朱载坖也认为对于大明和蒙元的关系是必须要予以说明的，大明的承元，是天命的转移，也就是天命从孛儿只斤氏转移到了朱氏来的，大明所承元的也就是天命，这是必须要予以认可的，蒙元的灭亡是因为其倒行逆施，天心厌恶所导致的，并非大明以力取之。
同时以太祖圣训对蒙元的倒行逆施予以解释：“胡元入主中国，非我族类，风俗且异，语意不通，遍任九域之中，尽皆掌判。人事不通，文墨不解，凡诸事务，以吏为源，文书到案，以刊印代押。于诸事务，忽略而已，此胡元初治焉。三十年后，风俗虽异，语言文墨且通，为官任事者，略不究心，施行事务，仍由吏谋，比前历代贤臣，视吏卒如奴仆，待首领官若参谋，远矣哉。”
申时行也将其总结为两点，本朝取天下是从元末群雄手中夺取的，蒙元无道，天下失之于群雄，太祖皇帝拯救黎民于水火之中，削平群雄，建立大明，本朝的建立和蒙元的灭亡没有关系。
而天命是由于蒙元失德，从而转移到了朱氏，这是天意，同时对于蒙元的正统性予以否认，虽然宋末失德被蒙元所灭，但是蒙元入主中原之后，倒行逆施，如“胡僧嗣古妙高欲毁宋会稽诸陵，时夏人杨辇真加为江南总摄奏请如二僧言，遂发诸陵取其金宝，以诸帝遗骨瘗于杭之故宫，筑浮屠其上以厌之，又截理宗顶骨为西僧饮器，天下闻之莫不心酸。”
蒙元破坏南宋陵寝等一系列的行为，都是极为令人发指的，正是由于如此，才使得天心厌恶，天命转移的，这点也是极为重要的，就是将华夷之辩和大明的正统性相结合起来，对于太祖在大明初年所采取的一系列政治操作采取春秋笔法，明确重申大明的正统性，这点是极为重要的。
王锡爵就说道：“陛下，中国之与夷狄，其限至明而其防至严也。是故内中国而外夷狄，尊中国而卑夷狄，进中国而退夷狄，贵中国而贱夷狄。若天地之不可交覆，若君臣之不可易置，若首足之不可倒悬也！华夷之分如此，孔子作春秋严乱臣贼子之诛罚者，为世道立大防也。至於夷狄与中国竞，尤必谨遏而深抑之。岂非荐食上国縻灭人类，有甚於乱贼之当诛者。欤自有典籍以来犬戎覆宗周、弑幽王，而周人不能讨此中国之大耻也！刘石诸胡囚执晋怀、愍，盗据神州而晋人不能讨此，又中国之大雠耻也。耶律德光削唐仆晋割燕云而归诸巳，而五代之世不能讨此，又中国之大雠耻！也完颜吴乞买入汴而虏徽钦，掩天下之正而宋人窜于江南而不能讨此，又中国之大雠耻也！此数者幽明之所共怒，古今之所同愤者也。然犹未全盗我中国也。”
王锡爵越说越激动，他接着说道：“蒙元继兴有所谓元世祖者，虐浮于犬戎，狡深于刘石，贪剧于契丹，暴过于女直，乘宋之弱而吞噬之，撼之于潭，剪之于襄，躏之于维扬，覆之于临安，蹙之于闽，而终穷之於崖海而后焉！鳞介我冠裳，穹庐我宫室，部落我郡县，奴隶我士女，败我伦彝、变我礼乐，而万古帝王之中国始尽沦而为夷矣！又其待幼主之母子，既归隶矣而使为僧尼于吐蕃，诸帝之陵寝即丘墟矣而发其遗骸，以杂诸牛马之骨。夷德之无礼一至于此！当是时也，是天卑而地尊也，臣先而君后也，足上而首下也！其为中国之大雠耻！岂直如前代而已乎？夷狄之祸既未有惨于此时，而华人之杀伤于威虐者曾不能一奋其臂也！”
王锡爵对于蒙元是极为不屑的，他认为蒙元和中国是完全不同的，蒙元对于中国，就是奇耻大辱，使得中国的礼仪制度，典章文物甚至于伦理纲常，完全败坏殆尽，何谈正统？是将中华给狄夷化了，所以大明绝对不能承认蒙元的正统性。
礼部尚书罗万化也说道：陛下，我太祖高皇帝兴于淮泗，声罪而汛扫之。用中国之师，复中国之土；廓中国之妖氛，雪中国之雠耻。天地始复有定位，君臣始复有定分，首足始复有定形，而古帝王之遗黎始得复归于人类！不然则生民之类弗几于泯灭乎！故读史而至宋之将亡，未尝不为中国痛。至元之将末，未尝不为中国快也！迹其封豕长蛇之毒，其身得免于圣祖之诛罚亦甚幸矣！”
罗万化认为，蒙元的正统和本朝的正统其实是相对立的，本朝的正统建立在恢复中华上，是天命再次眷顾于中华的表现，这点得到了朱载坖和太子的认可，蒙元的倒行逆施就更加能够使得太祖顺天应人，所以必须从这个角度解释元和本朝的更替。
而对于整个史学教材的编撰之中，主要是要明确两点，第一就是华夷之辩，第二就是忠义气节，这也是史学的重要作用，就是引领社会思潮，大明要团结一切的力量，就必须要重申华夷之辩，凝聚民族力量，同时宣扬忠孝节义，维护朝廷的纲常伦理，这点也是一样重要的。
朱载坖命令内阁与翰林院、国史馆负责此事，优先编撰史学教材，同时开设博学宏词制科，为编撰经义教材遴选人才。
这些都是比较长远的手段，现在对于学校，也必须要采取临时性的措施，学部尚书蔡国熙认为，要对于大明的所有学校，命令巡按御史、学政使司等予以检查，不转宣扬异端邪说，同时生员士子，主要任务是学习，学部要制定严格的学制规定，不再允许这些生员到处晃荡，对于无法完成学业或者是倚仗生员功名去宣扬邪说的，地方官府缉捕之后行文学政使司，革除其功名。
再次重申严禁私设朋党、会社、会党之类的组织，违者革除功名，俱发极边充军。