谷中景色与外间迥异，遍植一种外形妖艳、花瓣如情丝缠绕的奇花，便是那闻之色变的“情花”。花香馥郁，初闻沁人心脾，久处却觉心神荡漾，情思难抑。谷中之人，无论男女，皆身着素衣，面容冷淡，似乎极力克制着情感。
谷主公孙止，看似中年文士，风度翩翩，言谈举止温文尔雅，实则道貌岸然，内心贪婪好色，修炼的家传武功“阴阳倒乱刃法”更需绝情绝欲，实则压抑着更深的欲念。初见小龙女，她那不食人间烟火的清冷气质与绝美容颜，瞬间点燃了公孙止压抑多年的邪火，惊为天人，势在必得。
他设下重重毒计。先是以礼相待，骗取信任，随后利用谷中机关与情花特性，先是让小龙女不慎被情花刺中，中了那“情动即痛”的诡异剧毒。杨过为救龙儿，心急如焚，不免情急关切，自己亦被情花所伤，二人同时陷入那动念即如万针钻心的痛苦折磨之中。
然而，绝情谷中，还隐藏着另一位对公孙止恨之入骨的人物——他的原配夫人，铁掌莲花裘千尺！当年被公孙止挑断手脚筋、推入地底深穴，她靠着顽强的恨意与穴中生长的枣子活了下来，变得形如鬼魅，性情更是偏激狠毒。她在地穴中暗中窥得杨过、小龙女入谷，察觉这是报复公孙止的天赐良机。
裘千尺利用杨过急于救人的心理，暗中传音，以揭露公孙止真面目、提供解药线索为名，将杨过引至地穴。她扭曲事实，添油加醋地将当年杨康之死归咎于郭靖黄蓉的“见死不救”与“阴谋算计”，声泪俱下地控诉公孙止与“外人”勾结，声称郭靖乃是杨过的杀父仇人，而公孙止亦是帮凶之一。她蛊惑杨过，若能前往襄阳，伺机刺杀郭靖，既可报父仇，又能以此换取公孙止手中的绝情丹解救小龙女，更承诺会在地穴中设法拖住公孙止，助他成事。
杨过自幼缺失父爱，对父亲杨康之事本就所知模糊，心中存有阴影与执念。此刻身中情花剧毒，眼见龙儿受苦，心神激荡之下，先被公孙止威逼，再被裘千尺巧言蛊惑，那份对身世的迷茫与对郭靖黄蓉或许知晓内情却隐瞒不报的怨怼被无限放大。加之救人心切，他竟在浑浑噩噩间，怀着无尽的矛盾与痛苦，接下了这桩违背本心的任务。
他和小龙女，带着满腹的冤屈与挣扎来到襄阳。襄阳城上，他目睹郭靖为国为民、慷慨陈词，感受到那股“侠之大者，为国为民”的浩然正气，更体会到郭靖看向自己时，那毫不作伪的关切与期许。那份发自内心的真诚，与他心中被裘千尺灌输的仇恨形象格格不入。
刺杀之夜，他潜伏在侧，内心天人交战。一边是龙儿毒发痛苦的容颜与获取解药的唯一希望，一边是郭靖那伟岸的身影与民族大义。就在他犹豫不决之际，蒙古高手突然发难，目标直指郭靖与其襁褓中的幼女郭襄！千钧一发，杨过脑海中闪过郭靖平日的教诲，闪过龙儿虽身处险境却绝不希望他行差踏错的清澈眼神，侠义之心终究压过了私怨！
他毅然现身，不再隐藏，与郭靖并肩而战，使出浑身解数，力抗蒙古高手，最终护得郭靖周全，更从霍都王子手中抢回了被掳的郭襄。然而，他之前的形迹可疑，与金轮法王等人似有接触的传言，以及此刻突然出现又“抢夺”婴儿的举动，落在了鲁莽冲动的郭芙眼中。
郭芙本就对杨过心存偏见，又听母亲黄蓉曾忧心杨过与欧阳锋的关系恐其心术不正，此刻见杨过抱着妹妹，只道他欲对郭襄不利，新仇旧恨涌上心头，盛怒之下，不顾一切，拔出锋锐无匹的淑女剑，从背后狠狠一剑斩落！
