再说皇太极率领八万大军，进入关内后，接连攻克了保安州、应州、灵丘、浑源州、蔚州、赤城、龙门所、万全、怀安，长城沿线官兵的粮饷还能有所保证，进到关内的卫所军，本来生存的依仗是田地，明代中后期，宗室、勋贵、官僚通过 “奏讨”“投献” 等方式大规模兼并军屯土地。如嘉靖年间，顺天等八府军屯被占达 40%，万历年间大同镇屯地 “十去其五”， 士兵失去土地后沦为佃农，甚至逃亡成为流民。如宣府镇在正德年间，军屯户数从十二万锐减至三万，“田归豪右，军无恒产”。 官府把军屯视同民田征税，甚至加派 “辽饷”“剿饷” 等苛捐。如万历年间，军屯每亩赋税从明初的零点三石增至一点二石，士兵 “耕不得食，徒为地主佃作”。 军官强迫士兵私垦荒地，收获物大部分被克扣，导致 “屯卒困于诛求，往往弃屯而逃”。 军官通过 “虚冒兵额”“扣克月粮” 牟利。如崇祯年间，大同驻军账面十万，实际仅两万，军饷被将领私分，士兵 “日给米不过半升，尚不足充饥”， 高级将领将士兵充作家奴、工匠，从事商业经营或劳役。如蓟镇总兵戚继光曾奏报：“边军三分之一为将官私役，修宅、抬轿、贸易，无暇训练。”正统年间，全国卫所缺额已达六成；至明末，京营 “额兵十万，实存者仅万余”，边镇 “士马半耗，器械朽钝”。
士兵逃亡率高达七成，如万历年间，宁夏卫 “原额军一点七万，存者仅三千”，逃亡者多因 “饥寒交迫，不堪虐待”。
卫所军器局生产效率低下，劣质兵器泛滥。如嘉靖年间，士兵所用刀 “柄易脱落，刃多锈钝”，弓箭 “筋胶不固，射不过三十步”。
马匹管理混乱，边镇战马 “瘦损者十之六七”，甚至出现 “以羊代马” 充数的荒唐现象。
明初 “卫所月操三次” 的制度，至成化年间已 “十年不阅”。士兵平日 “耕田负薪，与农夫无异”，战时 “执械而立，两股战栗”。
将领疏于训练，甚至以 “科敛钱财” 替代操练。如万历年间，蓟镇士兵 “惟知纳银免操，不知武艺为何物”。
卫所军户被列为 “贱籍”，与民户、匠户隔离，社会歧视严重。士兵 “视同奴隶，婚姻不通，生计日蹙”，缺乏职业荣誉感。
军户子弟被迫世袭为兵，有才者不得科举，有力者不得从商，导致 “豪杰之士耻为军伍”。
军户为逃避兵役，或自残肢体，或买人顶替。如正德年间，广东卫所 “市无赖子代役，名为‘帮丁’，实则冒领粮饷”。顶替者多为地痞流氓，无作战能力，甚至 “临阵脱逃，反劫民财”，加剧军队劣化。
明中期后，文官集团主导军事决策，武将地位低下。如蓟辽总督袁崇焕杀毛文龙，反映出 “以文制武” 对军队指挥的破坏。
卫所军的调遣需经兵部、督抚、总兵多重审批，“事权分散，动辄掣肘”，无法应对突发战事。嘉靖后，明朝将军事重心转向 “九边” 重镇，内地卫所被边缘化。如南直隶卫所 “兵不习战，城不设防”。
万历三大征后，明朝财政枯竭，卫所军 “粮饷拖欠达三年以上”，士兵 “鬻子卖妻，逃亡相继”。
小冰期引发的饥荒加剧士兵哗变，如崇祯元年年陕西边军因缺饷哗变，成为明末农民起义的导火索之一。明中期后，募兵制逐渐取代卫所制，但卫所军未及时裁汰，形成 “两套体系并行” 的混乱局面。募兵待遇月饷一点五两，而卫所军仅零点三两，导致卫所士兵 “心向募兵，厌弃卫籍”。
卫所军未能融入火器化军事改革，仍以冷兵器为主，面对后金的 “铁骑 + 火炮” 组合，战斗力差距悬殊。
正当皇太极在大明复地烧杀掳掠，如入无人之境，他的部下蒙古旗就收到老窝被端消息，蒙古旗的人再也无心恋战，纷纷向皇太极提出要求回援漠东蒙古，皇太极看看这次入关已经收获满满，也就同意撤兵。