但是户部对此是极为担忧的，因为折色转运对于户部来说是比较方便的，一旦开了此例，到时候九边各镇都援引此例来要求增加本色的话，户部怎么应对，又从折色切换到本色？这可不是小事，牵涉到朝廷的赋役制度、仓储等一系列的事情，绝对不是小事。
所以户部的想法是维持原本的折色转运，这点也得到了地方官府的支持，地方官府当然是从自己的利益来考虑的，一旦真的恢复本色转运的话，到时候九边各镇都要求恢复本色，对于地方官府来说是极为痛苦的，这无疑会极大的增加地方官府的负担。
这点自然是他们所不愿意看到的，所以双方之间不断的弹劾，奏疏往来，极为激烈，而作为大明皇帝的朱翊钧，则是一如既往的祭出了不报大法，对于这些奏疏，朱翊钧虽然都看过了，但是并没有予以处理，直接留中，同时给内阁下旨，要先将之前要求从京通仓转运的军粮优先发运，其他的容后在意。
朱常洛自然也是在密切的关注此事，和讲官们的讨论也多次涉及到了辽东事务，讲官们也分为两派意见，以孙承宗、成基命等人为代表的讲官们主场还是实施京运年例银，不能再回到本色转运上来了，如果辽东确实是出现军粮不足的情况，可以通过召商运输或者是开中的方式加以补充。
朱常洛自然也是知道他们这么主张的原因，孙承宗是北直隶高阳人，成基命是北直隶大名人，一旦实施本色解运，那北直作为紧邻辽东的省份，必然会被波及，到时候会征发大量的百姓去为朝廷运输粮秣，这对于他们的桑梓故里来说是极为不利的。
所以他们为了自己的乡谊，也不能支持这种情况的发生。
而以李腾芳为代表的南方出身的讲官们，则是支持改折色为本色，因为现在辽东镇的状况就是缺乏物资而不是缺乏银两，这点不是京运年例银所等够解决的问题，辽东本就和其他边镇有很大的不同。
除辽东镇以外的其他边镇与北方诸省直在地理位置、政治、经济各方面的联系都非常紧密。有些边镇卫所甚至在地理分布上即与内地州县夹杂在一起。如蓟镇驻地在北直隶永平府，大同镇、山西镇驻地分别在山西布政使司大同府与太原府，固原镇驻地在陕西布政使司平凉府。
他们和内地的联系十分之紧密，所以对于朝廷来说，通过解运京运年例银来替代本色确实是可行的，因为对于这些边镇来说，他们有银子的话，还是可以从附近的州县获得一定的粮食，只要不发生大规模波及数省的饥荒，官军的口粮还是有一定的保障的。
但是对于辽东镇来说，他和内地的联系本就不深，转运物资高达千里，对于寻常的商贾来说，没有数倍的利润是很难使得这些商人向辽东转运粮食的，而很多时候辽东都需要依靠自己本地的出产供应军粮，这使得辽东军食供给体系十分脆弱，军食供给非常紧张。一旦灾荒或战乱造成本地粮食产量下降，辽东粮食缺口剧增，朝廷又无法及时解运粮食的话，这种负面效应就会被无限放大。其直接后果就是辽东粮价大幅上涨，士卒生计艰难。
李腾芳整理了从嘉靖到本朝的九边各镇粮食价格，其中辽东镇的波动确实是最大的，辽东粮价最高年份与最低年份的比值竟达40倍，而宣大、蓟镇等都只有十余倍，甘肃、延绥等镇，已经是大明最苦的军镇了，这里农耕的条件极差，同时灾荒频发，而甘肃镇只有二十五倍，延绥镇也不过三十倍，可见辽东的粮价波动之大。
这就对于辽东的士卒们是极为不利的，本来辽东的军饷就要低于其他各镇，而在这种情况下，粮食价格的飞涨使得士卒们实际获得的军饷更加少，军心士气，何以维系？
而且辽东除了粮食之外，还有一样极为重要的物资，就是布花，布匹和棉花，因为辽东苦寒，士卒没有冬衣的话，是无法过冬，之前朝廷是采取本色征收、解运的方式，将这些本色布花作为月粮的折给直接分发军士，通常作为辽东军储不足，本色月粮无法足额发放时的应急措施。
按照当时的规定，仅山东布政使司一年就要向辽东解运本色棉布二十二万五千匹，作为辽东士卒们的军衣、冬装之用，同时多余的布匹也是发放给士卒作为折色的一部分，士卒拿着这些布花可以换取自己所需要的各种物资，布花在辽东绝对是硬通货，需求量是很大的，所以本色支给布花士卒们也是愿意的。
但是现在这些本色布花也被朝廷给折色支给了，朝廷所给的折色银两，根本不足以去购买士卒所需要的布匹、棉花，对于士卒来说就是一种变相的降低待遇。
所以李腾芳等人认为，辽事关键在于军心士气不振，而军心士气之所以不振，那是因为士卒难以维生，在这种情况之下，又怎么能够指望辽东镇的官军拼死作战，征讨建州呢？所以增发京运年例银不是解决问题的办法，而且银子太容易被贪污了，朝廷所发给了京运年例银，有几分能够真的到士卒们手中？
各级官员、将校层层盘剥，不管是漂没还是扣发，最终能够到这些士卒们手上又有几何？
所以李腾芳对朱常洛和其他讲官们说道：“朝廷与其向辽东发无用之银，不如解有用之物，使士卒衣食足，方能为大明死战。”
对于李腾芳的这个看法，朱常洛也是很赞同的，朝廷所解运的数十万饷银，能够在辽东起到多大的效果，朱常洛是打很大的问号的。
但是孙承宗坚决反对，他说道：“殿下，李学士，辽东士卒固然苦寒，北直、山东百姓亦是大明之子民，何以厚此而薄彼也！”