虽然不知道为什么没能再次交换身体，但男主立花泷并没有闲着，他想直接去找女主，但是，因为交换身体时的记忆在醒来之后已经变得非常模湖，他根本记不住女主所在的那个地方的名字。
好在，他至少还记得之前附身女主的时候，跟妹妹和外婆看过的那一口大湖的景象。
他通过自己的记忆，又找了网络上的一些图片来做对比，最后成功画出糸守镇旁边的那一口大湖的景象。
画出来之后，他找了个日子，踏上了寻找女主三叶的旅程。
原本是打算一个人出发的，不过到了车站，已经有两个人在等着他了，一个是他的好友司，另一个则是之前的奥寺前辈。
司和奥寺前辈表示要和男主一起去，理由是听男主说要去找网友，怕被对方仙人跳。
三人上了车，一个地方一个地方地寻找，问了许多人，找了很久都没有任何线索。
最后，在男主快要放弃的时候，三人到拉面店吃拉面，男主将包里面的那幅画取出来，刚好老板娘看到，说是糸守镇。
原来，拉面店的老板刚好是糸守镇出身。
男主虽然不记得了，但听到老板和老板娘的话后，也想起来了，忙说道：“对，就是糸守镇，就是那里，是在这附近对吧？”
女主所在的那个小镇是找到了，只是，马上就来了个神展开。
那个小镇，早在三年前就被彗星砸中，整个小镇化为废墟，死了几百个人。
男主这才想起三年前看过的彗星，不过，他还是不相信，因为他的手机上面还残留有三叶留下的日记。
三叶，怎么可能会是三年前的人呢？
他连忙拿出手机查看，但很快，手机上面的日记一则一则地消失不见。
“消失了...”男主惊愕道。
晚上，三人在当地住下。
奥寺前辈找到三年前那场灾难的遇难者名册，勅使、早耶香、三叶、四叶，这些熟悉的名字全都在那上面。
在看到三叶的名字后，男主大受打击。
奥寺前辈则说道：“是这个人吗？你绝对是搞错了，因为这个人可是在三年前就已经死了。”
“就在两三周前，她还跟我说过可以看到彗星，所以我...”男主不相信地说着。
但很快，之前女主外婆的那句话在他的脑海中响起：“你现在...是在做梦吧？”
他看向镜中的自己，然后，彷佛突然惊醒过来：“我这是...在做什么？”
后面，奥寺前辈翻看杂志，上面有关于结绳的介绍。
“这是结绳吧？好漂亮。”
奥寺前辈感慨着，很快又看向男主的手腕，“泷，你手上那个也是结绳吗？”
“这个...好像是很久以前，别人送给我的。”男主也看着自己手腕上的结绳，“不知不觉就当作是护身符，有时会戴着，是谁给我的呢？”
想着想着，他又说道：“我以前听编织结绳的人说过，结绳体现了时间的流动、扭曲、缠绕、还原、连接，那就是时间...还有那个地方...”
说到这里，他才想起来，宫水神社神体的所在地，那里有三叶的“一半”。
他连忙翻看地图，在确认过宫水神社神体所在地没被破坏之后，他就在第二天早上，留下纸条说明，然后请求拉面店老板载他一程，前往宫水神社神体所在地。
拉面店老板很好心地送了他一程，直到车子无法通行的地方，在他下车之前，还给了他一份便当。
“你画的糸守镇，很漂亮。”拉面店老板抽着烟，十分感慨地说了一句。
天空阴沉沉的，下了车之后，男主沿着小路，朝宫水神社神体所在地出发，中途毫不意外地下起了雨。
男主找了个地方躲雨，简单的休憩，吃过便当之后，他便冒雨继续前进，直到成功来到宫水神社神体所在地，找到当初带来的三叶的口嚼酒。
“之前和我交换过身体的是三年前的她吗？时间是错开的？这是她的一半...”
他拿起口嚼酒的酒瓶子，打开，坐下，倒出一小个瓶盖的酒。
“产灵，如果时间真的能够倒流的话，再一次...”
说着，他将那一小瓶盖口嚼酒喝下去。
刚要站起来，脚忽然滑了一下，整个身体勐地往后倾倒。
与此同时，彗星的画面出现，口嚼酒似乎起了作用，顺着结绳，带他粗略地阅览了三叶的一生，包括三叶的出生、母亲生病逝世、父亲离家出走、交换身体……
还有三叶一边感慨着他和奥寺前辈的约会真好一边对着镜子绑着头发，莫名流眼泪的画面，早上上学的时候突然跟妹妹说要去一趟东京的画面，拜托外婆帮忙把头发剪短的画面，祭典的晚上，站在原野之上，彗星分裂出巨大的陨石砸下来的画面。
“三叶，你不能待在那里！”
“三叶，彗星坠落之前，你要赶快离开那个小镇！”
“三叶，快逃啊！”
“三叶...三叶...三叶！”
他大喊着，然后，时间突然倒流，回到彗星掉下来的那一天的早上，他总算再一次来到三叶的身体之中。
“啊！”
他从地铺上翻身而起，“这是三叶，还活着。”
还活着的三叶，让他十分感动，以至于边摸欧派边流泪，将过来叫他起床的妹妹吓得不轻，让妹妹不得不提早出门。
之后，他见到了外婆。
这一回，外婆一眼就看出他不是三叶，不过外婆没多惊讶，还说宫水家的人，都有过这样的情况，只不过那都是以前的事情了。
《基因大时代》
男主跟外婆说了会有彗星掉下来的事情。
外婆听完之后，很是澹定，只说这种事情说出去是不会有人相信的。
男主当然也知道这种事情很难让人相信，不过这一回他回来的任务十分明确，就是拯救糸守镇。
他来到学校，找到好友早耶香和勅使，直接说道：“不做点什么的话，今晚大家都会死！”
这话一出，班上的同学都惊了。
“所以说，我们要行动！”男主又说道。
随后，三人直接翘了课，计划并实施起糸守镇的拯救行动。