格物院的筹建，如同在坚冰上开凿河道，虽得朝廷明旨，具体施行却步步维艰。选址的皇家别苑多年荒废，殿宇倾颓，杂草丛生，首要的修缮便是一笔巨大的开销。户部的拨款流程繁琐，层层盘剥克扣，实际到位的资金往往捉襟见肘。少府监派来的工匠，多是些混迹官场的老油条，对陈默提出的许多“古怪”要求（如特定尺寸的琉璃窗、坚固平整的水泥地面、通风良好的实验室布局）阳奉阴违，进度缓慢。
陈默不得不将大量精力投入这些庶务之中。他亲自监督账目，与户部官员周旋，甚至不得不动用刑部尚书的权威，弹劾了几名贪墨太过、办事不力的胥吏，才勉强保证了工程款项和材料的供应。对于工匠，他采取恩威并施的策略，一方面提高酬劳，明确赏罚，另一方面，让墨衡等懂行的人参与监督，以其精湛的技艺和朴实的作风，逐渐赢得了部分老实工匠的认可。
“没想到，这建院子，比破案还难。”赵虎看着日渐成型的院舍，忍不住感慨。他如今负责格物院外围的安保，也见识了不少官场龌龊。
陈默揉了揉发胀的太阳穴，苦笑道：“破案只需找出真凶，而建设，却要面对无数看得见和看不见的阻碍。但这第一步，必须走稳。”
与此同时，人才的招募也非一帆风顺。尽管有朝廷征召的名义，但“格物”一词对大多数读书人而言，仍是奇技淫巧的代名词。真正前来应征的，多是像墨衡一样，有实学却无科举出身、或家境贫寒的寒门士子、工匠、医师，数量稀少，且水平参差不齐。
陈默深知根基的重要性，他并不急于求成。他亲自面试每一位应征者，不看重八股文章，只考察其动手能力、逻辑思维和对自然万物的好奇心。他定下了格物院的初步规矩：不分贵贱，只论才学；注重实证，不尚空谈。
尽管困难重重，格物院的第一批“星火”终究还是点燃了。
在初步修缮完成的“算学馆”内，陈默将基础的阿拉伯数字、简易方程和几何原理，以更易于理解的方式传授给首批入选的十余名学子。起初，这些习惯了筹算和文言表述的年轻人感到极大的不适与困惑，但在陈默耐心引导和实际应用的演示（如计算田亩、丈量房屋）下，渐渐有人开了窍，眼中闪烁出发现新大陆般的光芒。
“力学工坊”在墨衡的主持下，最先取得了突破。他们依据陈默提供的杠杆、滑轮原理草图，结合自身经验，成功制造出了省力数倍的复合滑轮组和改进型的起重桔槔。当看到需要数名壮汉才能抬起的石料，被一名少年轻松利用滑轮组吊起时，围观工匠和学子们发出了阵阵惊叹。实践的成功，远比任何说教都更有说服力。
“医药庐”则暂时由一位名叫孙十常的年轻郎中负责。他祖上世代行医，却因不善交际而郁郁不得志。陈默将伊万笔记中关于细菌、消毒的模糊概念（转化为“微虫致病说”和“净疮防疫法”）与他探讨，并提供了制作高度蒸馏酒（酒精）的方法。孙十常如获至宝，带着几名学徒埋头研究，虽然对“微虫”将信将疑，但对酒精消毒带来的显着效果却不得不服，开始尝试将其用于创伤处理和手术器具的清洁。
“农事苑”选址在别苑后的一片荒地上。几位老农出身的学子，在陈默提供的轮作、选种、堆肥等理念指导下，开始进行对比试验。他们细心记录着不同作物长势的细微差别，虽然成果需要时间验证，但那片充满生机的试验田，本身就成了希望的象征。
就连苏密使负责的“星象历法”研究，也并非全无建树。他带着观星台的人，利用伊万笔记中关于光学和天体运行的一些正确原理，改进了观测仪器，对历法进行了更精确的校订，这份务实的态度，暂时缓和了他与陈默之间微妙的关系。
格物院，这个初生的婴儿，正在蹒跚学步，虽然稚嫩，却充满了蓬勃的朝气。