越来越多的岩浆形成的宝可梦拦住了众人的逃跑之路，身后还有三圣柱穷追不舍，小智几人的麻烦越来越大了。
好在关键时刻路卡利欧一直在使用波导弹，虽然对上三圣柱效果不是很好，但是对上岩浆状的宝可梦还是很给力的，不断瞬发的波导弹一个个将各种岩浆宝可梦击碎。
“趁现在大家快走。”
“好！”
小智也知道现在情况危急不是客气的时候，听到路卡利欧的话没有多说什么，带着其他人迅速的往安全的地方狂奔着。
大家都是因为帮自己寻找皮卡丘才来世界初始之树冒险的，不管是谁遇到了麻烦或者危机，小智的心里都会过意不去。
“班克斯，这些到底是什么东西？”
在跑路的过程中琪朵联系着自己在外界的管家，希望他能尽快分析出那些岩浆状生物的底细，好找到对付对方的办法。
而外界的班克斯也在疯狂的操作仪器分析着，这个时候的他也很紧张，自家的大小姐遇到了生命危机，这让他立马就坐不住了。
要不是因为自家所处的地方离大小姐太远，班克斯恨不得立马带上所有能带的仪器去支援，但是现在的他只能不断敲打键盘分析出更多的情报，希望为大小姐尽快找出逃生之路。
“我想这些东西是世界初始之树内，像是人体中的白血球一样的东西，祂现在应该正打算赶走侵入体内的细菌，也就是大小姐你们几个人。”
看着琪朵传来的各种影像班克斯找到了一点端倪，那些岩浆状生物并没有对任何一个宝可梦发起攻击，只是追着小智几人不断试图吞噬。
“细菌？怎么会？”
听到琪朵转述的话，小智几人都很惊讶，但是也反应过来几人肯定已经被世界初始之树视为了不欢迎的存在。
“那这就是代表世界初始之树或者的证据。”
危急关头琪朵还没有忘记自己的身份，想着这个大发现要是能够发出去，到时候自己说不定还能混个博士头衔也说不定。
就在小智等人寻找皮卡丘遇到危机的时候，皮卡丘那边也醒过来了，虽然和梦幻一起玩耍很是开心，但是祂更想立刻回到小智的身边。
在梦幻数次挽留之后，甚至带着皮卡丘和喵喵来到一个充满各种反重力的管道一样的地方玩耍过，皮卡丘依然向梦幻告别了，因为祂得知了小智已经进入了世界初始之树内部。
经历过了千难万险之后小智和皮卡丘终于再度相见，但是现在小智并没有一点高兴的感觉，因为前面为了躲避三圣柱的攻击他和小刚几人分散了。
刚刚和皮卡丘相遇琪朵就带来了很不好的消息，小瑶和小胜以及小刚都被世界初始之树吞噬了，自己的同伴们都遇到了生命危机这又怎么让小智能够开心呢！
可是现在小智并没有任何办法去拯救同伴们，因为三圣柱再次堵住了前进的路，后方更有无数的白细胞穷追不舍。
一个不察之下小智被白细胞包裹住了，没想到自己才刚刚和皮卡丘相遇就要死去，还没有救出自己的同伴们，自己还没有完成自己的梦想成为宝可梦大师，但是现在一切全都已经来不及了。
在被吞噬的最后一刻小智扔出了自己的所有精灵球，放出了森林蜥蜴和小小象以及大王燕和龙虾小兵祂们，和大家告别之后小智被白细胞吞噬了。
看着只剩下一顶帽子丢在原地，皮卡丘祂们完全无法忍受心中的悲痛，泪水不断的流淌着，而一边的小瑶和小刚两人最后时刻放出来的宝可梦们也一直在默默的流泪。
看着伤心欲绝的皮卡丘祂们，梦幻捡起了小智掉落的帽子交给了皮卡丘，希望自己刚认识的这个朋友不再伤心。
“皮卡皮！”
可是小智都已经不在了，一顶帽子对皮卡丘来说没有任何的意义，祂不停的流着泪大声呼喊着试图唤回小智。
看着皮卡丘和一众宝可梦悲伤的样子，又看了看那个让自己眼熟的人类消失的地方，梦幻下了一个决心。
飞到了一颗水晶旁边梦幻把手放在了上面，一道充满生机的翠绿色能量瞬间传遍了整颗世界初始之树，祂违背了世界初始之树的自然运转，释放出了被吞噬的“细菌”们。
“皮卡丘！还有大家！”
小智和大家都重新回来了，所有的宝可梦们都围在各自的训练家身边开心的庆贺着，死里逃生的所有人心里都格外的高兴。
“琪朵小姐这到底是发生了什么？”
虽然心里高兴但是所有人的内心都充满了疑惑，几人到底是怎么回来的，小智问向了自己被吞噬前见到的还以为并没有被吞噬的人。
“梦幻传达了你们并不是细菌的意思，所以世界初始之树在把你们放出来了，而且三圣柱也不再追杀我们。”
可惜小智问错了对象，因为她和小智一样都被吞噬了，好在喵喵也来到了这里翻译了梦幻刚刚的意思，虽然那只是自己的猜测，但是喵喵觉得应该是没有错误的。
毕竟世界初始之树释放了所欲被吞噬的人类，而且三圣柱也在眼皮底下放过了几个人，直接转身退走了。
“梦幻啊！”
“这颗世界初始之树和梦幻之间，应该是有彼此能够分享力量，从而相互共存的关系。”
听到喵喵的话小智转头看向了梦幻发出了一声感叹，他不知道该怎么感谢梦幻，算上新岛那次梦幻也算是救了他两次了。
而琪朵还以为小智在为见到梦幻而惊讶，也解释起来自己进来这么久，观测出的梦幻和世界初始之树之间的关系。
就在众人以为危机就此消失闲聊的时候，意外再一次发生了，整颗世界初始之树开始发生了巨变。
由于违反自身的能量运转进行了大规模的逆反行为，世界初始之树自诞生以来从没有遇到过这种事情，内部受到了很大的伤害，本身的能量开始无法在内部自有流动了。
原本华丽的随处可见的水晶开始被大片大片的摧毁，世界初始之树内部开始呈现出一种可怕的红色，而梦幻更是发起了高烧状态很是不好，很显然情况再这样发展下去世界初始之树和梦幻都很可能失去生命。