皖南的战略位置相当重要，东进可以威胁南京，获得江苏、浙江的饷源、粮草；北上可以威胁安庆，截断长江航运，西进则可以进入江西，取鄱阳湖平原为粮饷基地。
（历史上，湘军与太平军为了争夺皖南，在此爆发了相当惨烈的战争。当时的太平军视苏、浙为粮饷根本，派嫡系精锐驻守苏、浙。
（位于苏、浙上游的皖南，反而不受太平军的重视。皖南驻军多为杂牌太平军，1无援兵，2无粮饷，3不受天国待见。在湘军猛攻下，皖南太平军或投降，或溃败，加速了天国的覆亡。）
皖南虽然战略位置紧要，却多山少田，粮产匮乏，并不是理想的根据地。自从天京事变后，太平天国燕王秦日纲无处可去，只好带兵来到皖南。
天京事变后，太平天国诸王凋0，仅剩?王胡以晄、燕王秦日纲2人。胡以晄很快就投降了帝国，秦日纲则又硬又倔，坚持带兵到了皖南，试图在此重整旗鼓，恢复天国。
散布在各地的太平军，大部分归降了革命军，少部分来到皖南投奔秦日纲。
秦日纲并不擅长打仗，却被封为燕王。他之所以被洪秀全重用，主要是忠诚。秦日纲出身很苦，兄弟5人都是矿工。他沉默寡言，惟命是从，执行命令不打折扣。
这样1个人，适合做1名冲锋陷阵的猛将，却并不适合独当1面。秦日纲率领残余太平军来到皖南，攻占了徽州府城，整编了1支号称十万的军队。
这支军队中，能打的只有1万多人，骨干多为广西老兄弟。其他89万人多是临时收编的流民，毫无战斗力可言，反而大量消耗粮食，成为太平军的累赘。
此时的皖南，虽然不像皖北那样局势复杂，却也同样动荡不安。清军、团练、太平军，各自占有地盘，犬牙交错，互相攻伐不断，百姓深受其害。
特别是，皖南耕地紧缺，粮食无法自给自足，常常要靠外界调运粮食。金柱关外的大官圩，是皖南地区有名的米粮仓库。
革命军西征以后，迅速占领了大官圩，皖南太平军缺粮问题更加突出。秦日纲绞尽脑汁，也想不出筹粮的办法。
手下幕僚向他献计，建议他放弃皖南，进入江西觅粮。如今，步5师正在江西与湘军鏖战。太平军进入江西，可以坐山观虎斗，到鄱阳湖沿岸粮产田筹粮。
秦日纲的十万乌合之众，绝大多数都是安徽流民。1听说要离开皖南，他们就炸开了锅，坚决不肯前往江西。秦日纲生怕激起哗变，进退两难。
就在他犹豫不决的时候，1支革命军骑兵已经深入皖南，开到了太平军大本营-徽州府城。
这支骑兵属于步兵第4师骑兵团。此次西征，步兵第4师隶属于第1军，沿长江南岸西进。与步1师1样，步4师的战争节奏并不快，按计划先荡平皖南，再进军江西。
步4师渊源于广西贵县的客家人武装。当年，金田起义爆发前，贵县爆发大规模的来土械斗，来人战败，无路可去。
1部分贵县客家人，在秦日纲的率领下，投奔了太平军，成为日后的太平军燕殿部队。
另1部分贵县客家人，则在石达开的率领下，投奔了革命军，当时还称为黑旗军。这部分客家人人数众多，作风剽悍，1度占到黑旗军6军总人数的3分之1。
为争取石达开，也为了留住这部分良好的兵源，杨烜特意准许石达开单独成军。这就是步4师的来源。
如今，石达开已经由军转政，成为福建省委主任。杨烜的心腹爱将李秀成，则接任步4师师长。
步4师后来居上，战斗力超过步3师。步3师在两广蛰伏多年，北上湖南后表现神勇，令全军刮目相看。步4师同样不遑多让，进入皖南后所向无敌，不论太平军、清军还是团练，统统败下阵来。
不出半个月，太平军败局已定，秦日纲直到这时仍未反应过来，企图死守徽州。徽州是座古城，城高墙厚，防御设施完善，秦日纲自以为可以固守1段时间。
李秀成擅长打巧战，战前都要做足谋划。他不按套路出牌，派人提前潜入徽州城内，诱降太平军将领。步4师与燕殿太平军都渊源于广西贵县来土械斗，骨干里有很多广西贵县人。
诱降之计很快奏效。步4师攻城时，城内太平军内应打开城门，革命军攻入城内。
秦日纲猝不及防，指挥太平军与革命军巷战。他麾下亲军久经战阵，战斗力非1般清军可比。太平军依托地形优势，与革命军逐街逐屋地战斗。
尤其是，秦日纲豢养了1批童子军，取名为忠勇小队，队员多为十6岁以下的少年，太平军术语为“牌尾”。这些牌尾从小受到拜上帝教蛊惑，相信自己有天父保佑，相信死后可以升入天堂，作战非常英勇，毫不惧死。
战至下午，秦日纲自知不敌，下令忠勇小队死守徽州，自己率队逃跑。
李秀成来到徽州前线，听说忠勇小队宁死不降，颇感骇异。他登上城楼，亲眼见到童子军冥顽不灵的样子，大惊失色，说道：
“秦日纲驱使童子兵卖命，让小孩做炮灰，实在是罪不可赦！”
眼见童子军弹尽援绝，李秀成下令劝降童子军。可这些太平军童子兵，久受拜上帝会蛊惑，并不相信革命军的话。他们从北门撤出，携手跳入护城河，却并不游动，而是打算溺亡于河中。
尽管死到临头，他们还念念有词，把拜上帝会的祷告词背得滚瓜烂熟：“敬拜天父，仰仗天威，交战胜利，恢复江山……”
李秀成见状，心如刀绞。青少年是国家的未来，太平军却拿他们当炮灰。若每个青少年都像太平军童子军那样被洗脑，中国还有希望吗？国家还能富强吗？
他下令赦免童子兵，给他们吃饭，令军医为他们疗伤。
革命军的善举大大出乎童子兵的意料。在拜上帝教的灌输下，革命军被描绘成不敬上帝、残暴成性的异教徒。可实际上，革命军文明有礼，以德报怨，让他们心智尚不成熟的童子兵深受感化。
他们自觉放弃了抵抗，亦不再寻死，反而眼含热泪，为守城时的凶残行径所懊悔。
李秀成留下少量人马占领徽州，教化太平军童子兵，随即率领骑兵追击秦日纲。太平军人马多，家眷也多，行军速度不快。在徽州府祁门县，步4师骑兵追上了太平军。
革命军1向优待俘虏，这次又号召“只诛首恶，不问胁从”，有效瓦解了太平军的抵抗意志。
祁门1战，太平军1触即溃，秦日纲带着少量亲兵战死，其他太平军或投降，或逃散为民。
至此，太平军彻底败亡，太平天国运动彻底结束。