孙祖寿因为违反上司命令，在1627年被免官归田。
天启年间，孙祖寿任蓟辽镇参将，当时武备松弛，人心涣散，刑罚不严，号令难以执行。
孙祖寿上任之后，革除陈规陋习，禁止请客送礼，谢绝说人情、走后门，他还悬下赏格，严明法度：自副将、参将以下，作战不胜，革职不用！
这些举措让孙承宗赞赏不已，这次孙承宗被重新启用，他便推荐孙祖寿做了见习副总兵（乾圣皇帝安排的见习生，虽然说你以前是个总兵，但是现在你一来就当个总兵还是有点不合适，整个见习就好多了不是？也不驳了孙承宗的面子。）驻守三屯营，新兴的大明真的很需要这样的将才啊。
乾圣皇帝也仔细看过了孙祖寿的履历和他之前对于军队的整顿，原来，谢绝说人情，走后门也是可以明令禁止拿到台面上来说的啊！自己有些保守了不是?他便把这些条款也加入到了纪检委和兵部的处罚条例之中。
孙祖寿道：“奉孙承宗都督之命，这次点卯就是为了发放这个月的月饷，还有就是整顿军务，把不合格的、年纪大的清退出去。现在取消了军户制度，完全采用招募制度，至于朝廷以前的欠饷，你们也不必担心，朝廷会补齐的。”
下面的士兵一阵骚动，被一旁的军官一阵喝骂后安静下来。
孙祖寿接着道：“四十岁以上的老兵这次就要被辞退了，你们可以种田。这田租交六分给朝廷，自己留四分，取消人头税，按亩起科，每个管队会按照一人十亩的标准重新划分田地给你种，这些田以后都不得买卖，你们只有使用权，新开垦的新田也是归属皇上所有，按照前面所说的都是一样的上税，只是说免税一年，也就是免税二次租，都听懂了没有？”
此话一出，那些原本绝望的老兵一下扑倒在地上高喊：“吾皇万岁万万岁！”
这些被裁员的老兵老无依靠，又是军籍，换做以前只能在原籍地屯田，问题是，现在土地兼并严重，哪里还有屯田给他们种呀，混在军队里面好歹还有口饭吃，要是被裁了那不等于是让他们自生自灭？
而现在的新政策横空出世，如此一来，他们可以分到田地养活自己，只要自己勤劳些，这么低的税收完全可以让他们过上好日子，不仅仅可以吃饱穿暖还可以攒钱过个几年讨媳妇。
孙祖寿道又道：“退役的士兵还可以领取到每人五两银子的退役费，以前朝廷所欠的军饷有两种方式发放。一种是名下登记的田地不上税五年，另外一种是发粮食，欠一年得三石粮食，欠二年得六石粮食，以此类推，现在按照实际人数进行发放军饷和登记，有什么问题可以提出来，孙某自会向孙大都督禀报。”
士兵们炸了！居然还有退役费！居然还会补发以前的欠饷?虽然补发的不多，但总比一脚把自己给踢出军营要好太多了！这就是等于自己有了安家乐业的基础啊！士兵们又是匍匐在地山呼万岁！
对于那些顶替、冒名、占卯的当然是被赶出军营，没他们什么事了！