山海关外，炮声震天。全面换装无烟火药的清军主力，在聂宪藩和吴佩孚的指挥下，如同出鞘的利剑，向锦州至奉天一线的张作霖部队发起了排山倒海般的总攻。
“破虏一号”野战炮的射程和精度优势被发挥到极致，炮弹如同长了眼睛般精准地砸在敌军的炮兵阵地、指挥所和兵力集结点。装备了“启明一式”的步兵，则利用射程优势，在敌军步枪有效射程外就开始进行精准的压制射击，冲锋时更是以密集的弹雨开路，势不可挡。
张作霖部虽然在日军顾问的帮助下也装备了不少日式武器，但在整体火力、战术和士气上，已经完全落于下风。锦州外围防线在猛攻下迅速瓦解，残兵败将仓皇向奉天撤退。
而更让张作霖焦头烂额的是，张龙率领的游击部队，如同附骨之疽，不断袭击他的后勤线，甚至一度攻占了奉天以北的重要城镇铁岭，焚毁了那里囤积的大量粮草。后院起火，前方溃败，张作霖的统治根基开始了剧烈的动摇。
日军顾问见状，知道事不可为，为了保存实力，避免与清军主力正面决战导致更大损失，开始暗中收缩，并建议张作霖放弃奉天，退往吉林、黑龙江，依托日本在关东州的势力，再做图谋。
就在张作霖犹豫不决之际，一个致命的打击接踵而至——奉天城内部分早已对张作霖横征暴敛和投靠日本不满的士绅、旧官僚，在清军兵临城下和朝廷秘密使者的策动下，突然发动兵变，打开了城门！
聂宪藩的主力部队几乎兵不血刃地开进了奉天城！这座被张作霖视为老巢的关外重镇，一夜之间改旗易帜！
张作霖在少数亲信和日军顾问的保护下，仓皇北逃，前往长春。关外战局，瞬间明朗！清军光复奉天，意味着张作霖势力的核心区域已被摧毁，其败亡只是时间问题。
捷报传回北京，紫禁城内一片欢腾！自登基以来，困扰朝廷的最大内患之一，终于被基本铲除！
然而，就在这举朝欢庆之时，西苑医药研究所内，却发生了一场令人措手不及的变故。
为了尽快获得更多“有效药液”以应对前线可能激增的伤兵，李工匠和王太医在溥仪的首肯下，尝试进行更大规模的菌液培养和提取。他们建造了更大的培养槽，使用了更多的原料。
但这一次，提取出来的菌液，颜色更深，气味更加刺鼻。当太医们像之前一样，将新制的菌液用于测试动物时，可怕的事情发生了——几只用于测试的兔子，在涂抹菌液后不久，不仅伤口没有好转，反而出现了抽搐、口吐白沫的症状，很快便一命呜呼！
“毒！这药液有毒！”一个年轻太医吓得面无人色，手中的药碗哐当一声掉在地上摔得粉碎。
王太医和李工匠也惊呆了，看着那些迅速死去的兔子，冷汗瞬间湿透了后背。明明之前有效的药液，为何这次变成了致命的毒药？
“是杂质！一定是提取过程中混入了其他的毒菌或者产生了毒素！”李工匠很快反应过来，脸色苍白，“大规模培养，控制不住杂菌污染，或者……或者这霉菌本身在某些条件下也会产生毒素！”
希望，瞬间变成了恐慌。如果无法解决纯化和毒素的问题，那么这看似神奇的霉菌，非但不能救人，反而会成为杀人的利器！之前所有的努力和希望，似乎都走向了一个错误的方向。
消息传到养心殿，正准备庆功的溥仪，心情瞬间从云端跌落谷底。他深知，这不仅仅是几次实验失败那么简单。如果不能尽快拿出安全有效的药物，不仅伤兵无法得到救治，他寄予厚望的、用以解决财政危机的“医药垄断”计划，也将彻底破产！甚至，可能因此酿成更大的灾难。
“命令研究所，立刻停止所有人体试验！集中力量，分析毒素成分，寻找去除杂质和毒素的方法！”溥仪的声音带着一丝不易察觉的沙哑，“告诉他们，朕不管他们用什么方法，必须给朕把安全、有效的药弄出来！”
就在溥仪为医药的突变而焦头烂额之际，北疆再次传来紧急军情：俄军非但没有撤退，反而增兵至五千人，并派出小股部队，开始试探性地攻击清军边境哨所！显然，奉天的光复，刺激了俄国人，他们加快了蚕食的步伐！
内患甫定，外忧骤紧！科技的挫折与边境的危机，同时将年轻的皇帝逼到了墙角。