此时，遍布全国各地的矿监税使都相继同当地官吏发生了冲突。矿监税使们都由皇上直接任命的太监担任，他们觉得背靠大树，有恃无恐。
而地方官则大多抱着“为民请命”的心态，极力反对这些家伙糟害百姓。少数官吏因矿监税使们“抢占”了他们鱼肉百姓的地盘而冲突迭起。
那些在宫中俯首听命的太监们，走出京城就变成了恶虎，整天琢磨搜刮、敲诈百姓的坏主意。他们打着皇上的旗号，将大批的金银珠宝据为己有，交纳给皇室内库的，不足十分之二、三。他们挖掘古墓，搜摸金玉。偶遇良田美宅，就谎称地下藏有矿脉，或敲诈钱财，或乘机霸占。
广东税使李凤贪污5 1 .7万两税银。陕西矿监赵钦贪污白银10万两。山东矿监陈增的爪牙程守训，因虐害百姓过多，怕仇人报复，把贪污的珍宝和40多万两白银藏进深山秘洞……矿监税使及其爪牙把搜刮来的钱财恣意挥霍，朝歌夜舞，过着纸醉金迷、荒淫无耻的生活，百姓们对他们恨入骨髓。
各地官吏们纷纷向皇上上疏。检举、揭发矿监税使们的滔天罪行。大学士沈鲤指出：矿监税使们造成的后果是：“天下之势，如沸鼎同煎，无一片安乐之土，贫富尽倾，商农交困，流离迁徙，卖子抛妻，哭泣道途。萧条阡陌。”
山西巡抚魏允贞目睹矿监税使们的暴行，除极力抑制外，还怒不可遏地向万历皇帝写了疏文，历数张忠、孙朝的累累罪行，建议皇上将孙朝召回，严加惩办。
这篇疏文呈上之后，根本没有任何反响。其实，魏允贞哪里知道，全国各地的官吏们都送上了大量检举揭发税监的疏文，共有100多篇。万历皇帝有的草草看两眼，有的连看都不看，不发部院讨论。
而税监们写的告地方官歪状(备言阻挠开矿)的疏文，则一律发部院讨论，滥加罪名，惩戒措施马上就降了下来。据统计，仅万历2 5年(1 5 9 7年)至万历3 4年(1 6 06年)，矿监税使们进献内库黄金达1.2万多两，白银5 6 9万多两。此外，如金刚钻、珍珠、水晶、宝石、红青、人参、琥珀、貂皮等贵重物品不计其数。
万历皇帝接到孙朝纠劾魏允贞的疏文之后，刻不容缓，交部院讨论。风闻要对允贞严厉谴责后削职查办。
魏允贞昕到这个消息后五内俱焚，痛心疾首。他不明白，为了钱财，为了金银珠宝，万历皇帝竟昏庸到这种程度!啊，明世祖朱元璋创下的大明江山，难道要断送到这帮败家子手里不成!他气得几天吃不下饭，睡不着觉。他不甘心，抱着一线希望又写了一篇言辞更加激烈的疏文，二次呈上。
正当皇上要惩办魏允贞之际，吏部尚书李戴、都御史温纯同时上疏，历数魏允贞治理山西的赫赫政绩，建议将他的疏文发三科六部讨论，要严格查办孙朝，不应治魏巡抚的罪。
万历接到李戴、温纯的疏文之后，冷笑一声，连同魏允贞的疏文，悉数压下“留中”。
部院讨论之后，极力对魏允贞进行挽留。
魏允贞决定回乡，又接二连三地呈上辞职报告。
万历皇帝对此犹豫不决。
过了没有几日，山西军民数千人来到京城的吏部、都察院门前，示威请愿，要求魏允贞留任，将糟害、涂炭百姓的税监孙朝严加惩办。
此时，魏允贞已不再犹豫，连日上疏，要求辞职回乡。有一天，竟一连写了5篇辞职报告。
在魏允贞的极力要求之下，在山西军民连日的请愿之中，在部院官吏的极力挽留声中，万历皇帝真正感受到魏允贞这个正直官吏的巨大感召力量。
然而，为了那黄澄澄、白花花的金银，为了那红红绿绿的珠宝，万历皇帝慨叹一声，手哆哆嗦嗦地在魏允贞最后一份辞职报告上签了字。
在经过了艰难曲折的建储之争后，在群臣和太后的重重压力之下，万历无可推拖，终于将朱常洛册封为太子。福王、瑞王、惠王、桂王等同日受封。
万历30年春节过后，即为太子朱常洛举行了婚礼。太子已经2 0岁，早过了常规冠婚的年龄。
太子婚礼刚过，万历就生了场大病。遍请宫中太医，久治不愈，且日见沉重。
这些年来，他整目沉溺后宫，除专宠郑贵妃外，还痴情于嫔妃之中，身体渐渐不济。再加上晨昏颠倒，生活起居毫无规律，痼疾愈发沉重。这次，他觉得自己难以熬过劫难，便火速传旨，召诸大臣至仁德门听命。
中官传圣上旨意，命内阁首辅沈一贯入启祥宫后殿西暖阁听旨。沈一贯急步进西暖阁。此时的西暖阁，一派肃然景象。
皇太后端坐于正中央，万历皇帝精神萎靡，勉强穿着朝服席地坐于一旁，太子诸王皆穿戴整齐，跪在万历帝跟前。
沈一贯行完大礼，跪在距万历稍远一点的地方。一贯抬头一看，吃了一惊：万历帝虽然刚4 0岁，但从面相看，却是衰老不堪：蜡黄的脸有些浮肿，眼窝深陷，皱绞密布，双耳浑浊无神。一年多不见，皇上竟成了这个样子!
这时万历皇帝缓缓开口说话了：“沈爱卿，离朕近一点。”
沈一贯跪着膝行而前。
只见万历皇帝面色平和，甚至有几分慈祥之态。他用低沉、嘶哑的嗓音说道：“爱卿也看到了，朕的病已经很沉重了，料难以治好。朕现在把后事交待一下，望卿遵照执行。
“矿监税使之事文武百官极力反对，也确给百姓造成灾难。前一阵因宫殿尚未完工，暂且收取。今已竣工，可与江南织造、江西陶器的征收一块统统停止。所遣各地的中官，均下令还京。
“对监狱里关押已久的罪犯，实行大赦。对历次因提意见和建议而获罪，在民间有清望的大臣，统统官复原职……”