小智在集齐八个徽章后就和小霞小刚一起回真新镇了，距离关都联盟宝可梦大赛还有一段时间，小智打算在家休息几天，然后对自己的宝可梦们进行特训。
走了一路，三人终于到达小智家，小智走进家门后就大声喊道：“妈，我回来了。”小霞和小刚则是很有礼貌地说道：“打扰了。”
不过，出来的并不是花子，而是小智的喵喵：“少主，你回来了啊喵！”小智见是喵喵开口打了声招呼：“喵喵，你好啊！我妈妈在家吗？”这时，魔墙人偶也出来了，一出现就给小智一个拥抱！小智也跟魔墙人偶打招呼：“你进化成魔墙人偶了啊！恭喜你了！”
“小智，你回来了啊，赤可是跟我说你还得几天才回呢！”花子从房间里走出来，见到小智开心地说道。随后，看向小霞和小刚，小霞和小刚也跟花子打招呼：“打扰了，阿姨。”
赤虹也从楼上下来了，见到小智一行人，向小霞和小刚打着招呼：“嗯，你们好，我是赤虹，小智的爸爸。你们应该就是武能和水伊的后代吧？小刚，你还记得我吗？”小刚见到赤虹震惊地说道：“您是当年的挑战者？”随后经过一番解释，小智和小霞知道了当年的一些事情：赤虹当年是真的牛！开局就拿走了坂木的原始超梦，然后就去参加道馆战，第一站就是武能的深灰道馆，直接让武能产生了心理阴影。后来，武能就离家出走了，深灰道馆就落到了小刚的手中。
小智和小霞大吃一惊，小智赶紧问道：“爸，你的初始宝可梦是超梦？”赤虹一听，赶紧开口道：“我的初始宝可梦是小火龙了，超梦是从你坂木大叔那里顺走的。”小霞则是一脸懵逼，坂木她知道，常青道馆训练家，可超梦是什么宝可梦？有这只宝可梦吗？见小霞疑惑的样子，赤虹就跟小霞解释了超梦是哪种宝可梦，一番解释过后，小霞觉得自己的世界观都刷新了。
吃过饭，赤虹要去大木博士的研究所，小智打算去看看自己的宝可梦们。于是，就一起前往大木博士的研究所，当然，小智的喵喵，小霞和小刚也一起跟了过来。
一起来到大木博士的研究所后，赤虹按下门铃道：“大木博士，我是赤虹，我带小智和喵喵来了。”大木博士见赤虹带小智来了，开口说道：“小赤，喵喵，你们来了。小智，我等你好久了。”
赤虹见青绿不在，疑惑地看向大木博士，大木博士一眼就看出赤虹想问什么，回答道：“青绿带着小茂去进行特训了。”见自己的好友不在这里，赤虹也就兴趣不佳地回家了。
就这样，大木博士的研究所内只剩下大木博士和小智一行人。这时，小霞开口问大木博士联盟大赛的时间：“对了，博士，比赛开始的时间是什么时候啊？”大木博士回答道：“时间是两个月后，地点是在石英高原。”
小智想了想自己收集八个徽章所用的时间，以及两个月后的比赛，自己在整个关都地区呆了一年的样子，平均在每个道馆的时间为三周左右，这其中当然是迷路耗费了太多时间。
大木博士这时开口问道：“小智，你来这里是为了什么？”而小智来这里主要是看自己的宝可梦的，所以对大木博士说道：“对了，博士，我想去看看我的宝可梦们。”
大木博士见状也说道：“哦，它们啊，都在后面的庭院里，一起去看看吧。”随后，小智一行人就跟着博士向另一边走去。
来到庭院后，小智就将自己带在身上的宝可梦都放出来了：“出来吧！大针蜂，化石翼龙，喷火龙，呆壳兽和哈克龙，还有超梦和越梦。”这时，迷你龙突然出来，缠绕在小智的身上，十分开心地叫着，越梦这时也亲呢和小智打招呼：“小智哥哥，你好啊！”大木博士似乎早就知道超梦和越梦的存在，并没有露出激动的神情。
