带着鸿蒙灵植归来的少年守护者小队，成为了宇宙灵植文明的新标杆。鸿蒙灵植的金色灵能与仙星同心草的双色光芒交融，在雨露星的同心殿旁培育出“鸿蒙同心树”，树干直插云霄，枝叶覆盖星系，所到之处，原始灵脉复苏，暗能量彻底销声匿迹。
这一日，鸿蒙同心树突然绽放出亿万朵金色小花，花瓣随风飘散，化作点点灵光，飞向宇宙各个角落。小菇感应到树中的灵息，惊喜地喊道：“是鸿蒙灵植在召唤！它感应到宇宙中还有三处未觉醒的原始灵脉，只要唤醒它们，整个宇宙的灵脉将形成完整循环，万族灵植将迎来真正的繁荣盛世！”
巫辰的图腾罗盘此刻指向三个截然不同的方向：“一处在‘极寒星系’的冰核深处，一处在‘烈焰星系’的火山腹地，还有一处在‘虚空星系’的星核裂隙中。这三处灵脉被特殊环境封印，唤醒难度极大。”
早已成长为联盟核心力量的小队成员们，毫不犹豫地再次启程。这一次，他们不再是懵懂的少年，而是能独当一面的守护者——小菇已能自如掌控守星菇与鸿蒙灵能的融合，巫辰的图腾术已能沟通宇宙本源灵脉，羽灵的羽翼能穿梭极寒烈焰，鳞烁的深海灵能可抵御虚空乱流，仙禾的净化仙露能消融一切侵蚀，星诺的机械技术已能搭建跨星系灵能枢纽，铁星的模块化设备能在极端环境快速建立基地。
联盟为他们配备了“鸿蒙号”超级飞船，船身由鸿蒙灵植的枝干与星陨铁淬炼而成，能抵御宇宙中最恶劣的环境。雨奈奈、陆战霆与木子安亲自送行，木子安将一包“鸿蒙共生种”交给小菇：“这是鸿蒙灵植与万族灵植的融合种子，唤醒原始灵脉后种下，能让灵脉永久稳固。”
飞船首先抵达极寒星系。这里的温度低至零下千度，空气中漂浮着冰晶，冰核深处的原始灵脉被厚厚的冰棺封印。小菇释放鸿蒙灵能，金色光芒融化了部分冰层，却又被极寒快速冻结。“用烈焰星系的火山岩能量！”鳞烁提议，他从飞船储物舱取出之前收集的火山岩，注入灵能后抛向冰棺，冰火交织产生的蒸汽暂时削弱了冰封之力。巫辰趁机绘制图腾阵，将鸿蒙灵能引入冰核，小菇则与冰下的原始灵脉沟通，引导它觉醒。当第一缕冰蓝色的灵能从冰棺中溢出，极寒星系的冰层开始大面积消融，露出了翠绿的灵植幼苗。
紧接着，小队前往烈焰星系。火山腹地岩浆翻滚，高温足以熔化金属，原始灵脉被岩浆包裹，难以靠近。羽灵展翅高飞，将鸿蒙灵植的金色灵能化作防护罩，笼罩住小队；仙禾洒出净化仙露，形成一层清凉的能量膜，隔绝高温；小菇与岩浆中的“火灵草”沟通，让它们牵引岩浆分流，露出了下方的灵脉核心。巫辰将鸿蒙共生种种下，种子在岩浆中快速生根发芽，长出带着金色纹路的“焰心同心草”，与原始灵脉相连，瞬间稳定了火山的狂暴能量。
最后一站是虚空星系。这里没有星球，只有漂浮的星尘与混乱的时空裂隙，原始灵脉藏在星核裂隙中，被虚空乱流环绕。星诺操控鸿蒙号启动空间稳定装置，铁星快速搭建起灵能枢纽，形成防护屏障；小菇释放守星菇的本源灵能，与虚空灵脉建立联系；巫辰则用图腾术构建“虚空聚灵阵”，将鸿蒙灵能与虚空灵脉融合。当虚空灵脉觉醒，一道紫色的灵能光柱直冲云霄，与极寒、烈焰星系的灵能光柱相连，三道光柱在空中交汇，化作一道覆盖整个宇宙的灵能网络。
此时，雨露星的鸿蒙同心树光芒万丈，亿万朵金色小花全部绽放，宇宙中的每一株灵植都在摇曳呼应。万族生灵感受到灵脉的复苏，纷纷走出家园，仰望天空中那道璀璨的灵能网络，虔诚祈祷。远古秘境的古灵木、迷雾灵域的灵源花、碎星灵域的星脉净化草，还有无数不知名的灵植，都释放出自身灵能，汇入网络之中。
小队返回雨露星时，看到了终生难忘的景象：五大星系的灵脉已完全连通，鸿蒙同心树的枝叶延伸至宇宙各处，金色与双色的光芒交织，形成了“万灵同心网”。万族灵植联盟的各族代表齐聚同心广场，远古部落的巫月、灵植长老灵灵、仙域的长辈、星际的领主，还有无数生灵，都在等待着他们的归来。
雨奈奈、陆战霆与木子安走上前，眼中满是骄傲与欣慰。陆战霆高声宣布：“今日，宇宙灵脉完整循环，万灵共生的时代正式到来！这一切，归功于新一代的守护者们，归功于每一个坚守爱与和平的生灵！”
小菇捧着鸿蒙灵植的种子，站在高台上，声音传遍整个宇宙：“灵植的传承，是守护，是共生，是永不停止的开拓。未来，我们将继续带着鸿蒙灵能，探索宇宙的每一个角落，让灵植的光芒照亮黑暗，让万族的友谊地久天长！”
鸿蒙同心树的花瓣纷纷飘落，落在每一个生灵的肩头，像是最温柔的祝福。少年守护者小队的成员们相视一笑，他们知道，这不是征程的终点，而是新的开始——宇宙无穷，灵植不息，他们的守护之路，将与这片充满生机的宇宙一同，永续向前，直至永恒。