涅盘计划怎样的终极秘密？