但是就此认为朱常洛和东林党的关系很好，李腾芳认为也是不正确的。
毕竟朱翊钧对于东林党就极为厌恶，从国本之争开始，顾宪成等人就一直和朱翊钧过不去，顾宪成等人通过书院讲学、讽议朝政、批评矿税宦官等行为，形成强大的?舆论压力?，主张“公论即国是”，试图以士大夫共识限制君权?，这点是朱翊钧极为厌恶的，甚至任何一个皇帝都不可能喜欢这个说法。
虽然朱翊钧没有通过掀起大狱等方式来收拾东林党，但是对东林党核心人物进行?政治清洗?，如革职、贬谪?，始终将东林党压制在朝廷边缘，不让他们进入大明朝廷的核心决策层。
作为朱翊钧的儿子，朱常洛是否受其影响，这也是一个未知数。
而且从李腾芳自己来说，对于东林党的观感也是很复杂的，李腾芳和顾宪成等人关系不错，这点确实是不假，但是以此就认为李腾芳和东林党关系很好那就大错特错了，李腾芳毕竟在朝廷上混了二十多年，不是刚中进士的愣头青，对于东林党是个什么东西，李腾芳还是很有数的。
从李腾芳自己的立场来说，对于东林党也很难亲近，李腾芳是心学一脉的，而东林党对于心学是持批判态度的，这种学术之争远远比政见之争要要命的多。
在大明，政见之争尚可调和，而学术之争绝不可调和，这点李腾芳是很清楚的。
王阳明的心学和东林党的理学是理论死敌。东林党的理论对心学是持批评和反对态度，而且这个态度很恶毒，在东林派的眼里，心学是“妖言惑众”。因为王阳明的心学中强调的“心合一”和“知行合一”。这在东林党的眼里这叫“无道”，“不符圣人之道”。而王门弟子将王阳明奉为“圣人”，也被东林党们认为这是“伪圣”。
这种根本性的冲突就使得李腾芳对于东林党很难有好的态度，以顾宪成为例，他的学术观点是知本，就是正本清源，还儒家理学正统地位，摒弃王阳明虚夸学风。这正是为矫治从正德、嘉靖、隆庆、万历以来王学末流以无善无恶为性，以不学不虑为学的流弊而来的。
其他的东林大佬，如高攀龙批判心学末流，称其空疏浅薄，流于禅学，形成了不正的空谈之风。这些和心学都是格格不入的。
除此之外，东林党内部派系斗争也是极为严重的，看似东林党人数不少，但是内部的派系更是众多，其中最主流的就是温和派和激进派。
其中温和派以叶向高、杨涟为代表，主张与其他派系合作，通过调和党争推动改革。如叶向高在去位的时候就推荐了当时党派色彩并不是很浓的方从哲接替自己，但是这些人在东林之中的力量不是很大。
而激进派以赵南星为首，主张彻底清除其他派系，独掌朝政。赵南星通过“癸巳京察”等事件大规模排挤非东林党官员，并安插本党成员上位，加剧了与其他派系的矛盾。
除了这两派之外，还有以地域分的，如韩爌为首的山陕派，他们背后主要是山陕商帮，尤其是晋商集团，而以东南商人为首的江南派，在商业利益上和韩爌的山陕派有极大的冲突，所以东林党内部之间的倾轧一样是十分之严重的。
李腾芳在思索了之后，对朱常洛说道：“殿下，臣以为用其人而不用其党，方为上策。”
朱常洛听了之后自然是明白了李腾芳的意思，东林党内确实是有一些有才能的人，但是整个东林党确实是乐色很多，所以李腾芳对于整个东林党是持负面看法的，这点倒是和朱常洛的看法一致，东林党内确实不乏有才能且德行高超的人，但是整个东林党绝不是什么好东西。
朱常洛对李腾芳也说道：“李师傅所言，甚合孤之意！现今朝廷无力，而彼辈公然以讲学胁迫朝廷，非人臣之道也！”
朱常洛的这话已经是非常之重的，李腾芳也敏锐的察觉到了朱常洛此话中对于东林党人的不满，其中不少朝廷的重臣对于东林党都是极为反感的，因为东林党一向是以野制朝的，就是利用他们在野的力量，主要就是士林清议，来对抗朝廷的行政权力，尤其是内阁和首辅的行政权力。
因为东林党长期不能执掌朝政，他们的主要力量在野，即便是在朝廷中的东林党人，也很少有大员重臣，但是他们在科道和六部司官中的力量还是不容小觑的。
东林党长期的策略就是用士林清议和科道等中下级官员对内阁和部院重臣形成强大的制衡，迫使他们按照东林党人的意图来行政。
为此顾宪成就公开说过：“我太祖罢中书省而设六部，惟恐其权之不散。严分宜以来，内阁合六部而揽之，惟恐其权之不聚。散则互矜，一人不得行其私，国家之利，权臣之甚不利也。聚则独制，各人不得守其职，权臣之利，国家之甚不利也。理乱安危之大机，于是乎在。如之何背圣祖而从分宜乎？”
他们的观点是很明确的，就是事权归六部，公论听科道，那实际上就架空了内阁和皇帝的决策权，但是很不幸的是，大明的政治真的再向他们所预期的那样实现了。
从嘉靖到万历初年的首辅，个个都是猛人，善类的没有，张璁、夏言、严嵩、徐阶、李春芳、高拱、张居正、张四维等人，他们个个都是搞政治斗争的好手，同时除了徐阶、李春芳两人稍微放纵科道之外，其他的诸位都及其善于搞斗争的。
可以说这一阶段的首辅，个个都是敢于斗，善于斗的人，而从张四维之后，申时行吸取张居正的教训，不敢过分的揽权，内阁权威开始下降，但是彼时的内阁还是很有权力的，毕竟朱翊钧还是很支持申时行王锡爵等人的。