剑光闪过，血光迸溅！
杨过猝不及防，只觉右肩一凉，随即是无法形容的剧痛席卷全身！他眼睁睁看着自己的右臂离体飞出，心中的惊愕、冤屈、悲愤瞬间达到了顶点！他发出一声凄厉的长啸，用尽最后力气点穴止血，怨毒地看了郭芙一眼，又复杂地望了望闻声赶来、惊愕交加的郭靖黄蓉，随即借着夜色与混乱，拖着残躯，踉跄着冲出了襄阳城。
断臂之痛，失血之虚，加上心中的万念俱灰，杨过一路奔逃，不知方向，最终力竭，昏死在一处襄阳城外的荒僻山涧旁。
也不知过了多久，他在一阵奇异的腥风中醒来，朦胧中见到一只体型巨大、形貌丑陋至极的怪雕正用巨喙啄食他身边的几条毒蛇。那雕目光锐利，通体灰黑羽毛稀疏，头顶有个肉瘤，显得凶猛而通灵。见杨过醒来，怪雕低鸣数声，竟用翅膀扶他坐起，又叼来一些气味辛辣、形状奇特的草药，嚼碎后敷在他的断臂处。那草药竟有奇效，剧痛立减，血也彻底止住。
这便是神雕。
神雕在独孤求败被玄冥教的人迫害之后，一直呆在剑冢没有离开，而颇有灵性的神雕渐渐在它的邻居菩斯曲蛇身上感受到了故人独孤求败的气息，猜到这群蛇估计跟杀死独孤求败的黑衣人有什么关系，所以几十年来，跟菩斯曲蛇争斗不休。
杨过伤势稍有好转，便跟随神雕深入山林。神雕似乎有意引领，带他来到一处人迹罕至的幽谷。谷中有一石冢，冢前立碑，上书“剑魔独孤求败之墓”，并留有数行字迹，述其一生仗剑求败而不可得的寂寞，以及剑道境界的几重变化：“凌厉刚猛，无坚不摧”（弱冠前与群雄争锋）、“重剑无锋，大巧不工”（四十岁前持玄铁重剑横行天下）、“四十岁后，不滞于物，草木竹石均可为剑”（渐进于无剑胜有剑之境）。
杨过心神剧震，方知世间竟有如此前辈高人！神雕通灵，似为故主寻觅传人，引导杨过找到了埋于冢旁的玄铁重剑。那剑黑黝黝的毫无光泽，却沉重无比，非神力不能运使。
更令杨过惊异的是，神雕时常捕杀一种头顶生有金色肉角、身形粗长的怪蛇——菩斯曲蛇。这蛇胆呈深紫色，异香扑鼻，服下后初时苦涩，转而满口甘醇，一股炽热气流散入四肢百骸，不仅大增气力，滋养脏腑，连断臂处的伤口也加速愈合，内力修为更是突飞猛进。
杨过不知，此乃因当年玄冥教主亲自出手对付剑魔明尊，血寄虫吞噬了二位绝顶高手的精气，最后因为独孤求败的自爆，雪疥虫逃逸四散，其中一些恰被这异种菩斯曲蛇吞噬。蛇胆因而产生了异变，蕴含的能量不仅更为磅礴精纯，更带上了一丝源自雪疥虫的极寒阴毒特性。这阴寒能量与他本身古墓派的阴柔内力、欧阳锋所传的蛤蟆功逆行经脉之效，以及在江湖上学得的诸多驳杂武功，在独孤求败那霸道无匹、唯我独尊的剑意统御下，竟强行熔于一炉，形成了一种刚猛凌厉中带着诡异阴寒、迥异于当今世上任何内功的独特罡气。
断臂之后，杨过心性愈发偏激执拗，与独孤求败“但求一败而不可得”的孤傲心境隐隐共鸣。他在神雕督促下，于狂风暴雨中屹立，于山洪瀑布里挥剑，手持玄铁重剑，忘却了一切花巧变化，只追求最简单、最直接、最有效的力量与技巧。他渐渐领悟了“大巧不工，举重若轻”的至理，剑法修为踏入了一个返璞归真的全新天地。