9月中旬，按照以前的部署，卢家良部、李大武部、张大磊部、薛华、王军部、曹变蛟部以及李岩组织的1000人火炮队在通州与孙传庭、周遇吉部汇合。
出发前，周铉与所有千总及以上官兵开会。
会上，他要求所有的队员，在战场上不能率领队5逃跑，必须要遵照指令打仗。否则，战后会砍头。如果怕死，现在还可以退出来。
同时，周铉强调收复山东后，所有参战将士至少可得到5两银子以及10亩土地，具体情况，待战后半年，1定分配到位。
听到此消息，众将领皆心情喜悦。
接下来，周铉与孙传庭、曹变蛟、周遇吉及7位连长、6名副连长1起开会，确定如何打。
周铉认为，由2万骑兵以迅雷不及掩耳之势南下兖州，封堵流寇在山东的退路。10余万步兵加上1万余骑兵逐步向前推进，先拿下济南，然后看情况再确定下1步。
孙传庭和众将领皆认为没有问题。
当日，周铉决定，由卢家良、张大磊、李大武、薛华及2名副连长率领2万骑兵及2千运输马匹出发。
周铉要求骑兵不要分开，以1万骑为作战单位集中作战，不攻城，只能野战和追击。
10月上旬，周铉与孙传庭率领的步兵渡过了滨州段黄河，此处黄河段比较浅。
得到传令兵的消息，官军骑兵队与李自成部的骑兵在济南府外围展开了1场大战，双方都有损失，李自成退回济南城附近。
中旬，周铉与孙传庭率领队5接近济南城，但发现城池已经空荡荡，农民起义军全部撤走。
侦察兵得到的消息，济南的农民起义军已经撤退，在临清过了大运河。
周铉摸着脑袋，认为这次有点大意，没有仔细侦察。
但他更担心大顺军会不会北上，那样会染成大祸。
但孙传庭认为这种可能性较小，毕竟从济南到京城有约900里，大顺军如果去攻击京城很有可能被断了后路。
如果不是北上，那么肯定是南下，然后再渡过黄河。
周铉赶紧令李大武等率领6千骑兵去追，小心他们北上。
接下来，周铉派出了更多的侦察骑兵，4处查看情况。
2天后，卢家良、张大磊等传来消息，5万以上的大顺军在济宁段渡过了大运河，还毁坏了船只。
周铉这才明白，然来大顺军兵分两路退兵，但主力在济宁段过了大运河。
10天后，李大武派人回来报告，只有5000余人过了临清，有1千人被消灭、4000余人被俘虏。
目前，4000余俘虏正在回济南城的路上。
紧接着，派往胶东半岛的官兵骑兵也回来了，他们沿着青州府、莱州府、登州府转了1圈，这些城池都只有少量的大顺军维持秩序，但被他们11击毙。
10月下旬，整个山东境内被仔细检查了1番，所有的大顺军要么被镇压、要么被俘虏。
与孙传庭和众位连长商议后，为防止大顺军渡过黄河或大运河北上，在大名府部署3万步兵守城、在济宁部署3万步兵守城、约4万步兵部署在济南城附近。
登州、莱州、东昌、青州每个城池部署300人，县府、州府则部署100官兵，以维持地方治安。
周铉发出“首相令”，让朝廷派出县官到山东维持地方秩序，进行救治、生产和施粥工作。
最后1步，周铉要求张大磊、卢家良等人率领2万5千骑兵和3千运输马匹进入南直隶，包括徐州、淮安、扬州4处扫荡1番。如果遇到几万步兵，则不需要直接战斗，避免伤亡过大。
如果是大顺军，则斩杀主要头目和1些老兵，其余流寇押送回山东；
如果是方国安部、左良玉部，让他们带兵回济南，如果不听指令，先进行警告；如果仍旧不听，杀其头目，包括总兵、副将、偏将、千总都可以杀，押送其他官兵回山东。
周铉警告张大磊、卢家良等人，方国安部、左良玉部已经不是真正意义上的朝廷官兵，不要跟他们亲近，更要小心中计
周铉给出了手令，以给方国安部、左良玉部看自己的诏令。
1边的孙传庭，此时才知道周铉的狠气和霸气。
回京之前，周铉与孙传庭、周遇吉、曹变蛟及所有连长谈了1些自己的看法，并让孙传庭对大顺军、方国安部、左良玉部进行改编。
8成到达济南城的官兵被改造成农民，在山东境内种田种地。
其余2成兵送往北方蓟镇，让他们在当地守长城关口。
周遇吉等持手令，率领3万步兵，前往大名府。
曹变蛟等持手令，率领3万步兵，前往兖州府，驻扎在济宁附近。
孙传庭等守济南城，约4万步兵，5000骑兵。
周铉再3要求适当救助当地百姓、帮忙恢复生产，加强侦察和练兵，特别是孙传庭部。