小智这时想到了自己的宝可梦们有好多需要连接交换进化的，向大木博士问道：“大木博士，你知道连接交换进化吗？”大木博士听后，立刻给出了答案：“连接交换进化啊，只要使用连接交换机器就可以了。”小智听到答案后又问道：“那，大木博士你这里有连接交换机器吗？”一听这话，大木博士就非常自豪地说道：“当然有啊，这里可是大木博士研究所。”看来这里的设备还是很先进的。
小智这时又问道：“那，大木博士，你这里有王者之证和龙之鳞片吗？”大木博士有些疑惑地问道：“有是有了，不过，小智你需要这些干什么啊？”因为关都地区只有豪力，隆隆石，勇基拉和鬼斯通连接交换进化成怪力，隆隆岩，胡地和耿鬼的例子，所以大木博士认为小智问自己这些是想要让勇基拉和鬼斯通进化。而小智问的道具仅仅是用来提升宝可梦的威力罢了。
小智答道：“当然是用来进化宝可梦了。”随后对喵喵说道：“喵喵，去把勇基拉，鬼斯通，呆呆兽和海刺龙叫过来吧。”喵喵见小智叫自己，立刻回答：“好耶，少主！”然后就去将四只宝可梦叫来了，大木博士看着被喵喵叫过来的四只宝可梦，问小智：“就是这四只吗？”小智答道：“是的，带我们去连接交换机器那边吧？”鬼斯通一出现就和喵喵聊起天来：“嘿嘿，小猫咪，叫鬼大爷来这里干嘛？”“老顽童，你以为我想去叫你啊喵！这次是少主有正事，给我老实点啊喵！”……
看着这两只活宝宝可梦，小霞和小刚感到十分有意思，小智见状，向大木博士问道：“这两只一直都这样吗？”大木博士点了点头，小智见状立刻用精灵球将鬼斯通收回，同时将勇基拉也收到了精灵球中，来到连接交换机器前，将精灵球放入机器，对大木博士说道：“大木博士，开启机器吧！”随后在大木博士的操作下，勇基拉和鬼斯通完成了连接交换。
大木博士把精灵球给了小智，小智立刻将胡地和耿鬼放出来：“出来吧！”两只宝可梦一从精灵球中出来就发出白光，光芒散去，胡地和耿鬼正式登场。
耿鬼进化后立刻就去和喵喵炫耀去了，胡地则是默默地来到小智的身边，感应着超能力。小智给海刺龙戴上龙之鳞片；给呆呆兽戴上王者之证后，用精灵球收回了两只宝可梦，将两只精灵球放入连接交换机器中。随后，又在大木博士的操作下，两只宝可梦也完成了连接交换进化。
大木博士随后又将精灵球给小智，小智也将两只宝可梦放出来：“出来吧！”从精灵球中出来的两只宝可梦发出白光，光芒散去，呆呆王和刺龙王登场了。
见到海刺龙的进化形，小霞激动地问道：“啊！小智，这个是？”小智解释道：“刺龙王，海刺龙的进化形，水系加龙系的宝可梦。”小霞一听，激动地说道：“好厉害！原来是水，龙双系的宝可梦！好，我也要努力！让墨海马早日进化！”
大木博士也激动地对小智说：“原来还可以戴道具进行连接交换进化啊！小智，你可一定要让我研究啊！”小智回答道：“当然没问题啦！”大木博士就带上呆呆王去进行研究了。
而小智一行人则是在喵喵和耿鬼的带领下去见小智收服的其它宝可梦了。
就这样，小智开心地陪伴自己的宝可梦们度过了一个下午，直到傍晚时分，赤虹带着他的超梦叫小智回家吃饭，小智一行人才告别了大木博士研究所回家了。
接下来就是赤虹对小智的特训时间了，不过，赤虹只帮忙训练超梦和越梦，小智的其它宝可梦还是由他自己训练。对此，小智也很乐意，毕竟赤虹的超梦可以说是小智超梦和越梦的父亲了。而且小智并不打算让超梦和越梦在石英大会上登场。