很快整个元洙共和国的国民就做出了过激反应，高喊着：“我们被三个宇宙放弃！让这些伪政府当权者下台的口号。”整个区域开始发生动荡，出现了大规模的暴乱，很快包括元洙宇宙留守的军队和他们自己的私兵组成的元洙共和国宇宙联合军开始宣布与伪政府割裂，并且全部撤离元洙共和国，整个元洙宇宙的东区陷入混乱。
混乱持续一周后，帝国域轨上突然出现了一节巨大的运输星际列车，很快第一批帝国警察星球防爆队在元洙伪共和国域轨中心站登陆，开始迅速管理星球治安，对违法犯罪进行打击。第二批运输舰队通过临时星门跳跃，运来的是帝国警察机动部队，这是由原萨睿逊共和国警察部队改编的，源源不断的帝国警务部门的投放，开始管理治安。
而元洙西区的民众看见是帝国的警察来了，便渐渐四散而去，帝国警察不但管理了整个星域，还“礼貌”的把元洙伪共和国的政治家族及成员，留守政府人员请去帝国，然后去看雪山了。当然民众们不知道。很快经过管理整个星区井井有条，随着帝国国土部国土防卫队元洙西区指挥部的建立，整个元洙西区被划为人类海因维斯第4行政区，由廓伦特兼任行政官。元洙宇宙的闹剧至此落幕，帝国巩固了在元洙宇宙宇宙的统治。
在战线逐步向外攻击的情况下，元洙宇宙不肯撤离去帝国首都星域的政治家族和官员逐步被帝国警察部“礼貌”的请去看雪山。弄的诺比亲王经常说：“现在喜欢看雪山山洞的人真多。”
在上次帝国训政令之后，帝国警察部队分成了帝国治安警察和帝国机动警察，后来加入了萨睿逊宇宙和元洙宇宙的特警和刑事机动警察成员。在目前帝国政策是稳定全用警察，说打仗那是国土防卫队，帝国从来不出动正规军，很难留下强行并吞侵略的口实。
随着帝国新历17年一次震惊的谋杀，宇宙间的宗教纷争到了顶点。帝国教成员在去萨睿逊宇宙区域也就是现在的人类海因维斯第3行政区途中，经过了一个星球，停下休息，对帝皇安德烈夫做祈祷。可是这个星球实际上是瑞德教国第12教区教廷行政区，对于他们而言同宗的帝国教是异端。
这个异端的由来是共同发源于帝国教，但是帝国教以信仰帝皇为核心，而瑞德教认为，安德烈夫成为宇宙先知的源泉来源于对于自身行为的信仰，所以他们崇尚行为信仰，视帝国教为异端，污染了安德烈夫信仰，同时他们不承认帝国教中央教廷，只认可帝皇即安德烈夫为行走在人间的先知行为。
之所以叫瑞德教是来源于安德烈夫行知经的第一句话：“瑞德星的成长，让我知，我明，我作我所做，我知我所知，我不知他不知，我知他知。”在他们认为帝皇在瑞德星的成长是奠定他成为先知行为的重要起点，瑞德即为初始的，瑞德星是圣地，瑞德便是教名。
由此两个教派冲突非常严重，实际上帝国教团拥有武装修士团，在强大的武力下，且因为是内部宗教战争，帝国也没有插手，那会也没法插手。第四次远征是帝国统一整个莱茵克的关键，正在几个重要星门打的死去活来，根本没有时间去管。
帝国教驱逐了瑞德教，随后瑞德教向帝国与萨睿逊共和国交界的宇宙区域发展，逐步成为萨睿逊主要宗教之一，这也是帝国在萨睿逊实行统治简单的原因，帝皇的命令即可。但是两个宗教还是死去活来。
当帝国教的人开始祷告的时候，星球上的教徒早就报告了瑞德教领区，如今的瑞德教已经不是当初那个任人宰割的瑞德教了，很快瑞德教护教团包围了帝国教教士团，在一场一边倒的屠杀中，帝国教教士团全体成员被屠杀，并被集体用荆棘捆绑在木桩上，被诅咒。
当被一个记者拍下并公布在帝国虚拟网络世界中的时候，整个帝国一片哗然。
菲斯为此去面见了帝皇。
“这是一个好机会，宗教战争也可以检验帝国教武装修士团的战斗力，大远征会需要他们的力量，据我所知武装修士团除了消灭异端，以前做了很多帝国惩戒所的脏活儿，陛下。”
“嗯，的确是，菲斯卿的意思是，我们暂时不管？”
“是的，但是需要陛下保持沉默。”
“仅此而已？”
“是的。”
当所有人的焦点开始汇聚在光明宫的时候，帝皇陛下出人意料的保持了沉默。谁也不知道帝皇陛下怎么想的。与此同时由第一任帝皇安德烈夫一世卫队控制的瑞德星圣地发出申明：“圣地将禁止帝国教和瑞德教的人出入。”然后圣地真的把两方教士都赶走了。
当然这也是菲斯的手笔。至此帝国教的怒火被完全点燃，而瑞德教也开始愤怒的谴责帝国教。
宗教战争便开始了，从第二次暗杀开始，帝国教武装修士团，派出了一支精干的武装修士分队，接连捣毁了瑞德教三大领区的教廷管理局，用相同的方式屠杀了所有的瑞德教成员和护教团。
当瑞德教看见如此情景后，忍无可忍发出“圣训令”对帝国教开启战争，同时帝国教在首都星区进行了一次大规模的宣讲，帝国教宣布第二次宗教战争开启，帝国教将对瑞德教相关玷污帝皇信仰的异教徒进行清洗。
帝国新历17年春季，教团开始调动，帝国教武装修士团全体动员，当他们第一次在人面前显露出自己的时候，帝国人都被惊呆了，他们穿着黑色的具装，上面雕刻着宗教的纹样，黑色的圣裁枪和动力刀，背后是组合式动力矛，6组虚无肩埋炮。
看到这儿菲斯古怪的看着前埃隆斯团的堪撒迪道：“你们给他们的？”
堪撒迪很尴尬道：“帝皇给他们的，存在与不存在是我们的，虚无和真实是他们的。毕竟鸡蛋不会放在一个篮子里。虚无代表无效排列，这个大杀器，不太适合我们。”
“不过，菲斯殿下放心，这次是个摆设，他们发射不了，宗教纷争，埃隆斯禁止授权他们使用。他们这次只能靠爆裂枪和自己的动力刀，对了，帝国陆军那边授权他们使用移动忏悔室的火力，殿下知道？”
菲斯点点头。
“改变不了大局的，安心看。”
与此同时，帝国的宗教纷争正式开始。