钱法之争的尘埃尚未落定，一场更为触及社会伦理根基的波澜，在深冬的南京城内悄然涌动。这一次，争议的焦点落在了女子身上——或者说，落在了女子是否应该拥有与男子同等的受教育权上。
事情的起因，是王贞仪在格物院内部的一次季度总结会上，提及院中几位颇有天赋的女弟子在进修高等算学与格物原理时，因缺乏扎实的经史根基和系统的文法训练，而感到力不从心。她感慨道：“若女子亦能如男子般，自幼得蒙良好教化，通达文理，则其于格物之道之成就，未必逊于男儿。” 这番话，被一位与《新论》刊物交好的格物院学士记录并发表，旋即引发了轩然大波。
几乎与此同时，由林川义女周秀娘（即幼时在破庙义学中背《三字经》的那个女孩）主持、在南京城内悄然运营了近两年的“秀慧女子书塾”，也因几名毕业女学生成功应聘至《大明公报》担任文书、乃至协助沈万三商会整理南洋货品名录而名声渐显。书塾虽只教授基础的识字、算术、记账及一些浅显的格物常识，却实实在在地改变了一批平民女子的命运。
这两件事联系在一起，深深刺痛了守旧士大夫们敏感的神经。
都察院右都御史李守俊府邸的书房内，再次聚集了一批面色凝重的官员和士林领袖。空气中弥漫着一种被冒犯的愤怒。
“牝鸡司晨，惟家之索！古训昭然！”一位太常寺的官员痛心疾首，“女子无才便是德！此乃天地之正理，人伦之大防！今王贞仪一女子，忝居格物院高位已属殊异，竟还敢妄言女子当与男子同受教育？那周秀娘更甚，公然开设女塾，引诱良家女子弃针黹而事笔墨，此非败坏风气，颠倒阴阳为何？！”
李守俊面色阴沉，他没有立即表态，而是将一份关于秀慧书塾的详细调查报告传阅给众人。报告中不仅列举了书塾所授课程，更特别指出，有迹象表明，议会教育委员会中某些激进议员，正酝酿在《义务教育法》草案中，加入“鼓励兴办女学，女子亦需识文断字”的条款。
“此事，已非单纯女子德行之争。”李守俊缓缓开口，声音冷峻，“其背后，是有人欲借‘格物’、‘新政’之名，行瓦解我华夏千年人伦纲常之实！若使女子皆通文墨，甚至涉足外务，则内闱不修，家室不宁，长幼无序之道崩坏殆尽！此乃动摇国本之祸源，绝不可等闲视之！”
在他的策动下，一场针对女子教育的风暴迅速成形。
数日之内，数十份言辞激烈的奏章呈递御前，弹劾王贞仪“妄言惑众”，周秀娘“败坏闺教”，并要求朝廷立即查封所有私立女塾，申明“女子以德行为本，不得妄习诗文外务”的祖训。
南京国子监的监生们再次被动员起来，他们聚集在格物院和秀慧书塾外，虽未冲击，却高举“维护纲常”、“女子归家”的标语，进行“静默抗议”，造成极大的舆论压力。
市井之间，各种污名化女子读书的流言蜚语不胫而走。有说女子读书会“移了性情，克夫伤子”；有说女塾中男女混杂（实则皆为女教师女学生），有伤风化；更有甚者，将近年来一些家庭纠纷也归咎于妻子“识了几个字，便心高气傲”。
压力之下，秀慧书塾的生源锐减，一些已入学的女孩也被家人强行带走。周秀娘面对空了一半的教室和门外的喧嚣，紧咬着嘴唇，眼中既有委屈，更有不屈。
王贞仪在格物院的处境也变得微妙起来，一些原本就对她女子身份抱有偏见的保守学士，此刻更是冷眼旁观。
朝堂之上，皇帝朱由校对此事的态度颇为暧昧。他欣赏王贞仪的才华，也知道周秀娘是林川看重的人，但“女子无才便是德”的观念根深蒂固，他亦不愿被扣上“败坏纲常”的帽子。他将奏章留中，未做批复，实则默许了守旧派的舆论攻势。
议会内部，关于是否在《义务教育法》中支持女学的争论也异常激烈。支持者如顾炎成等人，引证“古有班昭着《女诫》，亦需文墨方能成书”，强调开启民智应包括女子，此为强国之本。反对者则高擎“祖宗家法”和“社会风化”大旗，认为此议过于激进，必将导致天下大乱。
面对如此汹涌的反对浪潮，林川深知，在此事上强行推动立法时机尚未成熟。他采取了更为迂回而坚定的策略。
他首先公开表态，支持王贞仪在格物院内继续培养有天赋的女弟子，认为“天赋不应因男女而废”，并将几名女弟子在协助整理数据、绘制图纸方面的优异表现公之于众，以事实彰显女子接受教育后的能力。
其次，他让周秀娘将秀慧书塾的办学重点，暂时从“开启民智”稍微转向“技能传授”，更加突出女子学习识字算术后，于持家、理财、乃至辅助父兄经营方面的实际益处，并邀请一些开明的士绅夫人参观，展示教学成果，淡化其“离经叛道”的色彩。
同时，他授意沈万三，在其商会内部，优先录用从秀慧书塾毕业、具备一定文化素养的女子担任文书、核算等职务，并给予优厚待遇，以实际行动证明女子受教育的经济价值。
最重要的是，林川鼓励并资助顾炎成等学者，开始系统梳理历代才女事迹，以及经典中关于“教化”不分性别的论述，撰写文章，从学理上逐步瓦解“女子无才便是德”的绝对性，为未来的观念变革进行理论准备。
这场围绕女子教育的风波，并未能立即催生出支持女学的法律条文，秀慧书塾依旧在压力和歧视中艰难生存。然而，经由王贞仪、周秀娘等人的坚持与林川在背后的运筹，一颗追求平等的种子已然播下。旧势力赖以维系的社会性别壁垒，被撕开了一道细微却难以弥合的裂痕。新制度的生命力，在其向最顽固的传统伦理领域渗透时，再次展现了其潜移默化、持久坚韧的特性。