时空危机暂告一段落，但芭乐高中的平静却如同暴风雨前的宁静。影风离开金时空前，将一枚刻有时空管理局徽记的银色徽章交给雷婷，郑重道：“若再遇异常，捏碎徽章，我会第一时间赶来。”
三天后的深夜，终极一班教室的荧光灯管突然疯狂闪烁，空气中泛起诡异的波纹。雷婷怀中的徽章骤然发烫，她还未反应过来，一道身影便撕裂空间出现在众人面前。来人穿着与影风相似的黑色劲装，只是胸前的徽章泛着幽蓝光芒，手中拖着一个被锁链缠绕的银色机械匣。
“我是时空猎人苍凛，”来人声音冷冽，目光扫过众人，“金时空出现未知能量波动，与之前混沌秘术残留的频率完全不同。”他将机械匣重重砸在桌上，匣子表面浮现出密密麻麻的符文，“此物在铁时空与铜时空交界的‘虚空裂缝’中发现，它正在吸收时空能量，一旦饱和，足以撕裂三个时空的边界。”
汪大东凑上前，伸手触碰符文，却被一道电流弹开：“好家伙，这玩意儿还会咬人！”
苍凛皱眉道：“更棘手的是，它的能量源似乎与金时空某个人产生了共鸣。”话音未落，机械匣突然剧烈震动，符文光芒大盛，竟投射出一幅影像。画面中，芭乐高中的转学生叶隐正站在学校仓库里，他周身环绕着奇异的紫色粒子，手中握着一枚与机械匣纹路相似的紫色水晶。
“叶隐？他明明只是个看起来很普通的转学生！”裘球惊呼出声。
苍凛神色凝重：“普通学生可不会与时空禁忌物品产生共鸣。立刻找到他，绝不能让水晶与匣子融合。”
众人迅速行动，分成三组搜索校园。汪大东、丁小雨和苍凛一组，在搜索到仓库时，发现大门被一层紫色能量膜封锁。丁小雨吹奏笛子，声波冲击能量膜，却如石沉大海。苍凛抽出腰间的时空刃，刃身泛起蓝光，狠狠劈向能量膜，只听“刺啦”一声，膜上出现一道裂痕。
就在这时，仓库内传来叶隐的冷笑：“你们来晚了。”众人强行破开能量膜冲进去，只见叶隐将紫色水晶嵌入机械匣，匣子瞬间悬浮空中，释放出的能量形成巨大的漩涡，仓库内的杂物被纷纷卷入其中。
“你们以为能阻止‘时空共振仪’？”叶隐周身的紫色粒子凝聚成铠甲，他眼中闪烁着疯狂的光芒，“这是我父亲用生命换来的成果，通过共振，能将所有时空压缩成一个——而我，将成为新世界的主宰！”
汪大东怒吼着冲向叶隐：“做你的春秋大梦！”他的终极狂雷拳与叶隐的紫色能量碰撞，爆发出强烈的气浪。丁小雨笛声化作音刃，苍凛的时空刃划出蓝色光弧，三人联手进攻。然而，叶隐在操控共振仪的同时，竟能轻易化解攻势，还抽空发射能量弹，将丁小雨击飞。
另一边，雷婷、王亚瑟和中万钧在操场遭遇了叶隐提前布置的“时空陷阱”。地面突然裂开，涌出无数银色锁链，将三人困住。雷婷发动雷霆半月斩斩断锁链，王亚瑟的石中剑挥出金色剑气，中万钧瞬移寻找陷阱核心。他们发现，所有锁链都连接着操场角落的一块黑色石碑，石碑上刻满了扭曲的时空符文。
“这些符文在引导能量！必须毁掉石碑！”雷婷大喊。王亚瑟挥舞石中剑全力劈砍，石碑却只出现一道浅痕。中万钧瞬移到石碑上方，凝聚全身异能狠狠下砸，石碑终于出现裂缝。就在此时，一道紫色光束从仓库方向射来，击中石碑，石碑轰然炸裂，释放出的能量形成冲击波，将三人震飞。
裘球和煞姐在图书馆搜寻时，发现了一本布满灰尘的古籍。翻开后，里面记载着关于“时空共振”的古老传说：“当混沌初开，曾有大能试图以共振之术重塑时空，却引发时空崩塌，最终被十二位时空守护者封印。”裘球意识到关键，立刻用手机通知其他人：“叶隐的共振仪可能会引发时空毁灭！”
仓库内，汪大东等人越战越疲，叶隐的共振仪已经开始影响整个芭乐高中。教学楼的墙壁出现裂痕，天空中浮现出扭曲的时空纹路。千钧一发之际，影风的身影撕裂空间出现，他手中凝聚出巨大的银色光轮：“时空禁锢！”光轮飞向共振仪，暂时压制住仪器的能量波动。
“大家听着！共振仪的核心在匣子底部，只要破坏核心，就能阻止共振！”影风大喊。汪大东、苍凛和丁小雨找准时机，同时发动最强攻击。汪大东的雷霆之力、苍凛的时空切割、丁小雨的音波震荡，三股力量汇聚成洪流，击中共振仪核心。
叶隐疯狂嘶吼，试图阻止，却被雷婷等人赶到后联手制住。随着一声巨响，共振仪核心炸裂，时空纹路渐渐消失，芭乐高中重新恢复平静。叶隐失去力量瘫倒在地，他摘下铠甲下的面具，露出一张满是伤痕的脸，喃喃道：“父亲，我还是失败了……”
影风上前，用时空锁链束缚住叶隐：“你父亲是谁？背后还有什么阴谋？”叶隐却闭上双眼，不再言语。
而那本古籍中提到的“十二位时空守护者”，以及叶隐背后的神秘组织，都预示着更大的风暴即将来临。月光下，终极一班的教室亮起温暖的灯光，少年们围坐在一起，讨论着接下来的计划。他们知道，无论前方有多少未知，只要并肩作战，就永远不会退缩。