“星晚号”的空间跳跃结束，宇宙能量核心星球的轮廓出现在舷窗外。往日里散发着金色光芒的星球，此刻被一层淡淡的黑色雾气笼罩，跨星系守护基地的“能量防护盾”闪烁着不稳定的红光，显然已被黑暗因子严重侵蚀。
“基地的核心控制室能量信号正在快速减弱，”苏晚紧盯着监测仪，“黑暗因子已经控制了大部分监测设备，他们在试图篡改‘宇宙能量核心’的运行参数！”
陆则言操控飞船突破混乱的防护盾，降落在基地的紧急停机坪。停机坪上，几名蓝星守护者正用“光明能量枪”抵抗黑暗因子的攻击，他们的防护服上布满黑色纹路，显然已被部分侵蚀。“快！核心控制室在地下三层，黑暗因子的首领在那里！”一名守护者朝着星晚等人喊道，话音刚落，就被一道黑色能量束击中，倒在地上。
星晚立刻将星核石贴在受伤守护者的防护服上，蓝光顺着纹路游走，快速净化了黑暗因子。“你们留在这里救治伤员，守住停机坪，”陆则言对苏晚和几名船员说，“我、星晚、阿雅、铁星去核心控制室，阻止他们篡改参数。”
四人沿着紧急通道冲向地下三层，通道内的应急灯忽明忽暗，墙壁上的数据线被扯断，火花四溅。途中，无数“黑暗因子凝聚体”从拐角冲出——这些凝聚体是黑暗因子汇聚而成的人形怪物，行动迅速，且能释放黑色能量弹。
阿雅将“能量树叶”抛向空中，树叶分裂成数十片小叶，释放出绿色光网，将大部分凝聚体困住。铁星启动“科技能量拳套”，银色能量包裹拳头，一拳击碎冲在最前面的凝聚体；星晚则用“联结能量”形成光刃，快速切割光网中的凝聚体，为众人开辟道路。
抵达核心控制室门口时，厚重的合金门已被黑暗能量熔出一个大洞，黑色雾气从洞口源源不断涌出。透过洞口，能看到控制室中央的“宇宙能量核心控制台”前，站着一个身披黑色斗篷的身影——他手中握着一根“黑暗能量杖”，杖尖的黑色宝石正释放出能量，篡改着控制台上的参数。
“住手！”星晚大喊着冲进去，星核石释放的蓝光直射黑色斗篷人。斗篷人侧身躲避，同时挥动能量杖，一道黑色能量墙挡住了蓝光。“没想到你们来得这么快，”斗篷人摘下兜帽，露出一张苍白的脸，他的眼睛是纯黑色的，显然已被黑暗种子完全控制，“但已经晚了，我已经修改了核心的‘能量输出频率’，30分钟后，核心会朝着黑暗种子的方向释放能量，到时候它会成长为真正的威胁。”
铁星立刻冲到控制台前，试图恢复原始参数，却发现控制台已被黑暗能量锁定。“参数被加密了，需要破解黑暗能量的密码，”铁星快速操作键盘，额头渗出冷汗，“至少需要20分钟，而且中途不能被干扰。”
黑色斗篷人冷笑一声，挥动能量杖，召唤出四尊“黑暗石像”——石像高达三米，手持石斧，身上布满黑色纹路，朝着四人袭来。陆则言立刻启动“能量护盾发生器”，挡住石像的攻击，对星晚和阿雅说：“我们拖住他们，给铁星争取时间！”
星晚与阿雅背靠背站立，星晚的“联结能量”形成光矛，阿雅的“能量树叶”释放出绿色能量箭，两人配合着攻击石像的关节处——石像的关节是能量连接点，也是最薄弱的地方。陆则言则绕到石像身后，用“星核石碎片”制成的匕首，刺向石像的能量核心。
黑暗斗篷人见石像被牵制，亲自挥动能量杖，朝着铁星袭来。星晚察觉后，立刻掷出光矛，逼退斗篷人。“你的对手是我！”星晚冲向斗篷人，星核石的蓝光与斗篷人的黑色能量激烈碰撞，控制室的地面被震出一道道裂缝。
斗篷人的实力远超预期，他似乎熟悉星晚的攻击方式，总能提前避开光矛的攻击，同时用能量杖释放出“黑暗藤蔓”，试图缠绕星晚。“你到底是谁？”星晚一边躲避藤蔓，一边大喊。斗篷人嘴角勾起一抹诡异的笑容：“我是黑暗种子的‘意识使者’，也是100年后，星轨重合时的‘黑暗先锋’。”
就在这时，铁星突然大喊：“破解成功！正在恢复原始参数！”控制台的屏幕上，红色的错误代码逐渐变成绿色的正常参数，核心的能量输出频率也开始恢复稳定。黑暗斗篷人见状，眼神变得凶狠：“既然破坏不了核心，那我就带走一样东西！”他突然朝着阿雅飞去，能量杖指向阿雅手中的“能量树叶”——树叶是感知黑暗能量的关键，也是未来净化黑暗种子的重要工具。
“阿雅小心！”星晚立刻冲过去，用身体挡住阿雅，能量杖的黑色能量击中星晚的后背，星晚瞬间感觉一股冰冷的能量涌入体内，眼前一阵发黑。阿雅扶住星晚，将能量树叶贴在她的后背，树叶的绿光快速驱散黑暗能量，却也因此暴露在斗篷人的攻击范围内。
斗篷人抓住机会，挥动能量杖，一道黑色能量束击中能量树叶，树叶瞬间被击飞，落在斗篷人手中。“有了这棵树叶，黑暗种子就能提前适应光明能量，100年后，你们再无胜算！”斗篷人狂笑着，化作一道黑色流光，冲出核心控制室，消失在宇宙中。
铁星立刻关闭基地的能量出口，却还是晚了一步。星晚靠在阿雅身上，看着空无一物的控制台，心里清楚：黑暗种子的反击，远比他们想象的更周密。而失去能量树叶，追踪和净化种子的计划，都将陷入困境。