民国三十七年深秋，南京城笼罩在肃杀之气中，连日的阴雨将梧桐落叶碾作泥泞。保密局大楼内，因涅盘计划初露端倪，空气紧绷如弦，暗流在平静表象下汹涌激荡。
刘铭章借排查无线电安全隐患之名，亲率检测队前往城西教会医院。凭借特制设备与过人技艺，他在那台报废x光机内部，成功定位了一个伪装巧妙的微型信号增强器。更关键的是，他未惊动任何人的情况下，在其电路板上加装了一个自制的反向追踪模块——这个模块将在特定频率信号触发时，向电讯处主机发回精确定位信息。
这个隐秘的改装，如同在敌人通讯链中埋下了一颗定时炸弹。刘铭章判断，这个中继站连接的局内发射源，必然与涅盘计划的核心通讯相关。
通过对陈安平这一可疑捐赠者的深入追查，刘铭章发现其资金并非直接来自海外，而是通过香港一家贸易公司中转，最终汇入南京永丰百货的账户。而永丰百货的幕后股东之一，竟与国防部后勤署某位副署长存在姻亲关系。这条意外的资金链，将海外势力、商贸掩护与军方后勤系统串联起来。
永丰百货浮出水面，它很可能不仅是洗钱渠道，更是涅盘计划物资采购或人员联络的掩护点。刘铭章立刻将这一发现加密传出。
郑耀先为调查后勤系统，精心设计了一场缉私行动。他故意让手下在码头一批夹带奢侈品的军需物资，并高调逮捕了两名负责验收的中层军官。此举既向毛人凤展示了行动处的雷厉风行，又顺理成章地拿到了近期经手该批物资的所有人员及仓库清单。
这份清单成为了解涅盘计划后勤脉络的关键。郑耀先连夜比对，发现其中三处位于城郊、由国防部直属的仓库，近期物资进出频率异常，且守卫全部换成了陌生面孔。
毛人凤在私宅设宴，只邀郑耀先与林寒。席间，毛人凤看似随意地谈起用人之道……譬如前朝，崇祯若非误信袁崇焕，何至于煤山自缢？忠诚与能力，有时难两全啊。 他说话时，目光似有若无地扫过郑，林寒则低头专注于拆解一盘清蒸鲥鱼，手法精细如同手术。
郑耀先心中一惊，毛人凤以袁崇焕影射，这是极其危险的信号。他面上却从容举杯：局座明鉴，故袁崇焕之弊，在于其权柄过重而失于制衡。我行动处历来恪守本分，断不敢行僭越之事。
林寒此时抬头，推了推眼镜，突然插话：说起恪守本分，铭章前日破译共区某电文，其加密思路竟与当年顾师未公开的一份手稿颇有神似。真是天意弄人，若顾师知道他的研究被如此发扬光大，不知作何感想。 他说话时，眼睛紧紧盯着郑耀先，试图捕捉任何一丝微妙反应。
郑耀先心中凛然，知这是林寒的联合试探。他放下酒杯，神色转为凝重：哦？竟有此事？林处长，此事关乎顾老清誉，更关乎我保密局内部安全。既然有此疑点，依我看，应立即对电讯处所有接触过顾老遗稿之人进行彻查，包括……他目光转向林寒，林处长您本人。毕竟，您才是顾老嫡传。
这一反击将压力抛回给林寒。毛人凤的眼神果然在林寒身上停留了一瞬，虽未说话，但那种审视的目光让林寒不得不表态：郑处长所言极是，此事我必亲自督办，给局座一个交代。
次日清晨，郑耀先乘车前往稽查一处仓库，途中与一辆装载家具的卡车发生轻微刮蹭。卡车司机惶恐下车道歉，郑耀先认出此人是罗中立（镰刀）安排的交通员。在司机递上证件接受时，一张折成方块的货单已神不知鬼不觉地落入郑耀先手中。
回到车上，郑耀先展开货单，上面用密写药水标注着永丰百货，地下库房，乙区七号。
为创造调查永丰百货的机会，郑耀先策划了一起共党破坏分子企图炸毁城北粮仓的虚假警报。他亲自调动大部分行动处精锐力量赶往城北，制造出人手空虚的假象。而他自己，则借口坐镇指挥，带着少数亲信，直奔永丰百货。
凭借罗中立提供的内部地图，郑耀先一行绕过看守，潜入永丰百货地下库房乙区七号。里面并非商品，而是一个小型档案室与通讯点。他们在隐藏的保险柜内，发现了数份标有字样的文件，其中包括一份初步拟定的潜伏人员代号列表，以及几张空白的新身份证明和对应的户籍资料底单！最令人心惊的是，还有一份物资储备清单，详细罗列了武器、黄金、药品和足够维持数年的特制压缩食品，存放地点正是郑耀先之前锁定的那三处城郊仓库！
虽然只是初步名单，但已涉及党政军多个部门近百个代号，其渗透范围与深度远超预估。郑耀先迅速用微型相机拍摄，并将一切恢复原状。
就在他们准备撤离时，仓库外突然传来脚步声和说话声——是沈醉带着总务处的人来了！千钧一发之际，郑耀先当机立断，让手下制造了隔壁库房的假象，引开来人注意力，一行人则从预设的通风管道悄然撤离。
沈醉的突然出现，几乎坐实了总务处与永丰百货涅盘计划的密切关联。他为何会在这个时间点出现在这里？是例行巡查，还是接到了某种警报？
当晚，刘铭章在电讯处值班时，他埋设在教会医院中继站的反向追踪模块终于被触发！定位信号清晰地显示，局内的那个隐秘发射源，果然位于总务处物资储备科辖区内，具体位置锁定在科长办公室旁的一间小型备用仓库！
郑耀先还没来得及将拍摄的胶片送出，就接到毛人凤的紧急召见。他刚踏入办公室，一个茶杯就砸碎在脚边。毛人凤脸色铁青，将一份报告摔在桌上：城北粮仓是虚惊一场，永丰百货却遭人潜入！郑耀先，你的行动处是干什么吃的？！有人看见你的车在事发时段出现在永丰附近，作何解释？！
绝密计划，终现端倪。从教会医院到永丰百货，从资金链条到后勤仓库，涅盘计划的庞大网络逐渐清晰。然而，郑耀先的冒险调查虽获关键证据，却也引火烧身。刘铭章锁定了内部发射源，但总务处深似海。毛人凤的雷霆震怒之下，双星如何自证清白？又如何在这骤然降临的风暴中，将关乎未来的致命情报成功送出？考验真正来临！