上午8点50分，消防局长接管担任事故总指挥。
但是因为不断掉下的楼体残骸和其他不安全因素，他将灭火指挥部从世贸中心1号塔楼大厅转移到西街对面的一条8车道的高速公路上。
同时世贸1号楼内消防员正在努力救火，并协助被困在楼内电梯、楼梯间、房间内的人员，以及受伤的人群撤离。
与此同时，紧急医疗指挥部也开始划定区域，集结救护车，对伤员进行鉴别归类、治疗并送往医院。紧急医疗指挥员助理在灭火指挥部中担任全部紧急医疗服务的指挥，向灭火指挥部报告情况。
上午9点01分，联合航空128号撞向了世贸2号楼，得到消息的消防局长真是一个头两个大，随后又分出了一批消防员前往2号楼救援。
但是随着动员的升级，调度员命令所有回应的消防分队到世贸中心附近上级指挥员指定的集结地点报到。然而，当这些消防分队接近指定区域时，许多分队并没有到指定区域报到，而是直接进入两座塔楼大厅或事故区域的其他地点。
这样的结果就是上级指挥员不能准确掌握所有消防分队的具体位置。
另外，集结失败导致消防分队在进入塔楼大厅之前，不能得到必要的信息和准确方位。
这是因为大量的通信困难对消防局消防指挥员在对行动进行调整时造成了阻碍。
鹰酱消防部队使用的是便携式无线通信装置。
因为这种装置在没有转发器系统转播和增强信号的情况下，在超高层建筑内不能可靠工作。世贸中心大楼内原本有这样的系统，但是现在系统发生了损伤，无法正常运行。
世贸中心1号塔楼大厅内的指挥员们和他们派入楼内的分队之间的通信联络时有时无，指挥员们有时可以联络到一些分队，有时不能。一些分队也确认有时可以收到无线通信，有时不能。
指挥员们不知道他们的命令是否发送出去，那些分队是否因为忙于救助行动而没有确认收到信息，或者分队回复了，回答信息却没有能够传送过来。
总的来说，现场乱成了一锅粥，每时每刻都有各种信息发送到指挥部，但是只有个别消防分队能收到信息，大多数消防分队处于自主行动之中。
世贸2号楼的消防员也面临相同的问题！
紧急医疗服指挥部和救护车也因为无线通信堵塞而面临通信问题，发生这种现象部分原因是两个紧急医疗服务频道在同一频率上。
通常指挥频道是指挥员专用的，城市覆盖频道是救护车和紧急医疗服务派遣使用的。大量救护车反复请求被派遣到世贸中心，使得通信堵塞问题加剧。
9点12分，普斯卡正在往鹰酱大楼赶去。
9点20分，普斯卡得到消息，联合航空87号航班撞向了鹰酱大楼，导致多名官员死亡，普斯卡立马改变方向，前往地下应急指挥部。
9点35分，应急监测部发现，1号大楼有坍塌的风险，指挥部的指挥员迅速通过移动无线通信下达了撤退命令，但是很多消防队员并没有听到这道命令，导致许多人根本没有撤离。
9点37分，当许多消防分队还在1号楼救援时，1号楼发生了坍塌！这使得大量的消防员和市民死亡！
当消1号楼的消防和紧急医疗指挥部的的指挥员在周围的建筑物中寻找避身处时，世贸中心2号塔楼也倒塌了，更致命的是倒塌摧毁了高速公路上的事故救援指挥部。
这直接让救援行动面临毁灭性的打击。
消防局长和其他指挥员直接牺牲，使事故救援临时处于无指挥状态。
9点50分，鹰酱航空69号航班，在经过乘客与乘务员与劫匪争夺控制权后，在宾夕法尼亚州的一片空地坠毁。
10点20分，计划部门的一位高级官员，接替紧急医疗服务部指挥官，但是在接下来的近半个小时里，整个事故救援指挥仍不十分清楚。
在这半小时里，一些高级消防指挥官都主动重建指挥部，但是这还导致了多重指挥，导致许多分队不知道该听谁指挥。
上午10点52分，城市值班指挥员接替消防局长担任事故现场救援指挥官，全面恢复了现场指挥。
9月15日，经过事后统计，遇难者和失踪人员共有3792人，其中有271人是鹰酱大型金融机构的副总裁，有157人是规模大小不一的证券公司的经纪人，而遇难和失踪者中还有一群特殊的人，他们是412位消防队员。
事件发生后，鹰酱股民开始恐慌性抛售股票，导致股市暴跌。截至9月16日，道琼斯指数、纳斯达克指数和标普指数分别下降15.3%、19.1%和13.5%，估计股票缩水1.4万亿美元，即便鹰酱政府注入大量的资金，但是效果甚微，各大股指不断下跌直至3年来的最低点。
办公室设在世贸大楼上的公司简直倒霉透顶，他们的业务几近瘫痪，大量数据丢失，据鹰酱审计官员估计，事件造成的建筑等财产直接损失达340亿美元，人员伤亡造成的损失110亿美元，灾区现场清理和抢救费为140亿美元。
这是不知道多少年来首次发生在鹰酱本土的恐怖打击！
这是赤裸裸得挑衅！
普斯卡于9月10日召集政府会议，卡大佐被锁定为制造“99恐怖袭击事件的头号嫌犯，议会决议对卡大佐实行反恐打击。
9月11日据鹰酱民意测验显示，鹰酱民众中有90%的人支持美国对恐怖主义分子实施武力打击，并且原本支持政府尽快部署国家导弹防御系统（Nmd）的人数约为54%，而到9月12日，这一数字升至80%以上。
至此，鹰酱国内两党目前空前团结，共同在将反恐作为国家安全首要目标的状况下，本来在导弹防御问题上的严重分歧也消失了。