清晨的西西里岛，晨雾像一层薄薄的纱，把大地笼罩起来。11号站在圣马可教堂的阴影里，教堂彩色玻璃窗上的圣母像，把一块块血色光斑投在他脸上。远处传来修士们晨祷的声音，他们用拉丁文吟唱，声音在空荡荡的教堂里回荡，让这里的气氛又神秘又庄重。这时，耳麦里传来戴安娜的声音，还带着滋滋的电流声：“目标人物会在九点零七分来告解，记住，你这次要扮成神职人员……”
告解室里的气氛特别不对劲，血腥味比预计的来得更早。11号轻轻推开雕花木门，眼前的情景让他心里一紧——本该在这里的军火商安东尼奥·维托里奥已经死了，身体都凉了。死者胸口插着一个镀金十字架，但流出来的血不是红色的，而是淡蓝色、黏糊糊的液体，这颜色和质地，跟之前在布拉索夫遇到的克隆体降解液一模一样。
这时，阴影里传来一个低沉的声音：“你迟到了，兄弟。”一个戴着白色领巾的修士慢慢走出来，他灰绿色的眼睛在烛光下闪着诡异的光，“安东尼奥只是个诱饵。”说着，他一把扯开修士袍，露出脖子上醒目的条形码：A - 01。
就在这时，管风琴突然大声奏响巴赫的《d小调托卡塔》，激昂的音乐声像潮水一样涌过来，一下子震碎了彩色玻璃窗。11号反应很快，马上弯下腰躲开。这一瞬间，他看清了教堂里的情况：唱诗班的位置上坐着十二个光头男人，他们都穿着修士袍，正不慌不忙地组装狙击步枪零件，场面让人看了直冒冷汗。
第一个克隆人像鬼一样，从忏悔台后面跳了出来。11号眼疾手快，一把扯下祭坛上的丝绸桌布。那些量产的A系列子弹“嗖嗖”地飞过来，打穿了装圣饼的匣子，发酵的酒液一下子喷了出来，在空气中形成了一层容易燃烧的雾气。11号果断点燃奉献烛，扔进酒雾里。“轰”的一声，剧烈的爆炸产生的气浪把三个克隆人掀进了受洗池，现场变得乱七八糟。
这时，侧门传来一声怒吼：“你们玷污了圣地！”一位老神父举着猎枪冲了进来，枪口对准了A - 01。11号从瞄准镜的反光里，看清了老神父的脸——竟然是20年前他在圣彼得堡放过的维托里奥神父。
可是，克隆体的子弹更快。子弹一下子穿透了老神父的胸膛。维托里奥神父在临死前，用尽全身力气抓住11号的手腕，眼睛里满是复杂的情绪：“你的眼睛...和当年的捐赠者一样...他们从我这偷走的不仅是金钱...”话还没说完，老神父就闭上了眼睛，再也没有了呼吸。
在地下墓穴昏暗的烛光下，11号按照老神父临死前的提示，找到了一份1944年的旧档案。档案里说，维托里奥家族曾经给纳粹提供过生物样本。在“诸神黄昏计划”的捐赠者名单里，他看到一张年轻维托里奥的照片，还有五份基因样本的编号。其中4号供体瞳孔的照片，和他自己灰绿色的眼睛简直一模一样。
培养舱发出幽幽的蓝光，在这诡异的光线下，一个惊人的真相慢慢浮出水面：11号基因里“神学院学生”的部分，竟然来自维托里奥的祖父。那个曾经在告解室听别人忏悔、知道无数罪恶的老神父，居然是他血脉的源头。
“很惊讶吧？”A - 01的声音从背后冷冷传来。他手里把玩着装有“圣血”的试管，眼神里全是嘲讽，“普罗维登斯重启了纳粹的造神计划，而你……”克隆体舔了舔试管边缘，语气里满是轻蔑，“不过是被回收利用的战争遗产。”
经过一场激烈的打斗，11号拧断最后一个克隆人的脖子时，午夜的钟声正好响了。他站在钟楼边上，目光死死盯着在广场上拼命跑的A - 01。月光照在克隆体手里的金属箱上，里面装着维托里奥家族完整的基因档案。
“你不敢杀我！”A - 01举起箱子，眼神又嚣张又有威胁性，“这里面有所有供体后代的名单，包括……”他的话突然停住了，低头看着胸口的麻醉镖，脸上露出不敢相信的表情，“戴安娜……你果然……”
这时，一个穿黑衣的女人从巷子里走了出来，她动作很优雅。她摘下了面具，一头火红的头发特别显眼——竟然是戴安娜。“告诉你的主子，游戏规则变了。”她的声音很冷静、很坚决。当她用高跟鞋踩碎克隆体喉结的时候，还朝着钟楼的方向比了个射击的手势，眼神里闪过一丝温柔。
回到安全屋后，11号拆开戴安娜留下的信封。里面除了抑制剂，还有一张1945年的老照片。照片里，在奥斯维辛集中营的实验室，年轻的奥特·迈耶正在给编号47的囚犯注射药剂。照片背面潦草地写着：“第一代原型体实验日志，你的疼痛从不是故障，而是觉醒的阵痛。”
当11号把维托里奥的十字架放进装备箱时，金属突然发出嗡嗡的响声。他撬开镶宝石的底座，里面的微型投影仪启动了，投射出一张全球地图。地图上有47个红点在一闪一闪——每个红点都代表着一个正在觉醒的克隆体，一场新的危机好像就要来了。