嬴政采纳林悦的建议后，迅速展开行动，决心以雷霆手段整治国内出现的种种隐患。
首先针对商业与官场勾结的乱象，秦国设立了名为“司察院”的专门监察机构。嬴政亲自挑选了一批刚正不阿、不畏强权的官员充实其中。这些官员来自秦国各地，他们有的出身贫寒，深知民间疾苦和腐败之害；有的则是在基层任职多年，有着丰富的政务经验和敏锐的洞察力。
司察院成立伊始，便接到了众多民众对商业税收问题的举报。经过一番秘密调查，他们锁定了咸阳城内的一位大富商王富。王富长期与咸阳郡守府的一些官员勾结，通过伪造账本、虚报货物数量等手段，逃避大量商业赋税，同时还利用关系打压同行，垄断了咸阳城的丝绸生意。
司察院掌握确凿证据后，立即展开抓捕行动。在一个清晨，司察院的官员带领一队秦军，突然包围了王富的府邸和他名下的丝绸店铺。王富还在睡梦中，便被闯入的官兵惊醒。面对如山的铁证，他无从抵赖。与此同时，与王富勾结的郡守府官员也被一并逮捕。嬴政得知此事后，下令严惩不贷。王富的全部非法所得被没收，他本人被判处流放边疆；涉案的官员则被革职查办，重者处以死刑。这一消息传出后，整个秦国商界和官场为之震动，其他妄图通过不正当手段谋取利益的商人和官员纷纷收敛行为。
在文化领域，秦国加强了对官学的管控。嬴政颁布诏令，明确规定官学的教学内容必须以秦国文化、律法和官方认可的学术思想为主。同时，设立了专门的学官巡查制度，学官定期对各官学进行巡查，监督教师的教学和学子的言行。
在楚地的一所官学里，巡查学官发现一位教师在授课过程中，有意无意地宣扬楚国旧贵族的荣耀，贬低秦国文化。学官立即将此事上报。经调查核实后，该教师被取消教学资格，并受到严厉的惩罚。为了弘扬大秦文化，秦国还举办了全国性的文化创作大赛，鼓励文人学士以秦国的统一大业、繁荣发展为主题进行创作。大赛设置了丰厚的奖励，吸引了众多文人参与。一时间，歌颂大秦的诗词、文章、绘画等作品如雨后春笋般涌现。这些作品在秦国各地流传，极大地增强了民众对秦国文化的认同感和自豪感，有效遏制了六国旧文化的传播。
对于军队中将领骄纵的问题，秦国开始实施大规模的将领轮换制度。嬴政下令，除了边疆地区因防御需要暂不轮换外，内地各军事要地的将领每三年进行一次轮换。这一举措打破了将领长期在一地拥兵自重的局面。
在函谷关驻守的将领陈武，自恃战功赫赫，对中央调令时常阳奉阴违。在得知自己即将被轮换的消息后，他心中极为不满，甚至与几位亲信将领商议，准备抗命不从。然而，秦国的情报网络十分严密，陈武的举动很快被嬴政知晓。嬴政大怒，立刻派遣使者前往函谷关，责令陈武即刻交出兵权，前往咸阳受审。同时，命令附近的秦军做好备战，以防陈武叛乱。陈武见事情败露，又深知自己无法与秦国大军抗衡，只得乖乖交出兵权。嬴政为了整肃军纪，以违抗军令、意图叛乱的罪名，将陈武斩首示众，并对参与商议的其他将领进行了降职、罚俸等处罚。
通过这一系列雷霆整治行动，秦国国内的商业秩序得到了规范，文化传播方向得到了纠正，军队纪律得到了加强。嬴政和林悦成功地将潜在的危机扼杀在萌芽状态，秦国在统一后的发展道路上，虽然历经波折，但依然坚定地朝着繁荣昌盛的方向大步迈进。然而，林悦深知，国家治理犹如逆水行舟，不进则退，仍需时刻保持警惕，应对随时可能出现的新问题。