首都撒马尔罕和旧都玉龙杰赤被攻陷了，苏丹阿拉丁死了，太后秃儿罕被俘，国家到了这份儿上按说也就GG了，可花剌子模毕竟是中亚大国，百足之虫死而不僵，就在铁木真准备率大军返回蒙古高原时又接到前方军情：阿拉丁长子扎兰丁在亲信拥戴下继承花剌子模苏丹之位，再次举起抗蒙大旗，活动在哥疾宁一带。
阿拉丁一共有三个儿子，长子扎兰丁、次子屋肯哀和幼子斡思剌黑。扎兰丁是三人中最有作为的一位王子，原本应该被立为储君，可秃儿罕太后不喜欢扎兰丁，一直想立幼子斡思剌黑做储君，阿拉丁拗不过太后只得将斡思剌黑立为储君。
蒙古西征之后，花剌子模的政治结构被打破，什么帝党后党全部完蛋，扎兰丁跟随父亲西逃后，阿拉丁逃进里海后再三权衡，三个儿子中只有扎兰丁能力最强，于是临死前派使者回到岸上宣布传位给扎兰丁。
受命于危难之际，奉命于危难之间。扎兰丁这苏丹之位可谓烫手山芋，但生在皇家由不得他推脱。原本扎兰丁打算回玉龙杰赤重整旗鼓，可玉龙杰赤是秃儿罕太后的老窝，城里的康里将领根本不买他的账，无奈之下他只得蛰伏在哥疾宁。
哲别大军在搜山检海抓阿拉丁无果之后继续向西进入波斯（今伊拉克）境内扫荡，后来又北上高加索地带劫掠，而蒙古人主力又忙于围攻玉龙杰赤，于是扎兰丁有了喘息之机，在哥疾宁附近重新打出花剌子模的旗号收拢残兵招兵买马，附近军民纷纷前来投奔，短短半年时间集结起十万大军。
花剌子模想要死灰复燃，铁木真当然不能容忍，于是又派了大军前往哥疾宁征讨。扎兰丁深知自己虽然手下有大军，却远不是蒙古人的对手，于是率军向东横穿大漠，来到花剌子模南部躲避蒙军兵锋。
扎兰丁在前面跑，蒙军紧跟着也改到往南追，追到路上一座军事据点范延堡时，蒙军将领木秃干在攻城时战死。
木秃干身份比较特殊，他是察合台的儿子，铁木真的孙子，自幼在军中长大，很早就开始随军作战，有勇有谋，在铁木真一众孙子里非常受铁木真喜欢，木秃干的死对铁木真打击很大，相传铁木真命人把木秃干尸体带到帐中，一个人与孙子待了一整天才安排人给木秃干下葬。
悲愤的铁木真下令全力攻下了范延堡，将其屠城，接着又派大将失吉忽秃忽率兵三万继续追击，誓要干掉扎兰丁为孙子报仇。
根据多方打探，失吉忽秃忽率军追击扎兰丁到了范延堡北部、兴都库什山南麓的巴鲁安，巴鲁安是个小城，扎兰丁没有率军据城坚守，而是在城外列阵迎敌，两军就在巴鲁安城外的开阔地上展开了厮杀。
蒙古人打仗有种经典的拉瓦战法，就是在先头部队设置一些松散骑兵，后面是密集骑兵，松散骑兵一接战就开始放箭。利用密集的箭阵打乱对方阵型，敌人如果阵型稳定，松散骑兵就马上向两侧四散开来，从侧翼继续射箭，而中间密集骑兵也只是射箭却不冲锋，等敌人熬不住开始自乱阵脚的时候在从中路冲击敌军，往往一战而胜之。
拉瓦战法能屡战屡胜，骑射是一大法宝，为了最大发挥骑射的威力，蒙古人在马背上玩儿出了花：
凡蒙古男子都备一长一短至少两张弓，三只箭袋，从小就开始练习骑射。蒙古人用的箭矢其箭身都为木制，箭头有两种一种金属重箭头另一种兽骨制轻箭头，下马步战时和在马背上不动时用长弓轻箭头，高速奔袭冲击或撤军时用短弓重箭头。
所以蒙古人打仗基本上就是离得远远的就开始射箭，把敌人射的抬不起头，接着两军对冲，还没冲到跟前蒙古人还在放箭，而且虽然冲锋时为了方便用了短弓威力不如长弓，但重箭头杀伤力强又弥补了短弓的不足，照样能重创敌人。
以上的打法还只是进攻，万一蒙军作战不力要撤走，人家还有绝活儿，撤军的时候还能回头接着放箭，敌人要是追击搞不好被蒙军回马箭给射死。
凭借着这套出色的花式射箭法加上骑兵优秀的机动性和强大的冲击力，蒙古人所到之处野战必胜，敌人只有凭坚城据守才能勉强抵挡得住，最后等蒙古人自己撤军。
回到巴鲁安城外，花剌子模军虽然人数占优，但长期与蒙军作战之下早就产生了严重的心理阴影，面对三万汹涌奔袭而来的敌人，花剌子模军人心浮动，队伍开始躁动不安起来。
