不久，哀帝看到王嘉的供词，考虑他的话，正好御史大夫贾延被免去官职，于是在夏季五月乙卯（十七日），任命孔光为御史大夫，秋季，七月，丙午（初九），再擢升孔光为丞相，恢复他从前的博山侯爵位和封国。又任用乡侯何武为御史大夫。
哀帝这才明白，孔光以前被免职，并不是他真有罪，而是自己所亲近的那些臣子诋毁诬陷孔光造成的。于是说：“傅嘉先前为侍中，诋毁仁智贤能者，诬陷大臣，使杰出的人才长时间失去官位。现在罢免傅嘉的官职，贬为平民，遣返原郡。”
八月，调任何武为前将军。辛卯（二十四日），任命光禄大夫彭宣为御史大夫。
司隶鲍宣因折辱丞相，闭门拒绝使者，违背臣子之礼而获罪，被减免死罪，剃发，身带刑具服役。
大司马丁明一向敬重王嘉，对他的死感到怜惜。九月，乙卯（十九日），哀帝下策书，罢免丁明的官职，让他离开朝廷，回到宅第。
冬季，十一月，壬午（疑误），任用前定陶国太傅、光禄大夫韦赏为大司马、车骑将军。己丑（疑误），韦赏去世。
十二月，庚子（初六），任命侍中、驸马都尉董贤为大司马、卫将军。任命策书上说：“树立你为三公，作为汉朝的辅佐！我一向知道你的忠心，能匡正众事，真诚地坚持中庸之道。”当时董贤二十二岁，虽然为三公，但常在宫中随侍，主管尚书事务，百官必须通过董贤才可奏事。
哀帝又因为董贤的父亲卫尉董恭不再适合处在卿位，就把他调升为光禄大夫，官秩为中二千石。董贤的弟弟董宽信，接替董贤为驸马都尉。董氏亲属都成为侍中、诸曹，能够定期朝见皇帝，荣宠在丁、傅两家之上。
当初，丞相孔光为御史大夫时，董贤的父亲董恭为御史，要事奉孔光。等到董贤当上大司马，与孔光同为三公。哀帝故意让董贤私下去孔光家拜访。孔光素来恭谨小心，知道皇上要尊宠董贤。一听说董贤要到了，孔光布置警戒，穿上官服、戴上官帽，出大门等候。望见董贤的车队，才退入大门。
董贤到达中门，孔光进入客厅，等董贤下车后，孔光才出来，拜见、迎送之礼非常恭敬谨慎。不敢用接待同等地位宾客的礼节来接待董贤。哀帝听说后，喜在心头，立即授孔光的两个侄子为谏大夫、常侍。从此，董贤的权势与皇帝相等了。
这时，成帝的外戚王氏家族已经衰微了，只有平阿侯王谭的儿子王去疾担任侍中，弟弟王闳担任中常侍。王闳的岳父是中郎将萧咸，萧咸是过去的前将军萧望之的儿子。
董贤的父亲董恭对萧咸很仰慕，想为儿子董宽信求娶萧咸的女儿为妻，就请王闳去对萧咸说明这个意思。萧咸惶恐不敢答允，私下对王闳说：“任命董公为大司马时，策书上说：‘真诚地坚持中庸之道。’这是尧将大位禅让给舜时所说的一句话，不是拜三公所惯用的语言。前辈们见到的，元不感到恐惧。这岂是我们普通人家的孩子，所能承当得起的？”王闳生性聪明，有谋略，听了萧咸的话，也醒悟了。
于是回报董恭，转达了萧咸自感地位卑微，高攀不上的意思，代致深深的歉意。董恭叹息说：“我家怎么对不起天下，而竟被人畏惧到这种程度！”感到不悦。后来，哀帝在麒麟殿设酒宴，与董贤父子、亲属一起宴饮，侍中、中常侍都在旁边侍候。哀帝喝多了点酒，从容地看着董贤，笑着说：“我打算效法尧禅位于舜，怎么样？”王闳插话说：“天下乃高皇帝的天下，并非陛下所有！陛下承继宗庙，应当传子孙于无穷。
王统帝业是至关重大的事情，天子不可戏言！”哀帝默然不悦，左右都感到震惊。于是哀帝命王闳出宫，回到郎署，不许再随侍禁中。很久之后，太皇太后为王闳向哀帝表示道歉，哀帝才又召回王闳。王闳就上书规谏说：“我听说君王设立三公的官职，是效法日、月、星三光，居此位者必须是贤能的人。《易经》说：‘鼎折了脚，里面的食物就会倾倒出来。’
