然而，因为伊菲美拉的活动范围已接近政府的计算机集中管理设施，综合防卫军决定消灭伊菲美拉，出动战斗机编队用导弹轰炸怪兽。伊菲美拉为了保护卵而承受着导弹的轰炸和焚烧，幸好春野武藏变身为高斯奥特曼及时登场，将大火扑灭。伊菲美拉一开始认为高斯也是敌人，于是用破坏光线攻击高斯，确认高斯没有敌意之后，奄奄一息的伊菲美拉才停止行动，在高斯的守护之下迎来寿命的终结。 事件结束之后，伊菲美拉的遗体被高斯带走；而它产下的怪兽卵，则被tEAm EYES（青年精英队）送到镝矢诸岛进行保护，静静等待500年后的孵化。
古代怪兽卡尔巴斯，从古代起就存在的一种地球原生怪兽，性格温顺，tEAm EYES（青年精英队）曾经保护过卡尔巴斯的同种族个体，加之通常在地底活动，所以和人类的接触也相对较少。但是，邪恶宇宙生命体乌罗加为了入侵地球，找到了沉睡在地底的卡尔巴斯，将调制器植入卡尔巴斯的脑内，卡尔巴斯因此凶暴化。 受到乌罗加的控制，卡尔巴斯在三河市（m-3地区）出现，一路朝着市中心破坏而去。因为卡尔巴斯本身性格柔和，突然进行这样狂暴的破坏行动，tEAm EYES觉察情况异常后紧急赶往现场，但因为乌罗加的手段，导致EYES的战斗机设备失控，无法进行捕获。于是，春野武藏变身为高斯奥特曼登场，阻止卡尔巴斯前进，但是凶暴化的卡尔巴斯展现出强大的攻击力，高斯（月神模式）一时之间难以招架，更被卡尔巴斯的火焰球重创倒地。最后，在防卫军坦克部队的攻击下，卡尔巴斯遁入地底逃走。 不久后，因为脑内的调制器受到G3地区的能量工厂涡轮发出的高周波刺激，卡尔巴斯再次来到地面，朝着能量工厂进发。尽管途中遭到防卫军坦克部队的阻击，但卡尔巴斯依旧继续朝着能量工厂进发，直到tEAm EYES和黑崎蕾妮设法关闭了能量工厂涡轮、高周波停止之后，调制器效果减弱，卡尔巴斯才恢复了原本的温顺的性格，并停止前进。 在阴谋失败后，乌罗加想要消灭卡尔巴斯，但被高斯（月神模式）及时阻止。卡尔巴斯在获救后逃离了现场，回到地底隐匿。
乌罗加，企图灭亡人类的邪恶外星人，为了灭亡人类而来到地球，利用怪兽造成的实际破坏来进行心理战，在人类的内心植入对怪兽的恐惧心，并逐步将这种思维引导扩展为“对人类有威胁的其他生物全部消灭”的敌意，让人类走上自我灭亡的道路。 在进入地球后，乌罗加就用调制器·生物芯片控制古代怪兽卡尔巴斯。另一方面，为了确保阴谋顺利，乌罗加还用生物芯片复活了四年前死于宇宙空间站建设事故的黑崎蕾妮，消除其记忆后假意进行追杀，吸引tEAm EYES解救蕾妮。在蕾妮被EYES带入基地进行救治时，乌罗加植入的生物芯片发挥作用，释放电脑病毒干扰EYES的所有电子设施运作，使得EYES的武器和控制系统几乎瘫痪。同时，乌罗加派出卡尔巴斯，开始对三河市进行大肆破坏。 卡尔巴斯造成的破坏，让众多人们对怪兽的敌意高涨，阴谋得逞的乌罗加继续下一步行动，指示卡尔巴斯袭击G3地区的能源工厂，想制造更大的灾难。但在tEAm EYES和蕾妮的活跃下，卡尔巴斯摆脱了控制并恢复正常，乌罗加于是亲身上阵，和春野武藏变身的高斯奥特曼展开对决。 战斗中，乌罗加不断施展瞬间移动，配合自身的格斗技，以奇袭压制了高斯奥特曼日冕模式。危急时刻，蕾妮通过生物芯片和乌罗加反向同步，干扰了乌罗加的瞬间移动，高斯奥特曼趁机展开反攻重创乌罗加，最后用炽热震波消灭了乌罗加。 