与此同时，都察院左佥都御史王汝训，通政使魏允贞，大理寺少卿曾乾亨，礼部郎中于孔兼，员外郎陈泰来，主事顾允成、张纳陛、贾岩，国子监助教薛敷教纷纷上疏，为孙珑、赵南星辩解、求情。
此时，以王锡爵为首的奸邪官吏显然占了上风。他们得意忘形，摇唇鼓舌，四处散布流言。
说孙珑身为吏部尚书，却狂妄自大，野心勃勃，分明是想钻进内阁，抢班篡权；说赵南星深夜同京城名妓在一块鬼混，分明是道德败坏，流氓成性，根本不配在吏部任职。就连老成持重的李世达也受到了攻击。
一时间，人妖颠倒，奸邪官吏甚嚣尘上。与此同时，正直官吏们也在呐喊、呼号。正直官吏们的反驳与抗议，如火上浇油，更触发了皇上和内阁官员们的怒火。王锡爵马上拟旨，将于孔兼、薛敷教、顾允成赶出京城，降一级贬为地方官。
看到众官吏为国事着想，上疏言事，竟落了如此下场，礼部员外郎陈泰来气愤填膺。决心将官职甚至身家性命置之度外，又写了一篇痛快淋漓的疏文呈上。
他在疏中写道：“余进士及第1 7年来，曾4次参与京察。自高拱、张居正为相以来，衙署中当权官吏，尚书中只有张瀚、严清，选郎中只有孙珑、陈有年敢于坚持自己的观点，其余均为唯唯喏喏、没有担当之人。
“从杨巍、刘希孟到谢廷荣莫不如此。今又有奸邪之人，借陛下过失炫惑圣上，亦是昔日奸臣故伎重演。迁延下去，必以权力谄媚内阁大臣才算不专权，必培植党羽附内阁大臣才算不结党。
“长此以往，谬种流传，则后患无穷。呜呼，内阁欺皇上懦弱，必然会得寸进尺，以售其奸。如此，则国家危矣，百姓危矣，此肺腑之言也，请皇上三思。”
神宗看到这篇疏文，拍案大怒，骂道：“区区小吏，妄议朝政，理当问罪!姑念其资深阅厚，降职三级!”
接着，他索性在内阁首辅王锡爵写的建议中，将赵南星、虞淳熙、杨于廷、袁黄等人尽行罢免的请示上批道：“照准。”
在这场吏部与内阁的激烈斗争中，刚开始，左都御史李世达并没参与。他虽然是正直官吏，但他久居宦海，目睹了许许多多激烈争斗，懂得了官场斗争的残酷无情。他不愿意过早抛头露面，怕惹恼皇上祸及自身。
当他看到皇上一味袒护内阁官员，将大棒一次又一次挥向无助的正派官员时，他的良心告诉他：再也不能袖手旁观、坐视不管了。坐以待毙，将后患无穷！
于是，李世达那富有正义感的秉性又激动起来。他不能再保持沉默。再沉默下去，不但遭人非议，更重要的是将受到良心上的谴责!
他料到如果再上疏言事，皇上不会理睬。只得冒着危险，进宫面见皇上，陈述利害，希望皇上收回成命。
谁知，皇上早形成了固定思维，没听他说几句，便将他训斥一通后拂袖而去。李世达见皇上如此任性自恃，忠奸不分，刚愎自用，心中十分失望。当天回到家便病倒在床。
内阁首辅王锡爵、次辅赵志皋、张位等人见皇上有意袒护内阁，更加有恃无恐，又找来几位御史、给事中等言官，联合上疏，恶意攻击孙珑，捏造了一串罪名，想把他逐出朝廷而后快。
万历皇帝见逐走了赵南星等人，如果留下了孙珑，日后耳根必然不会清静。于是，他索性大笔一挥，削去了孙珑的官职，限日启程回乡。
万历皇帝将南星等人贬谪回乡的谕旨下了之后，南星便想择日返乡。魏允贞、顾宪成、邹元标、高攀龙等人苦苦劝说，让他在京再住些时日，静观其变再做道理，南星勉强应允。
他整天闭门不出，研读经史。本来，他早就想多读点书，但由于吏部公务繁忙，再加上京察，更是百事缠身，难得抽空坐下来看会书。别人被罢了官，整天垂头丧气，萎靡不振。南星被罢了官，却仍然神态平静，心境平和，似禅心入定。
他认为，奸邪官吏居心险恶地搞阴谋诡计，而朝廷处事不公，不能扶正抑邪，那是皇上和内阁前过错，为什么要拿来折磨自己呢?
他坚定地相信，皇上会有一天认识到过错，及时纠正的。既然孙珑和他在京察中出于公心，没做下什么错事，就不怕时间和历史的考验，内心也没有什么自责。
引以自责的只有一点，那就是他过高估计了负责京察的一帮正直官员的力量，而忽视了内阁邪派官员的巨大能量，最终酿成失败。这是一次惨痛的教训。这将使正直的官员们铭记一生。
尽管正直官员们遭受打击，但他们并没有被吓倒、被征服，而是奋起反抗，不断上疏自卫。
时任“行人”（明代设行人司，复有行人官。主管传旨、册封、抚谕等职）之职的高攀龙看到奸佞小人趾高气扬，一派洋洋得意之状，而正直官吏屡遭灭顶之灾，遏止不住心中阵阵怒火。
既然门师赵南星等人悉数被遣，纵然自己在朝也是单枪匹马，无甚益处，不如豁出去冒死上疏。
回家后，他便写起来。他在疏文中写道：“大臣有孙珑、李世达、赵用贤被免职，小臣则有赵南星、陈泰来、顾允成、薛敷教、张纳陛、于孔兼、贾岩被斥退。近日又有李桢、曾乾亨申请离职，选司孟化鲤又被除名。
“朝廷内外议论纷纷，大家说分明是内阁大臣剪除异己，排斥正直官员。又说近侍太监不用正人君子，专门诱引皇上走邪路。若说被罢官的几个人曾触怒圣上，然未见哪个抗旨，为何被罢免?
“圣上有斥退官员之果断，而内阁及皇室亲信，却乘机施展嫉贤妒能之阴谋，使皇上威名受到玷污，望皇上详察。”