时空夹缝之战结束后，芭乐高中的校园重新回归平静，但这份平静下却暗潮涌动。影风离开前，将一枚刻有“时空守望者”字样的徽章分给众人，“这是你们的新身份，也是随时能联络管理局的凭证。”
平静的日常只维持了两周。某天清晨，终极一班的教室突然被刺眼的红光笼罩，影风的全息投影在光芒中显现，他的脸色比以往更加凝重：“紧急情况！时空管理局的核心数据库遭到入侵，所有关于时空裂缝和混沌能量的资料全部消失，同时监测到多个时空出现异常波动，源头指向一个从未记录过的神秘时空。”
话音刚落，汪大东的手机弹出一条陌生讯息，只有简单的一行字：“你们以为打败一个黑影就结束了？来‘永夜时空’找我们，守护者的真相，将彻底颠覆你们的认知。”
雷婷眉头紧锁：“对方显然是故意挑衅，而且有备而来。但我们不能坐以待毙。”众人商议后，决定再次踏入未知领域。影风提前传送来一份永夜时空的简略资料：这个时空被永恒的黑暗笼罩，充斥着扭曲的时空法则和吞噬异能的“噬空兽”，更可怕的是，任何电子设备和常规通讯手段都会失效。
通过时空管理局临时搭建的传送通道，终极一班众人抵达永夜时空。这里的空气粘稠如墨，脚下的地面像是流动的沥青，四周漂浮着发光的紫色晶体，晶体中封印着形态各异的怪物。突然，晶体发出尖锐的鸣响，一只形似巨狼、周身燃烧着幽蓝色火焰的噬空兽破晶而出，张开血盆大口扑向汪大东。
“来得正好！”汪大东挥拳迎击，拳风带起的金色雷电却在触碰到噬空兽的瞬间被吸收。噬空兽的身体膨胀数倍，反手一爪，将汪大东拍飞出去。丁小雨见状，笛声化作无形音刃，却同样被吞噬。
“不能用常规攻击！”影风的声音突然从众人佩戴的徽章中传来，“噬空兽会吸收能量转化为自身力量，必须用纯粹的物理攻击！”王亚瑟拔出石中剑，凭借剑本身的锋利，成功在噬空兽身上划出伤口；中万钧则利用瞬移能力，不断从背后突袭，干扰其行动。最终，众人合力将噬空兽击退。
在继续深入的过程中，他们发现了一座悬浮在空中的黑色城堡。城堡大门紧闭，四周环绕着旋转的黑色锁链，锁链上镌刻着密密麻麻的符文。雷婷尝试用异能打开大门，却触发了符文陷阱，无数黑色尖刺从地面窜出。关键时刻，裘球用异能形成护盾，挡住了攻击。
“这些符文和之前黑影的能量波动很相似。”王亚瑟仔细观察，“但更加复杂，像是某种古老的封印。”正当众人寻找破解之法时，城堡大门突然自动打开，一个身着白色长袍、戴着银色面具的人缓步走出，他的身后跟着一群身披黑色斗篷的人，斗篷下隐隐透出紫色光芒。
“欢迎来到永夜时空，终极一班。”白袍人声音低沉而优雅，“我是这里的‘守夜人’，也是你们接下来的对手。不过在战斗之前，我想先让你们看一段有趣的记忆。”
话音未落，众人脚下出现一个巨大的魔法阵，光芒闪烁间，他们的意识被强行拉入一段虚幻场景。画面中，上古时期的时空守护者们正在与一群身披黑袍的人战斗，而黑袍人的首领，赫然与之前黑影的气息如出一辙。更令人震惊的是，战斗到最后，守护者们竟主动将自己封印，并非为了镇压混沌，而是为了保护某个足以毁灭所有时空的“禁忌存在”。
“看到了吗？”白袍人冷笑着说，“你们一直信奉的守护者传说，不过是精心编造的谎言。而现在，是时候让那个禁忌存在重见天日了……”
城堡周围的黑色锁链突然活了过来，如巨蟒般朝着众人缠来，一场关乎时空真相与存亡的全新战斗，就此展开……