后来距离乌罗加被击败后过了很久，其同种族的第二个乌罗加飞来地球，目的是消灭高斯奥特曼，替之前侵略计划失败并战死的同族报仇。 乌罗加这次以高调的方法挑战高斯奥特曼，事先向防卫军预告自己会在半夜12点降落在mw3地区，给防卫军和tEAm EYES充足的时间联手部署防卫战线。入夜后，乌罗加准时准点出现，以强大的实力击溃了防卫军和EYES组合成的防御部队，还针对性地攻击高斯奥特曼的人间体--春野武藏，使其重伤并陷入意识不明的昏厥状态。初步目的达成后，乌罗加暂时撤退。 次日，乌罗加再次发出预告，会于半夜12点袭击SRc医疗基地。EYES和防卫军再次组织武装部队进行防卫，并且利用乌罗加怕光的弱点布置强力照明设施展开针对性作战。尽管这些在乌罗加出现时起到了一定的作用，却依然不能阻止乌罗加，防卫军的武装部队和EYES在乌罗加的反击下几乎全灭。同时，乌罗加还对昏迷的武藏展开精神意识攻击，但意外地让武藏苏醒，武藏随后变身为高斯奥特曼登场，以日冕模式和乌罗加决战。 在格斗战上无法战胜高斯日冕之后，乌罗加再次施展瞬间移动奇袭战法，短暂压制了高斯日冕。但随后，EYES的水木忍副队长发现了乌罗加眼部的弱点，驾驶战斗机打伤了乌罗加的眼睛，使乌罗加不能再用瞬间移动。高斯趁此时反攻并重创了乌罗加。最后，乌罗加在变为光球逃跑时被高斯的炽热震波彻底消灭。
深海贝兽杰尔加，是SRc保护的一只生活在海底的怪兽，以浮游生物为食，加上性格温顺，通常对人类造成危害的可能性为0。为了更有效地保护杰尔加，SRc在海底管理区设置海底护盾，隔绝外敌对杰尔加的攻击。在tEAm EYES（青年精英队）对海底护盾进行维修时，光之病毒·混沌之首（卡欧斯头部）趁着护盾解除的机会闯入深海，附身于杰尔加，将其变异为混沌杰尔加。
混沌杰尔加凶暴地袭击了EYES的特殊潜航艇，并用贝壳紧紧地夹住潜航艇，直到春野武藏变身为高斯奥特曼登场，潜航艇才在奥特曼的救援下解脱。在战斗中，混沌杰尔加充分发挥自己作为海洋生物在海底的优势，施展各种战斗能力压制了高斯奥特曼 日冕模式。幸好风吹圭介驾驶EYES潜航艇及时回援，才让高斯获得反击的机会。 最后，混沌杰尔加被高斯的日冕抽取净化，分离出体内的混沌病毒，恢复回原本温顺的杰尔加。在混沌病毒被高斯的炽热震波消灭之后，海底护盾修复完成，杰尔加继续生活在镝矢诸岛的海底管理区。
精神寄生兽卡欧斯吉拉克，是混沌之首利用少女立花茜的内心梦幻而诞生出的怪兽。立花茜想和鲸鱼一起游泳的梦想被少年浩太恶语否定后，心生愤怒，被混沌之首的力量趁机依附，按照茜的想象在空中制造出巨大的鲸鱼幻影·吉拉克。刚开始吉拉克只是在空中飘浮，在呼应茜的愤怒后卡欧斯能量反应加剧，最终和茜进行融合，外貌异变并获得实体，成为卡欧斯吉拉克。 卡欧斯吉拉克受到茜的意识影响，要将茜所憎恶的一切事物破坏，于是对少年浩太展开攻击，但被春野武藏变身的高斯奥特曼所阻止。卡欧斯吉拉克和高斯奥特曼月神模式展开一场格斗战，期间还用出光线技能攻击，但仍不能战胜高斯。由于体内的茜情绪变得更加激动，卡欧斯吉拉克施展出新的力量，以光鞭捆住并释放电流折磨高斯，形势变得危急。 随后，由于浩太对茜的道歉表白平息了茜的怒气，卡欧斯吉拉克被影响而瞬间失去了活动力，被高斯使出的「月神彩虹」净化，少女立花茜被平安分离出来，卡欧斯吉拉克的身体也在光芒中消散。