卫宫士郎、爱尔奎特、凉宫春日、葛饰北斋、安徒生、莫扎特齐聚一堂，他们收到通知，关于全知全能者的集训。到场时，他们面面相觑，不知发生了什么事，艾因兹贝伦太太，一个有着白色头发红色双瞳皮肤白皙的女人微笑着上台发言：各位同学，你们好。这个圣杯学校是我创办的，众所周知，圣杯具有实现愿望的能力，而你们几位都是有想象实现的能力，为了使能力更好地发挥，大家齐聚一堂进行学习。下面是教导几位同学的老师，让他们自我介绍一下，首先上台的是藤村大河，头发黄色，面容精致，穿着吊带背心裙上台，首先自我介绍一下，我是教诸位文化课的老师，没有知识是行不通的。葛木宗一郎上台，清了清嗓子严肃地说，我是教各位体能格斗术的老师，没有好的体术是不行的。接下来，一个优雅的女性上场，蓝色的上衣，综色的裤子，我是文艺复兴的达芬奇，我能造万物，同学们跟我进行造物训练。最后是梅林，是负责教魔法的，他说魔法有魔法的规则，他是拥有圣剑的亚瑟王的师父。
老师出场介绍完毕，台下是经久的寂静。活泼的凉宫春日迫不及待地和其余5位同学打招呼，我叫凉宫春日，很高兴能和大家认识，金色头发的爱尔奎特，白色头发的卫宫士郎，穿着和服的葛饰北斋，正太型的安徒生，瘦削的莫扎特，凉宫春日一个个看过去，小奎特、小卫宫、小北斋、小安徒、小扎特，大家都尴尬地挠挠头，你怎么把我们叫得这么小，由于凉宫春日，气氛都活络起来，大家都互相自我介绍。
葛饰北斋、爱尔奎特、凉宫春日三个女生自来熟，她们打算一起去买衣服，2人都说葛饰北斋的穿着很艺术，买衣都希望她参考。她们走进一家服饰店，店主热情地招待她们，三位小姐光彩照人，各具风格，身材都姣好，都来试一试当季的新品，保证让你们满意。三人各挑了几件衣服，心满意足地回去。几个不良少年拿着刀剑在街上晃着，看到3个少女，露出无耻的笑容：要不要陪几位爷玩玩，3位少女把他们当成空气路过，不良少年怒了，用刀砍人，爱尔奎特挡在前面，被砍成一刀刀的，却以肉眼可见的速度愈合，几位流氓大喊着逃走，遇见鬼了。葛饰北斋和凉宫春日也很惊讶，爱尔奎特笑笑，我是真祖嘛，自愈能力自然不一般。
很快就开始上课了，首先是体能课，葛木宗一郎面无表情地宣布，首先跑十万米，6个人中4个人都轻松地跑完，只有2个人跑得气喘吁吁的，就是安徒生和莫扎特，哟，你们的体力还不如女生，爱尔奎特嘲讽道。我们法师体质弱是正常的，再说你们是普通的女生吗，安徒生嘀咕道。葛木宗一郎开始教格斗技巧，要说这位老师懂得的真是多，拳法、柔道、中国功夫、日本功夫、西洋功夫、剑法、棍法，凉宫春日说，她的体能一直第一，只是没有学过功夫。卫宫士郎想领教一下葛饰北斋的剑法，卫宫士郎拿着干将莫邪摆好架势，来吧，双方你来我往，剑拔弩张，一刀一剑是真枪，卫宫士郎竖起大姆指：你竟然能把浮士绘融在刀法中。
上完体育课，大家都饿得饥肠辘辘，这时艾因兹贝伦太太说，大家可以到食堂吃饭，食物应有尽有。大家到食堂吃饭，边吃边讨论着，葛饰北斋说，卫宫同学的修理能力太强了，我家冰箱上星期坏了，请卫宫同学修理，很快修好了。凉宫春日说，周六日就这样安排，让葛饰北斋同学带我们看艺术展，莫扎特同学带我们听音乐会，然后吃卫宫同学做的料理。一直沉默不语莫扎特点了点头，应了声好。
周末很快到了，早上9点大家就聚成一堂，由莫扎特带领去听音乐会，莫扎特早就买到了最前排的6个坐位去听交响乐，卫宫说，想不到小莫挺细心的一个人。在音乐场，有人吹管弦乐，有人弹钢琴，双手灵巧地在黑白键上飞舞，大家陶醉在美妙的音乐中，每个音符都像精灵，余音绕梁三日不绝。下午由葛饰北斋带领去看艺术展，有国画中的山水画、油画，各种各样的艺术风格，郑板桥、齐白石、梵高、穆夏，有的美得另人沉醉，有的风格看不懂。晚上由卫宫做饭，卫宫士郎不愧是一级厨师，西式料理的牛扒、披萨、意大利面、炒饭、面包、甜点、冷饮、小食，日式牛肉饭、猪排、鸡排饭、章鱼丸子、寿司、天妇罗、味增汤，中餐：客家豆腐、酱油鸡、扇贝、烧茄子、烧鱼、鸡煲、鱼头煲，让人食指大动。几个人纷纷赞叹，比食堂的饭菜好吃多了。
很快就考试了，藤村大河很快就公布了成绩，语文最高分的无疑是咱们的安徒生同学，语文第二名是葛饰北斋，艺术感非常好。数学第二名也是葛饰北斋，音乐第一名是莫扎特，历史第一名是真祖爱尔奎特，全科第一名是凉宫春日同学，大家鼓掌。大家的成绩都很优秀，放到外面都是数一数二的，只是在这里是强中自有强中手。凉宫春日热心地帮隔壁小男孩补课，小男孩也赞凉宫春日姐姐教得好，凉宫春日说，没有普通人哪有我们。下课后，六人都到安徒生家，参观他的书房，只见一个大书架满满当当，各种书籍都有，专业书、各种闲书，大家都各自挑了自己喜欢的书看。
达芬奇老师开始教同学们进行工业制造，事先声明，我们首先学习的制造业是像古人一样不用机器的，木匠木工，铁匠打铁，烧瓷的烧瓷，大家都按照老师说的做，达芬奇说，做得最好的是卫宫同学，大家向他学习，其次，葛饰北斋同学做得很美观。下面，我带大家去厂房，6个人进了厂房，看到一排排精密的机械，每个工序都在流水线上有序进行，大家各就各位进行生产。
被誉为最强魔法师的梅林负责魔法教学，首先大家要进行冥想练习，增强魔法能量，其次要背魔法形成规则的咒语。