用来比喻担任三公的人不是贤能者所造成的后果。从前孝文皇帝宠爱邓通，不过让他担任中大夫而已；武帝宠爱韩嫣，也不过加以赏赐而已，他们二人都不在高位。而今大司马、卫将军董贤，对汉朝没有什么功劳，跟皇家又没有丝毫亲属关系，又没有清白的名声、优秀的事迹、高尚的品行，可以作为世人的表率，却一连数年擢升，列位三公，成为鼎足之一，而且掌管禁卫军队。
他无功加封侯爵，父了兄弟凭空受到提拔擢升，赏赐之多，使国库空虚。万民喧哗，在道路上议论纷纷，实在是不合天意！从前，褒国的神蛇变化为人，生下美女褒姒，从而使周朝大乱。我恐怕陛下会因过失受到讥讽，董贤会有小人不知进退的灾祸。陛下现在的所作所为，是不可以传给后世效法的！”哀帝虽然听不进王闳的劝告，但欣赏他年少志壮，也就没有加罪。
二年（庚申，公元前1年）
春季，正月，匈奴单于以及乌孙大昆弥伊秩靡都到长安朝见，汉朝认为很荣耀。这时西域共有五十个王国，自译长到将、相、侯、王，都佩带汉朝颁赐的印信、绶带，共有三百七十六人。而康居、大月氏、安息、宾、乌弋等国，都因离汉朝太远，不包括在五十国之内。当他们来贡献，汉朝就给予相当的还报，不把他们归属在西域都护管辖范围。自黄龙年间以来，单于每次来昆长安朝见，天子赏赐的锦绣、丝绸、丝绵，都比前一次多，用安抚来接待他们。
单于在天子闲暇时进见天子，群臣正在殿前，单于对董贤的年轻感到惊奇，就向翻译询问，哀帝命翻译回答说：“大司马虽年轻，却是因为有大贤能才居高位的。”单于于是起身，拜贺汉朝得此贤臣。这年，哀帝因太岁在申，压伏南方，就安排单于住在长安之南的上林苑蒲陶宫，告诉单于说，为了更加尊敬单于才这样安排。后来单于知道了内情，感到不悦。
夏季，四月，壬辰晦（疑误），出现日食。
五月，甲子（初二），正式确定三公官名和各自的分工职掌。任命大司马、卫将军董贤为大司马；丞相孔光为大司徒；彭宣为大司空，封长平侯。
六月，戊午（二十六日），哀帝在未央宫驾崩。
哀帝目睹了孝成皇帝时代政权脱离王室情形，及至登极，他屡次诛杀大臣，想效法汉武帝和汉宣帝，加强君主之威。然而他宠任奸佞，听信谗言，憎恨忠直的之臣，汉朝的大业从此便衰落了。
太皇太后得到哀帝驾崩的消息，当天就驾临未央宫，收走了皇帝的玉玺、绶带。太后召大司马董贤，在东厢接见，询问他关于哀帝丧事的布置安排。
董贤内心忧惧，不能回答，只有脱下官帽谢罪。太后说：“新都侯王莽，先前曾以大司马身份，办理过先帝的丧事，熟悉旧例，我命他来辅佐你。”董贤叩头说：“那就太好了！”太后派使者骑马速召王莽，并下诏给尚书：所有征调军队的符节、百官奏事、中黄门和期门武士等，都归王莽掌管。
王莽遵照太后旨令，命尚书弹劾董贤，说他在哀帝病重时不亲自侍奉医药，因此禁止董贤进入宫殿禁卫军中。董贤不知如何才好，到皇宫大门，脱下官帽，赤着脚叩头谢罪。己未（二十七日），王莽派谒者拿着太后诏书，就在宫门口罢免了董贤，说：“董贤年轻，未经历过事理，当大司马不合民心。着即收回大司马印信、绶带，免去官职，遣回宅第。”
当天，董贤与妻子都自杀了。其家人惶恐万分，趁夜将他悄悄埋葬。王莽疑心他诈死，于是主管官员奏请发掘董贤棺柩，把棺柩抬到监狱验视，就将他埋葬在狱中。太皇太后诏令“公卿举荐可担任大司马的人选。”
王莽从前是大司马，为避开丁、傅两家才辞去职务，众人都认为他贤能，又是太皇太后的近亲，满朝文武百官自大司徒孔光以下，全都推举他担任大司马，只有前将军何武和左将军公孙禄持异议，两人相互磋商，认为：“往昔，惠帝、昭帝时，外戚吕、霍、上官氏把持朝政，几乎危及刘氏江山，而今孝成、孝哀两帝接连没有后嗣，正应当选立刘氏近支亲属为新帝，不应再让外戚大臣独专朝廷大权。
应让外戚跟其他官员互相掺杂，治国之策以此为宜。”于是何武举荐公孙禄为大司马人选，而公孙禄也举荐何武。庚申（二十八日），太皇太后自定任用王莽为大司马，主管尚书事务。