2240年1月3日
当千岩军士兵李魁重新踏上自己的故乡时，他不得不感慨时局的变化，在1年多前，这里还是崩坏兽的地盘，但现在自己却和所有人一起打了回去。
他记得自己当时和几名弹药耗尽的士兵保护着几个躲在假山里的孩子，在无数的崩坏兽的追赶下来到了楼顶天台。
就在所有人认为自己大限将至的时候，直升机上有个联盟军士兵不怕死地从直升机上跳下来，就在他落地的瞬间，绳索把他吊在了离地不足1米的位置，然后他举起手上的轻机枪疯狂射击。
不过，令人有些意外的是，后面的崩坏兽还没上来吃子弹就莫名其妙地倒在了地上一动不动。不过，当时人们没想这么多，所有人惊魂未定地乘坐着直升机来到了东部防线。
后来自己才知道，那是联盟军装备的一种新型病毒，名为Ah-1病毒，既能高效杀死崩坏兽，又不会对人类产生过大的副作用。怪不得自己当时看到一架运输机在上面喷洒着什么，也难怪追杀自己的崩坏兽看起来好像没那么凶猛了。
此时，病毒已经通过了各地的试点性测试并进行了相应的改进，新改进的病毒Ah-3很快投入到了批量化生产中。这些病毒很快被装入炮弹、运输机的水箱和雾化器的容器里面被大量喷洒到战场上。
这些病毒很快在风、水的影响下不断扩散，在保证不影响人类的情况下以一种极为恐怖的效率杀死无数的崩坏兽，人类与崩坏的战争顿时一转攻势。
与此同时，太空军改良的外骨骼机甲和高斯武器开始下放到部分精锐部队里。那些曾经守在易守难攻的高级崩坏兽在装备了先进武器的精锐部队面前完全不是对手。
此外，植物工厂的无菌生产和人造淀粉、人造肉的白菜价生产也直接让粮食变成了字面意义上的唾手可得，各种针对高产作物的植物病毒或动物病毒在绝对的无菌环境面前望而却步。
而粮食的绝对稳定也让一部分借题发挥的势力彻底闭上了嘴，军队也得以将更多的精力放在对付崩坏身上。律者汉格的攻击也在严防死守的生产环境下几乎无效。
2245年
千岩军掌握了大量崩坏兽在层岩巨渊的情报后与璃月的仙人联合开展了一次联合军事行动，在行动中，千岩军步步为营，逐步推进。
千岩军利用病毒武器消灭大量崩坏兽后迅速控制区域并利用自动炮塔、无人机加强防线的火力，随后，联合军、驻守在须弥雨林东部的红钢71师分别从北部、西部方向派遣部队封锁并挤压崩坏兽的生存空间，将崩坏兽钉死在层岩巨渊的洞口里。
随后，千岩军在红钢军队的指导下利用大量的武装机器人填线，减少人员的伤亡。这些不知疲惫的武装机器人在智能网络和超级AI的指挥下很快清除了大批的崩坏兽。
紧接着，千岩军用了足足6个月将整片层岩巨渊清空，最后向外界宣布璃月境内已不存在任何崩坏兽。
而在枫丹，枫丹的科学家和工程师通过设计多种水下机器人和水源供应装置，通过投放大量Ah-3病毒并通过水循环的方式感染了几乎所有的崩坏兽。
随后，枫丹军队通过建立多个隔离区和设计武装机器人、无人机智能巡逻的方式隔绝人类与崩坏兽。最后，在隔离了数月后，枫丹军队在大部分崩坏兽虚弱或死亡的时候同时发动反击，在几乎兵不血刃的情况下收复了所有的国土。
与此同时，在璃月、枫丹局势稳定的情况下，红钢军队组织了大规模行动，在璃月和枫丹的支持下，开展了代号为“沙漠风暴”的军事行动。
2245年11月5日
在红钢、枫丹、璃月以及提瓦特联盟的共同协作下，100个师，超过100万名的官兵发动“沙漠风暴”行动，利用水路、陆路、空路等方式先后在甘露花海、奥摩斯港、上风蚀地等190处地方发动大规模进攻。
这场大反攻的行动让律者措手不及，大量崩坏兽很快被潮水般的军队分割包围并消灭，此外，Ah-3病毒也随着军队战线的深入开始在西部沙漠大面积感染崩坏兽。
2246年5月4日
在近半年的战斗中，红钢等国成功收复了西部沙漠地区并彻底消灭了盘踞在沙漠的崩坏兽，将律者及崩坏的领地压缩在了纳塔、稻妻西部一带，为开辟纳塔战场打下了重要基础。
与此同时，另外一边......
稻妻
荒坂公司虽然通过发动政变夺取了军队领导权，一定程度上扭转了稻妻的不利，但此时各国都忙于纳塔的封锁，实在是没有过多的精力去援助稻妻。
因此，荒坂公司这边成立的稻妻临时政府是一边抵抗着崩坏一边整顿内部。在对抗崩坏的战争中，下北泽也因为战争而毁灭，临时政府不得不搬迁至踏鞴砂一带。
而随着反攻的开始，稻妻终于获得了他国的援助。此时，如何将雷电将军从律者手上抢回摆在了众人面前。
在科学技术飞速发展的情况下，除了稻妻外，各国都对稻妻特有的“人偶”技术展开了一系列的研究并取得了相关进展。
当雷电将军被律者控制的时候，荒坂公司几乎是把自己的本钱全部投入，试图找到解除的方法，在经历了一次又一次的穷举法后，稻妻人根据人偶的特性，设计了一种“程序”。
这种“程序”被装入一支疑似手枪的注射器中，在注入人偶的时候就能彻底清除崩坏能的影响，让雷电将军再次被唤醒。
不过，这里有一个重要前提，那就是对方能配合自己的工作，在幕府军组织了几次“刺杀行动”且均失败的情况下，没人认为有人能近身雷电将军。
因此，计划陷入了停滞，人们的精力再次放在了对抗崩坏上。