相玥一行抵达京城时，正值初秋。皇城巍峨，市井繁华，街头巷尾流言四起。女子学医之事已在京城传开，有人称她是“玉手神医”，也有人暗地诋毁，说她蛊惑人心，败坏门风。
沈清漪和女弟子们初到京城，既兴奋又忐忑。相玥却一如既往地沉静，她带着众人在城南租下一处小院，挂起“清云医舍”的招牌。京城不同于小镇，权贵云集，医道更是高手如云。相玥知道，若想在此立足，光靠医术还不够，更需智慧与坚韧。
刚开诊不久，医舍门口便排起了长队。京城百姓多富贵，也有不少贫苦人家。相玥依旧不分贵贱，细心诊治。她为富家小姐调理体弱，也为贫妇救治顽疾。医舍渐渐有了名气，不少闺秀慕名前来，甚至有王府的侍女悄悄来求医。
但京城的阻力也比想象中更大。太医院中的守旧派早已盯上相玥，几次派人暗中观察，还散布流言，称她所用医术“有违正统”，甚至怀疑她与江湖邪医有染。一日，医舍门口突然出现一群太医，为首的是太医院院判之女林婉如，她面容冷艳，言辞犀利。
“相姑娘，听闻你以女子之身，竟敢与太医院争辉？”林婉如倨傲地问。
相玥淡然一笑：“医道无分男女，只为救人。”
林婉如不服，当众出难题，要求相玥诊治一名久治不愈的顽疾患者。相玥从容施针，用药精准，病患当夜便见好转。林婉如虽心有不甘，却也不得不承认她的医术。
风波未平，京城中又来了一位神秘的追求者——靖王府世子楚临风。他年少英俊，风流倜傥，是京城无数闺秀的梦中人。楚临风听闻“玉手神医”之名，特地微服到医舍求诊，其实是想一睹相玥风采。
楚临风故意装作病弱，前来求医。相玥细心诊脉，很快便识破他的伪装，却并不点破，只是淡淡道：“公子身体康健，无需用药，只需少熬夜、多运动。”
楚临风见她慧眼如炬，不禁心生敬佩与兴趣。此后，他常以各种借口来医舍，有时送来珍稀药材，有时只是与相玥闲谈。他言辞风趣，举止潇洒，很快便赢得不少女弟子的好感，也让沈清漪暗自警惕。
与此同时，京城突发瘟疫。王府、太医院、各医馆都忙碌起来。相玥带领女弟子主动请缨，前往疫区诊治。她日夜不休，用独创的“清云三针”和自制的防疫药方，救活无数病患。楚临风见她医术高明，仁心济世，更是倾心不已。
一次，相玥在疫区救治一名重病孩童，自己却因劳累过度感染疫病，高烧不退。楚临风连夜将她带回王府，请来太医院最顶级的医者救治。谢无染、柳扶风得知消息，也急忙赶到王府，三人竟在王府外狭路相逢。
谢无染温润如玉，柳扶风冷峻坚定，楚临风风流潇洒，三人各自表达对相玥的关心与深情。王府厅堂内，相玥昏迷不醒，三人却因她的安危首次放下成见，共同商议救治之法。
沈清漪带领女弟子在王府外守候，医舍内众人心急如焚。瘟疫未退，医者自危，京城的流言也愈演愈烈。有人称相玥为“灾星”，也有人称她是“天降神医”。
相玥昏迷三日，终于苏醒。她睁开眼，见楚临风、谢无染、柳扶风都在床边。她轻声道：“多谢各位相救。但我的心，依旧属于医道。”
楚临风承诺：“无论你作何选择，王府永远为你敞开。”谢无染温声道：“我愿与你共度余生，但更愿守护你的医道。”柳扶风则只默默点头：“医道有你，江湖有我。”
相玥病愈后，京城瘟疫也渐渐平息。她因抗疫有功，受到朝廷嘉奖。皇帝亲赐“仁心济世”匾额，允许清云医舍在京城正式开馆，并允女子参加太医院考核。
京城女子学医之风，终于在相玥的坚持下，冲破重重阻力，成为时代新潮。
而她的感情，依旧悬而未决。楚临风、谢无染、柳扶风三人，各自守在医舍外，等待她的选择。
相玥立于医舍门前，望着京城的晨曦，心中默默立誓——
“医道之路，虽远必行。仁心济世，不问归期。”