三月七日，邱处机又向成吉思汗辞行，成吉思汗不好再推脱，只得同意。
成吉思汗向邱处机一行赠送大批金银珠宝和很多牛马，邱处机一概不受，并说，非常感谢成吉思汗的馈赠，但修道之人不好财货，只要给我们提供马匹和足够的粮食物资，能返回中原就足够了。
成吉思汗问一边的刘仲禄，真人在汉人地区有多少弟子？
刘仲禄回答说，长春真人创立全真教龙门派，他的弟子有很多。在德兴府的龙阳观，那里面有几百名道士都是真人的弟子，我在那里曾看见官府在催征督办差发，要让观里道士服劳役。
成吉思汗对耶律楚才说，帮我拟一道诏书，凡是长春真人门下弟子，一律不当差不服役，不缴税不纳粮，由当地官府划拨土地，让他们自给自足，对生活困难的道士，当地官府还要给予补助，让他们可以安心修道。
邱处机向成吉思汗深深鞠躬的说，贫道代弟子谢成吉思汗。
三月十日，邱处机一行正式辞别成吉思汗，在刘仲禄等一百余名骑兵的保护下，启程返回中原地区。临别之时，成吉思汗和邱处机都饱含泪水。
成吉思汗说，和真人相处数月，感到十分愉悦，但愿以后还能相见，并请随时书信于我。
丘处机也感动的说，虽然相隔万里，但贫道心中惦记成吉思汗，也会随时在天尊面前为您祈福的。
成吉思汗和邱处机挥泪告别。
邱处机一行离去后，蒙古大军主力继续北上。
四月，蒙古大军主力来到原花剌子模北部地区首府毡的城。术赤汗国任命的毡的城长官阿里火者率领全城军民隆重迎接成吉思汗及蒙古大军主力的到来。
毡的城早在蒙古大军西征初期，就被术赤所部人马征服，经过阿里火者两年的精心治理，得到很好的恢复，经济持续增长，人口增加至三十万。
成吉思汗考虑到花剌子模南部地区战事还未完全稳定，花剌子模残军和印度军队仍然驻守申河南岸，危险尚未完全解除，于是决定在毡的城设立行宫，指挥全局战事。
成吉思汗命令兀鲁兀台的第九万人队东进，驻扎于讹答剌城，协助察合台负责原花剌子模东部地区、现察合台汗国辖区的防务；命令纳图尔的第四万人队西进，抵达玉龙杰赤，协助术赤负责原花剌子模西部地区、现术赤汗国东部地区的防务。成吉思汗则在博尔术、耶律楚才的协助下，率领博栾台的第三万人队、郭宝玉的第六万人队、窝阔台的第十万人队共计三万骑兵，以及一万步兵，驻扎于毡的城。这一万步兵主要是后勤步兵，是成吉思汗从原金国中部地区、原西方三国、原西辽等地带来的老兵，都是百战余生，对成吉思汗忠心耿耿。成吉思汗对他们也很厚待，给他们每人都配有战马，帮助蒙古大军主力押运粮食物资。
成吉思汗率领蒙古大军主力驻守毡的城，不仅是协助术赤防卫术赤汗国东部地区，而是以此为据点，负责整个原花剌子模地区的防务。
在毡的城驻守的日子里，成吉思汗和原来没有战事的时期生活状态有所不同。每天凌晨卯时初刻，成吉思汗起来以后，吃了面饼、喝了马奶，即亲自指挥三万骑兵进行训练。
成吉思汗听从邱处机的建议，不再大规模围猎，即使士兵们想通过狩猎改善伙食，他也不再参与。
成吉思汗的训练方式，主要是到毡的城周围的城池进行拉练，近则一二百里，远三四百里，有叛乱则镇压叛乱，无叛乱则展示兵威。