芭乐高中逐渐恢复平静，学生们重新投入学习，而终极一班成员们则时刻警惕着新的危机。影风在时空管理局不断分析着残留的能量数据，试图找出隐藏在背后的真相。
一天，丁小雨突然感觉到一股熟悉又陌生的能量波动。“这股能量……和之前黑衣人以及神秘生物的能量有所关联，但又更加复杂。”丁小雨皱着眉头说道。
汪大东握紧拳头：“不管是什么，只要威胁到时空，我们就不能坐视不管。”
就在这时，影风通过通讯器传来消息：“在时空管理局的秘密资料库中，我发现了一些关于神秘组织的线索。这个组织一直在暗中操控时空能量，他们的目的是创造一个全新的时空秩序，而黑衣人只是他们的一个棋子。”
雷婷眼神冰冷：“看来我们之前的战斗只是冰山一角，这个神秘组织才是真正的威胁。”
王亚瑟轻抚石中剑：“他们以为能轻易改变时空秩序，那就让他们见识一下终极一班的力量。”
叛徒站在一旁，脸上露出愧疚之色：“是我曾经的错误选择，让大家陷入危机。这次，我一定会拼尽全力，将功赎罪。”
影风继续说道：“根据资料库中的记载，神秘组织的总部隐藏在一个名为‘时空之眼’的地方，那是时空的枢纽，一旦被他们掌控，整个时空都将陷入混乱。”
众人决定前往“时空之眼”，影风为他们打开了时空通道。当众人踏入“时空之眼”时，周围的时空能量疯狂涌动，仿佛要将他们吞噬。
“大家小心，这里的能量不稳定，随时可能引发时空风暴。”影风提醒道。
在“时空之眼”中，他们遇到了一群身着黑色长袍的神秘人。这些神秘人的身上散发着与之前黑衣人相似的能量，他们手持黑色法杖，口中念念有词。
“你们竟然敢闯入这里，那就永远留在这里吧。”为首的神秘人冷笑着，黑色法杖一挥，无数黑色能量球朝着众人射来。
汪大东纵身跃起，金色雷电包裹着拳头，将黑色能量球一一击碎。雷婷挥舞战斗手杖，紫色雷光化作一道屏障，保护着众人。丁小雨吹奏笛子，音波如同一股无形的力量，干扰着神秘人的攻击。
王亚瑟挥舞石中剑，剑气纵横，与神秘人展开近身搏斗。叛徒利用自己的特殊能量，在神秘人之间穿梭，寻找着他们的弱点。
影风在一旁利用仪器分析着神秘人的能量波动，突然，他发现了一个惊人的秘密：“这些神秘人的能量并非来自他们自身，而是来自‘时空之眼’的核心，他们正在抽取核心能量，一旦核心能量被抽空，时空将彻底崩塌。”
众人听到这个消息，心中一紧。汪大东怒吼道：“绝不能让他们得逞！”
就在这时，神秘组织的首领出现在众人面前，他的身上散发着比其他人更加强大的能量。“你们以为能阻止我们？这是时空的命运，谁也无法改变。”首领冷笑着，手中凝聚出一个巨大的黑色旋涡。
终极一班的成员们能否阻止神秘组织的阴谋，守护住“时空之眼”呢？一场关乎时空存亡的决战，再次拉开帷幕……