这次乌斯藏的使臣们齐聚京师，大宝法王也再次向朱载坖上疏，请求朝廷敕令藏巴汗善待格鲁派，朱载坖命令礼部详细调查其中的情况，礼部也回奏，嘉靖四十四年，原本担任帕木竹巴仁蚌巴手下官员的辛厦巴才丹多杰起兵造反，先后占据了香、 八囊伦珠孜、帕日等宗管辖的地域。一年以后，辛厦巴的势力范围几乎囊括了整个乌斯藏，帕木竹巴政权只能龟缩一隅，苟延残喘，他因此自称为“藏巴加波”(“藏 ”即今日喀则一带；“加波”则是国王的意思 )。
他和格鲁派的关系极为紧张，也使得索南加措不得已前往蒙古，寻找外援，在藏巴汗统治全藏的情况下，格鲁派的支持者尽管在前藏还是有一定的势力，但是整体上无法与后藏的新兴的辛夏巴政权相抗衡，因此索南嘉措看到格鲁派想继续依靠帕竹政权来恢复本派以往的实力已不可能，于是就把目光转向外界，并和北方蒙古土默特部俺答汗取得联系，还结成了互相依存的支持关系。
现在索南加措生前所谋划的这些确实基本上实现了，临终前，为了保持和蒙古贵族的密切联系，他宣布死后会转世于俺答汗的家族中，这样索南嘉措圆寂以后恰逢俺答汗孙子适得一子，便认定其为四世达赖云丹嘉措。但是索南加措没有算到的一点就是大明的强势介入，大明现在控制了青海，切断了蒙古和乌斯藏的联系，而大明在攻灭叶尔羌之后，也从西北能够直接和乌斯藏接触了。
现在的大明，实力远远比之前强大了，同时朱载坖的一贯政策就是隔绝蒙藏，决不允许蒙古合流，这点蒙古人是很清楚的，而且现在土默特部已经没有在支持格鲁派在西藏势力的动力的，他们和大明的关系融洽，同时希望在大明能够帮助土默特部坐稳蒙古第一部落的位置，对于乌斯藏的事情，土默特部根本不敢兴趣。
所以格鲁派转而恳求大明能够出兵帮助格鲁派，消灭藏巴汗政权，但是之前被朱载坖所拒绝了，第一就是乌斯藏的这些地方势力对于大明一向恭顺，现在大明是没有利用出兵的，第二点就是出兵乌斯藏难度很大，利益不够，朱载坖很清楚，将官军拉到高原上去作战，在现在的情况下并不是一个很明智的决定，所以朱载坖并没有同意。
这次大宝法王再次向朱载坖上疏，请求大明干涉藏巴汗的行为，保全格鲁派，朱载坖也不得不重视此事了，毕竟格鲁派在大明经略蒙古中的地位还是极为重要的，朱载坖说道：“彼辈有异术能服人，诸番莫不从其教，即大宝法王及阐化诸王，亦皆俯首称弟子，自是，北虏北虏止知奉此僧，诸番王徒拥有虚位，不复能施号其令，今疏请此事，卿等以为应当如何办理？”
对于朱载坖的这个问题，内阁首辅申时行首先说道：“陛下，臣以为战守正理，款事羁糜均不可废。”申时行的态度也是很明确的，就是要对于此事多方采取措施，因为藏巴汗尽管遣使大明求贡，但是他打击帕木竹巴政权的行为是大明所不能容忍的，帕木竹巴政权毕竟是大明太祖皇帝钦赐之职，藏巴汗不经奏请，径行用兵，是对大明的公然挑衅，必须予以制裁，维护大明朝廷的尊严，同时也是安抚和拉拢格鲁派的重要的举措。
申时行也指出，格鲁派在大明经略蒙古中的地位突出，一向也是和朝廷的关系极为密切的，所以必须要予以安抚，明确大明朝廷的态度，除此之外，就是将活佛转移的乌斯藏去，加强大明对于乌斯藏的控制，申时行自然是阴人的高手了，阴人这门学问讲究的不是说学逗唱而是风轻云淡，要是在无意之中把最大的钉子给安下去，然后等待结果。
申时行的方略也是极为简单的，就是要求格鲁派迎请活佛回到乌斯藏，一来就是回应了格鲁派对于大明的请求，现在朝廷自然是要支持格鲁派的，但是格鲁派也不能无所作为吧？作为乌斯藏的活佛，长久的待在蒙古也不像话，应该回到乌斯藏去，二来就是挑动格鲁派和藏巴汗之间的斗争。
格鲁派和帕木竹巴政权的关系是很紧密的，现在帕木竹巴政权实力不足，难以统一宗教各派，帕竹噶举派的宗教实力以及影响力与其政治实力不相匹配，这时候一个新兴的并且势力强劲的格鲁派的出现刚好给帕竹政权一个权衡各教派力量的契机。所以帕竹政权不遗余力的支持格鲁派也是有其一定的政治目的。
而藏巴汗选择了噶玛派作为其宗教上的支持者，与噶玛派红帽系、黑帽系关系较为密切，而与格鲁派关系则相当紧张。彭措南杰建立藏巴汗政权之初，前后藏合法的最高统治者是大明朝廷所封的“阐化王”帕木竹巴，只不过此时势力衰弱。但阐化王及其属下各地方领主不承认藏巴汗“王”的地位，只承认他为“第巴”，即管事者。所以藏巴汗需要在宗教方面有极为强大的影响力的活佛的承认和支持。
格鲁派显然是不可能承认藏巴汗的地位的，因为格鲁派和大明、帕木竹巴政权的关系都很良好，而噶玛派自然是愿意支持藏巴汗的，同时噶玛派需要藏巴汗政权的支持以打击格鲁派，在藏巴汗的支持下，噶玛噶举和止贡噶举又使用暴力等手段胁迫格鲁派寺院改宗，规定格鲁派僧人必须向他们所遇到的任何噶玛派僧人致敬，并强取豪夺哲蚌、色拉两寺的部分资产。
申时行认为格鲁派和藏巴汗的矛盾已经是不可调和了，所以在这种情况，将已经在蒙古有一定力量的格鲁派送回乌斯藏，重新支持帕木竹巴政权，打击噶玛派和藏巴汗，同时扩大大明在乌斯藏的影响力。