朱由崧冠礼后第三天，万历皇帝在北京进入病危状态，就这样昏迷清醒，清醒昏迷，浑浑噩噩到了七月十四日，这一天，万历皇帝在清醒的时候，突然问当日值守在他身边的邓先道：“辽东熊廷弼怎么了？”
邓先虽然有些吃惊，但还是奏报道：“熊廷弼称自己病重，请求辞职还乡。”
万历声音轻微的说道：“告诉他，别闹腾了，就地调养，以安辽东军民之心副朝廷倚重之意，不准他辞职！”
邓先立刻在奏疏上批了红，随即让人发往内阁，此时就听万历继续问道：“皇后的谥号礼部拟好了吗？”
邓先一愣，急忙奏报：“礼部所拟孝端皇后谥号，皇爷不是一早就批了吗？而且五日前就已经颁布天下了。”
万历脸上浮起了一丝苦笑：“朕糊涂了，看来时间不多了。”
邓先还想多少些什么，万历再一次昏睡过去，邓先看着万历那副样子，摇了摇头，走到了殿外，对自己的心腹说道：“去通报小爷，皇爷的日子也就旬日之间了，”
哪怕是只有几天生命了，万历在清醒时仍要处理国政，这不，十五日那天，兵部上奏了辽东巡抚周永春的招募新兵一万一千人的计划，万历清醒后听了汇报，口授批示，同意周永春的计划，让兵部监督实施。
七月十六日，礼部奏请今年祭奠成祖文皇帝的祭礼由谁主持，万历口谕，由太子朱常洛祭奉先殿，由武靖伯赵祖芳祭长陵。
七月十八日，万历在清醒后，敦促兵部和户部速发白银三十万两解辽东前线。
不过，到了七月十九日，万历皇帝的情况陡然恶化，接下来一连昏迷三天，到七月二十一日才清醒过来。
清醒过来后，万历皇帝首先听取了云南巡抚关于水西与播州情况的报告，命令由兵部处理贵州方面事务，然后，喝了一盅吊命的参茶后，自知大限已到的万历皇帝命令道：“让太子、英国公、方先生、六部尚书都过来吧！”
这些大臣其实已经早就做好了万历随时去世的准备，得到通知后迅速来到乾清宫，看着面前泪流满面的臣子们，万历不知道他们当中有多少人是真心实意的，不过他已经管不了了。
“太子，记得在朕死后册封贵妃为皇后。”
朱常洛跪在地上痛哭流涕，连连叩首：“儿臣，儿臣遵旨！”
“瑞王、惠王、桂王，也早点安排他们就藩吧！”万历想了想补充道。“对了，还有朱由崧，好像之前封了他一个郡王，到时候就由太子晋封他为福王世子吧，好了，别哭了，朕虽然要死了，但大明江山还要存续下去，这副担子就留给太子了。”
万历的声音到此黯淡下去，众人等了一会，抬头看去，只见万历的头已经倾斜到了一边。
几个太医急忙上前测量鼻息和脉搏，稍后他们得出结论，并有太医院使宣布道：“陛下，龙驭宾天了！”
哭声顿时响彻了起来，随即传遍了后宫，没一会景阳钟也敲响了，至此京师中的所有人都知道，在位四十八年的万历皇帝过世了，一个持续了几乎半个世纪的时代结束了······
匆匆从后庭赶来的郑贵妃几乎在万历灵前哭的晕厥过去，但重臣却没有一个安慰郑贵妃的，反而催促着将大行皇帝收敛后装入棺椁，移放至奉先殿。
随即太子和群臣们各自去换上丧服，内阁还要去拟写遗诏，随后要在奉先殿诵读，自此，谁都好像遗忘了郑贵妃一样，这样就第一次“移宫案”留下了某种隐患。
但这也是没有办法的事情，万历在临死前还在强调册封郑贵妃为皇后，这其实对朱常洛和群臣来说是极其头疼的事情。
要知道，一旦郑贵妃真成了皇后，并因此成了皇太后，非但福王一脉成了万历的嫡子，让朱常洛这个庶长子出身的太子新皇地位不稳，还让郑贵妃拥有了与万历皇帝母亲慈圣皇太后一样垂帘的权力，这也是群臣们所不能接受的。
按下这份遗诏最终能否落实不说，小半天后，在京的文武百官接到命令，明天一早在奉先殿祭拜大行皇帝，并聆听大行皇帝遗诏。
这份实际由方从哲操刀的遗诏是怎么写的呢？
一个说了万历皇帝在位四十八年是大明至今最长的，由此感叹了两句，并说皇太子聪慧是个好的接班人，万历看好他能带领大明从胜利走向胜利；随后又交代了要尽快安排瑞王、惠王和桂王的就藩；接下来是重头戏，宣布罢废了各地“害民”的矿监税监以及减少江宁、苏州以及景德镇的织造和烧造等等；最后是对万历的国丧做了安排，二十七日释服，不禁民间婚丧嫁娶······qqxsnew
路数跟徐阶当年为世宗皇帝写遗诏一样，塞了不少的私货在里面，但眼下一众大佬们也不会在乎遗诏的内容能让方从哲个人获得多大的声誉，对于他们来说，现在最重要的是，尽快劝说朱常洛登上至尊的宝座，如此他们多少可能分润一些拥立之功。
或许是朱常洛看穿了群臣的意图，所以他并不愿意在万历灵前就匆匆即位，于是为了更多的正统性，朱常洛表演了一场三辞三让的保留节目----某种意义上，也是被万历册封郑贵妃的遗诏给逼的，不这么做，其得国就有些不正，无法压倒可能成为万历嫡子的福王。
可问题是，国不能一日无主，这三辞三让是需要时间的，当中岂不是出现了某种令人不安的空窗期了吗？万一出现野心家怎么办？
所以，方从哲跟英国公张惟贤、吏部尚书周嘉谟、户部尚书李汝华、兵部尚书董嘉善、署刑部尚书总督仓场尚书张问达、署工部事协理戎政尚书黄克缵、礼部右侍郎孙如游等略一商议，便恭请朱常洛以太子身份监国，主持国政。
朱常洛欣然应诺，如此，历史便正式进入了朱常洛的时代······