申时行向朱载坖详细阐述了自己的一些看法，首先虽然朝廷要利用格鲁派经略蒙古，但是也要防范格鲁派在蒙古的过分强大，大明朝廷的一项政策就是任何宗教不能够干预政权，对于回教是如此，对于格鲁派也是如此，现在格鲁派和土默特部贵族的勾连越来越深，对于朝廷来说并非好事，所以申时行认为，送活佛回到乌斯藏，也是提前防备。
其次就是为大明日后经略乌斯藏埋下伏笔，对于朝廷来说，直接出兵乌斯藏是一个极为亏本的事情，但是挑动乌斯藏内部斗争，从中扩大大明的影响力却是可以立即实施的，现在大明从四川、青海、甘肃、新疆等方向对于乌斯藏构成了极大的压力，大明要充分利用这种巨大的地缘优势，将之转化为大明对于乌斯藏的影响力。
在具体操作上，申时行也已经和礼部等衙门有了相关的章程，对于藏巴汗，自然是要予以问责的，藏巴汗不经朝廷准允，进攻大明所册封的帕木竹巴政权，甚至自立为王，是为僭越，对于其的请封，不能准允，同时还要对于支持的他噶玛派予以切责，降封，剥夺其称号，不准其朝贡贸易等方式予以打击。
然后对于格鲁派和帕木竹巴政权，大明也要采取相应的办法予以支持，格鲁派首先得问题就是要回归乌斯藏，现在活佛是俺答汗之孙，在蒙古有极为强大的影响力，这正是大明可以利用的，命令土默特部派兵和大明使臣、官军一道护送大宝法王回到乌斯藏，同时支持帕木竹巴政权，这样大明官军就可以名正言顺的进驻到乌斯藏了，同时效法对于土默特部、卫拉特部的管理方式，派遣乌斯藏办事大臣，负责主持朝廷对于乌斯藏的事务，逐步的加强朝廷对于乌斯藏的控制。
申时行对朱载坖说道：“陛下，如此不动刀兵而收奇效，借官军大胜之威，拓土于西陲，安边定局，在此一举。”
申时行等人已经有了完整的计划，朱载坖认为也是可以实施的，就将此事交由太子于内阁处理，而自己则是与军机处商量起其他的事情了，首先就是兵部尚书梁梦龙以老病致仕，朱载坖决定调安东大都护、经略倭奴、朝鲜事务大臣方逢时回朝担任兵部尚书，原少府少卿蒋洲升兵部尚书兼安东大都护、经略倭奴、朝鲜事务大臣。
还有就是喀尔喀部的事情，朝廷尽管多次招抚喀尔喀部，但是喀尔喀部依旧不为所动，即便是在大明收服了土默特和卫拉特部之后，喀尔喀部仍旧不为所动，这使得朱载坖极为恼怒，他很清楚喀尔喀部的想法，尽管大明现在极为强大，但是喀尔喀部毕竟远在岭北，距离大明极为遥远。
同时喀尔喀部对于大明确实是有心理优势的，当年太祖岭北之战，以徐达、李文忠等国初名将，尚且铩羽而归，喀尔喀部自然是认为高枕无忧了，面对这种情况，朱载坖确实有一雪前耻的想法，更加重要的就是，喀尔喀部现在盘踞在哈拉和林，这里位置自然是极为重要的。
朱载坖对一众军机大臣们说道：“和林其地沃衍，河流左右灌输，宜杂植黍麦，故时屯田遗迹，及居人井臼，往往而在。盖阴山大漠，益南数千里，控扼形势，此为雄要。据上游而建瓴中夏，控右臂而扼西域，盘盘郁郁，为朔土一都会。如不取之，北边不宁也。”
对于这点，军机大臣们自然也是很清楚的，因为亚欧大陆由于帕米尔山结的存在极大阻碍东西方的交流。中原想要到达欧洲，只能通过丝绸之路翻越帕米尔高原，但北方情景就截然不同，由于随着纬度半径不断减小地貌也越平整，骑兵可以一路从岭北杭爱山快速机动到喀山汗国境内，仅仅只有六千里，远不如大明西安府到西域喀什的距离。
所以历史匈奴远遁欧洲、蒙古西征欧洲看似很远，其实难度和岭北机动到杭州是一样的，任何势力从岭北右臂打欧洲，据上攻中原是相当方便。朱载坖亦是这样的观点，这片辽阔的土地横亘在大明以北，差不多就是“骑”在中国的脊背上。向东可抄东北主镇的后路，向南直接压迫京畿重地，向西矛头指向河西走廊，威胁通往新疆的后勤补给线，用一个蒙古压迫中国的三个“北”。这是朱载坖所绝对不能容忍的，必须要彻底解决蒙古人对于大明的边患，才能够使得大明能够安心的发展。
为了能够详细的计划对于喀尔喀部的用兵，朱载坖命令军机处详细复盘当年的岭北之战，按照太祖皇帝和徐达所制定的方案，分三路各5万人，以中路为正，东、西两路为奇，奇正并用，三路合击。
中路以徐达为征虏大将军出雁门关，说是急攻和林，但实际上却缓慢进军，诱使北元军南下作战以便歼灭；东路曹国公李文忠为左副将军出居庸关，经应昌府攻和林，让北元出乎意料，并可在北元军南下攻中路军时包抄其后方；西路宋国公冯胜为右副将军出金兰攻打甘肃一带，作为疑兵诱使北元军分散兵力,在消除甘肃行省的北元残军后，由亦集乃（纳怜道入口）越过大漠与中路军、东路军在和林会师。
按说这次大明的计划还是很稳妥，太祖总结此战的目的是：“今天下一家，尚有三事未了。其一，历代传国玺在胡未获。其二，统兵王保保未擒。其三，前元太子不闻音问。今遣汝等分道征之。”
当时的大明官军，追亡逐北，绝对是百战精锐，徐达、李文忠、冯胜等人也是沙场宿将，朝廷又以三路大军征讨，按理说至少是不会招致大败的，但是岭北之战的惨败，极大的挫伤了官军的士气，甚至改变了大明的国防策略，自此后朝廷遂无力大举，此后在北边由主动出击转为战略防守。