平静的生活被一则突发新闻打破——全球多地网络系统出现异常，商场电子屏上的价格疯狂跳动，通讯信号时断时续，连交通信号灯都陷入混乱。太一盯着电视屏幕上闪烁的乱码，心中突然升起一股熟悉的不安。
“太一，快看这个！”李阳的电话打来，背景音里夹杂着键盘敲击声，“光子郎发现网络深处有异常数据波动，源头像是……一枚数码蛋？”
太一抓起背包冲出家门，赶到光子郎的房间时，屏幕上正显示着一枚通体漆黑的数码蛋，蛋壳上布满诡异的红色纹路。没等他们分析出更多信息，数码蛋突然裂开，一只半透明的水母状数码兽破壳而出——水母兽。
“它在吞噬数据！”光子郎放大画面，只见水母兽所过之处，网络数据链如同被黑洞吸入，瞬间消失，“而且进化速度快得惊人！”
话音未落，水母兽已进化为钩爪兽，接着是狰狞的地狱兽，最后定格为散发着恐怖气息的究极体——超恶魔兽（迪亚波罗兽）。它的身影在全球网络中穿梭，现实世界的混乱愈发严重。
“必须通知大家！”太一试图拨打阿和的电话，听筒里却只有忙音。李阳同步联络，得到的消息令人心急：阿和带着阿武回了乡下爷爷家，手机没信号；美美在夏威夷度假，通讯中断；嘉儿学校临时加课，无法脱身；素娜的电话接通又被迅速挂断，显然不愿回应。
“没时间等了！”光子郎敲击键盘，屏幕上弹出全球网络节点分布图，“它的本体在主干网络，我们先上！”
亚古兽进化为暴龙兽，基尔兽进化为古拉兽，甲虫兽进化为比多兽， trio（ trio 改为“三只数码兽”）冲入网络世界，与超恶魔兽的先锋部队缠斗。但超恶魔兽的分裂能力远超想象，一个本体竟分裂出上百个分身，如潮水般淹没了它们的攻击。
“这样下去不行！”太一看着屏幕上节节败退的数码兽，额头冒汗，“必须让大家都进来！”
关键时刻，光子郎接入卫星电话系统，终于拨通了乡下理发店的座机——阿和带着阿武恰好去剪头发，店里的老式电脑还能联网。“阿和，接卫星信号！”光子郎将权限共享过去，屏幕上立刻出现加布兽进化的加鲁鲁兽、巴达兽进化的天使兽。
“伙伴们，一起上！”阿和的声音透过电流传来，带着熟悉的默契。
暴龙兽超进化为战斗暴龙兽，加鲁鲁兽超进化为钢铁加鲁鲁兽，古拉兽进化为公爵兽（红莲骑士兽），天使兽进化为神圣天使兽。四大究极体联手，暂时压制了分身潮，可超恶魔兽本体突然发动攻击，一道黑暗光束贯穿网络，战斗暴龙兽与钢铁加鲁鲁兽被击中，数据开始崩解。
“可恶！”太一想也没想，抓起光子郎递来的神经连接装置，“阿和，敢不敢再跟我闯一次？”
“你以为我会怕？”阿和的声音带着笑意，画面里他已戴上装置。
两人意识沉入网络，站在战斗暴龙兽与钢铁加鲁鲁兽身边。“合体进化！”随着太一与阿和的同步呐喊，两道光芒交织，奥米加兽手持暴龙剑与加鲁鲁炮，轰然降临。公爵兽（红莲骑士兽）也在李阳的意志加持下，进化为燃烧着赤色火焰的深红形态。
此时，现实世界的警报声刺破天际——超恶魔兽篡改了核导弹发射程序，倒计时仅剩10分钟。
“光子郎，拖住它！”太一喊道。
光子郎深吸一口气，将一封题为“请为数码宝贝加油”的邮件转发至全球网络。瞬间，数十亿次点击涌入超恶魔兽所在的服务器，它的动作明显迟滞。倒计时跳到最后2秒时，奥米加兽的“全部删除”与公爵兽（红莲骑士兽）深红形态的“朱红新星”同时击中本体，超恶魔兽发出一声凄厉的哀嚎，所有分身连同核导弹程序一同崩解。
网络恢复平静的瞬间，太一的手机突然震动，是素娜发来的短信：“抱歉，刚才……我怕拖后腿。下次，带上我。”
太一笑着回了个“好”，抬头看向屏幕里正在解体的网络世界——阿和正与他击掌，李阳在调试设备，阿武举着巴达兽挥手，远处的卫星画面里，美美在夏威夷海滩对着手机挥手，嘉儿的笑脸出现在学校电脑屏幕上。
阳光透过窗户照进房间，落在众人脸上。素娜的电话再次打来，这一次，太一按下了接听键。
“下次战斗，我不会再缺席了。”素娜的声音带着释然，“还有……之前的事，对不起。”
“该说对不起的是我。”太一看着屏幕里重新凝聚的数码兽们，轻声说，“欢迎回来，伙伴。”
网络那头，素娜的笑声混着海风传来，像极了数码世界里，比丘兽第一次飞向天空时的鸣叫。