关键时刻扎兰丁大声疾呼，一阵悲愤演说之后稳住了军心，接着扎兰丁下令全军固守原地，蒙古人打来了就在原地放箭与之对射。
骑射是蒙古人绝活儿，正常情况下谁都不敢跟蒙军玩儿对射，可扎兰丁这一次对射却不是托大，而是充分考虑了巴鲁安当地地形之后的决定。巴鲁安位于兴都库什山脚下仍有大山余脉，虽然城外地势开阔，但只是纵向开阔，横向依然很狭窄，类似于一条跑道。
既然是跑道，那蒙军就缺乏迂回的空间，只能在有效的作战面与花剌子模军厮杀，以往蒙军正面侧面穿插打击，把敌人阵型打乱后分割歼灭，可这次根本没有拉开作战面的机会，三万蒙军与十万花剌子模军只能在有限的作战面上厮杀。
形不成有效的局部优势打击，三万人对上十万人那就跟三个人打十个人没什么区别，双方第一天战罢都损失惨重，但花剌子模军兵力占优，蒙军第一次在与花剌子模野战中受挫。
硬拼不行，失吉忽秃忽决定智取，蒙古骑兵每人都有两到三匹战马，失吉忽秃忽命人连夜赶制了大量稻草人绑在备用战马上，第二天一早再次倾巢而出直奔花剌子模大营而去。
当年高梁河之战契丹名将耶律休哥让士兵两手各持一支火把作为疑兵行军，那是因为是夜间行军敌人发现不了，失吉忽秃忽这大白天的搞了一堆稻草人冲锋，一开始花剌子模军还以为蒙古人援军来了颇为惊慌，后来定睛一看居然是稻草人简直哭笑不得，于是纷纷上前迎战，两军再次厮杀在一起。
头一天能跟蒙军打的有来有回，花剌子模已经打出了士气，第二天识破了失吉忽秃忽稻草人妙计之后花剌子模更是士气高涨，扎兰丁更是在军中来回奔走高呼蒙军已呈败相，鼓励大家奋勇杀敌。在扎兰丁优势兵力压力下，蒙军终于支持不住全线崩溃，失吉忽秃忽仅率残兵突围，蒙古人头一次在花剌子模打了败仗。
属下战败，铁木真没有过分苛责，而是亲率大军前往巴鲁安，到地方一看地形不由得感叹，蒙古骑兵作战需要四周开阔地，狭长平坦的地方根本不适合蒙军作战。但事已至此，自己也已经来了，便决定毕其功于一役消灭扎兰丁，也彻底解决花剌子模最后一支抵抗力量。
铁木真想跟扎兰丁打，扎兰丁却不想跟铁木真打，得知铁木真亲率大军前来，也不管什么地形优势不优势了，扎兰丁立即率军调头往南逃跑，一口气跑到了印度河边。
到了印度河，扎兰丁没办法再跑了，南边是邻国德里克苏丹国，越过印度河，意味着花剌子模全境沦陷，扎兰丁毕竟是堂堂花剌子模苏丹，皇家的尊严不允许他再后退放弃自己的祖国。
金兴定五年十一月，走投无路的扎兰丁在印度河北岸列阵迎敌，等来了铁木真的蒙军主力。
脚下是最后一方国土，花剌子模军此战异常悲壮，扎兰丁战前做了一番慷慨激昂的演讲，并将全军成品字形布置在河滩上，互为犄角，蓄势待发。
古往今来，古今台外，背水一战的战例很多，然而能置之死地而后生的仅有韩信一个人，扎兰丁显然跟兵仙韩信还有很大差距，加上南逃期间部众分裂损失了不少兵力，战斗打响之后立即陷入被动。铁木真为了生擒扎兰丁，下令蒙军全军不得放箭，就靠骑兵高速冲锋短兵相接与花剌子模军厮杀，然而即便如此，铁木真亲自指挥的蒙军如同打了鸡血一般战斗力惊人，不仅正面侧面来回冲杀，甚至有不少蒙军渡河绕道花剌子模军后方杀出，没过多久花剌子模军便军阵大乱，只剩下哀嚎声和求饶声。
此战过后，这支花剌子模军基本全军覆没，扎兰丁带了少量残兵南逃到了邻国德里克苏丹国开始流亡，铁木真见花剌子模抵抗力量已被全歼，心生倦意，不愿再深入印度河南方再继续征战，于是就此班师回朝，蒙军此番西征暂告一段落。
逃到邻国的扎兰丁并未轻易放弃，此后十年里，他趁蒙军班师期间再次率军回到国内，在原花剌子模西部边陲辗转作战试图复国，但花剌子模气数已尽，扎兰丁在阿塞拜疆亚美尼亚一带转战多年始终不成气候，最终死于乱军，花剌子模复国之梦终成泡影。